seq1 = pF1KB6390.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KB6390/gi568815578f_5906247.tfa (gi568815578f:5906247_6137155), 230909 bp

>pF1KB6390 903
>gi568815578f:5906247_6137155 (Chr20)

1-306  (100001-100306)   100% ->
307-444  (103529-103666)   100% ->
445-574  (109115-109244)   100% ->
575-660  (125039-125124)   100% ->
661-729  (125766-125834)   100% ->
730-821  (128218-128309)   100% ->
822-903  (130828-130909)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAGCCTTGCGCGTGGCGCGCGGCTCGTGGGGGGCCCTGCGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAGCCTTGCGCGTGGCGCGCGGCTCGTGGGGGGCCCTGCGCGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTTGGGCTCCGGGAACGCGGCCGAGTAAGCGACGCGCCTGCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTTGGGCTCCGGGAACGCGGCCGAGTAAGCGACGCGCCTGCTGGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCCGCCCGTGCCCTGCTGCTTGGGCTGCCTGGCCGAACGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCCGCCCGTGCCCTGCTGCTTGGGCTGCCTGGCCGAACGCTGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGTCCGGCCGCTCTTGGCTTGCGGCTGCCCGGGATCGGCCAGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCGTCCGGCCGCTCTTGGCTTGCGGCTGCCCGGGATCGGCCAGCGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACTGTTCGGGCGCGGGGAAGGCGGCTCCCAGGCCAGCGGCCGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACTGTTCGGGCGCGGGGAAGGCGGCTCCCAGGCCAGCGGCCGGAGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCCGCTGCCGAAGCCCCGGGCGGCCAGTGGGGCCCGGCGAGCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCCGCTGCCGAAGCCCCGGGCGGCCAGTGGGGCCCGGCGAGCACCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCTG         TATGAAAACCCATGGACAATCCCGAATATGTTGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCTGGTA...CAGTATGAAAACCCATGGACAATCCCGAATATGTTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AATGACGAGAATTGGCTTGGCCCCAGTTCTGGGCTATTTGATTATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103564 AATGACGAGAATTGGCTTGGCCCCAGTTCTGGGCTATTTGATTATTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGATTTTAATATTGCACTAGGAGTTTTTGCTTTAGCTGGACTAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103614 AAGATTTTAATATTGCACTAGGAGTTTTTGCTTTAGCTGGACTAACAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTG         TTGGATGGATTTATTGCTCGAAACTGGGCCAATCAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103664 TTGGTA...CAGTTGGATGGATTTATTGCTCGAAACTGGGCCAATCAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATCAGCTTTGGGAAGTGCTCTTGATCCACTTGCTGATAAAATACTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109153 ATCAGCTTTGGGAAGTGCTCTTGATCCACTTGCTGATAAAATACTTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTATCTTATATGTTAGCTTGACCTATGCAGATCTTATTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109203 GTATCTTATATGTTAGCTTGACCTATGCAGATCTTATTCCAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  TTCCACTTACTTACATGATCATTTCGAGAGATGTAATGTTGATTGCTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125038 GTTCCACTTACTTACATGATCATTTCGAGAGATGTAATGTTGATTGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTTTTTTATGTCAGATACCGAACTCTTCCAACACCA         CGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 125088 TGTTTTTTATGTCAGATACCGAACTCTTCCAACACCAGTG...CAGCGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACTTGCCAAGTATTTCAATCCTTGCTATGCCACTGCTAGGTTAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125770 CACTTGCCAAGTATTTCAATCCTTGCTATGCCACTGCTAGGTTAAAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACATTCATCAGCAAG         GTGAATACAGCAGTCCAGTTAATCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125820 ACATTCATCAGCAAGGTA...TAGGTGAATACAGCAGTCCAGTTAATCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGGCAGCTTCTTTGGCAGCTCCAGTTTTCAACTATGCTGACAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128244 GGTGGCAGCTTCTTTGGCAGCTCCAGTTTTCAACTATGCTGACAGCATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCTTCAGATACTATG         GTGTTTTACAGCTTTCACCACAGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128294 ATCTTCAGATACTATGGTA...AAGGTGTTTTACAGCTTTCACCACAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCATCAGCTTATAGTTACTATCATTATGGCCGGAAGACTGTTCAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130853 GCATCAGCTTATAGTTACTATCATTATGGCCGGAAGACTGTTCAGGTGAT

    950     .
    897 AAAAGAC
        |||||||
 130903 AAAAGAC