seq1 = pF1KB6381.tfa, 816 bp
seq2 = pF1KB6381/gi568815584f_69668157.tfa (gi568815584f:69668157_69871458), 203302 bp

>pF1KB6381 816
>gi568815584f:69668157_69871458 (Chr14)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-197  (100448-100518)   100% ->
198-296  (100642-100740)   100% ->
297-366  (101026-101095)   100% ->
367-440  (102311-102384)   100% ->
441-551  (102839-102949)   100% ->
552-816  (103038-103302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGGCTGTCGGGTATTCATCGGGAGACTAAATCCAGCGGCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGGCTGTCGGGTATTCATCGGGAGACTAAATCCAGCGGCCAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGACGTGGAAAGATTCTTCAAGGGATATGGACGGATAAGAGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGACGTGGAAAGATTCTTCAAGGGATATGGACGGATAAGAGATATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTGAAAAGAGGCTTTGGTTTTGTG         GAATTTGAGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 ATCTGAAAAGAGGCTTTGGTTTTGTGGTA...TAGGAATTTGAGGATCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGGATGCAGATGATGCTGTGTATGAGCTTGATGGAAAAGAACTCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100463 AGGGATGCAGATGATGCTGTGTATGAGCTTGATGGAAAAGAACTCTGTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAAG         GGTTACTATTGAACATGCTAGGGCTCGGTCACGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100513 TGAAAGGTG...TAGGGTTACTATTGAACATGCTAGGGCTCGGTCACGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGAAGAGGTAGAGGACGATACTCTGACCGTTTTAGTAGTCGCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 GTGGAAGAGGTAGAGGACGATACTCTGACCGTTTTAGTAGTCGCAGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGAAATGATAGACG         AAATGCTCCACCTGTAAGAACAGAAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100727 CGAAATGATAGACGGTA...CAGAAATGCTCCACCTGTAAGAACAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGTCTTATAGTTGAGAATTTATCCTCAAGAGTCAGCTGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101053 TCGTCTTATAGTTGAGAATTTATCCTCAAGAGTCAGCTGGCAGGTT...A

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GATCTCAAAGATTTCATGAGACAAGCTGGGGAAGTAACGTTTGCGGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102309 AGGATCTCAAAGATTTCATGAGACAAGCTGGGGAAGTAACGTTTGCGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCACACCGACCTAAATTAAATGAAGG         GGTGGTTGAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102359 GCACACCGACCTAAATTAAATGAAGGGTA...TAGGGTGGTTGAGTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTCTTATGGTGACTTAAAGAATGCTATTGAAAAACTTTCTGGAAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102854 CTCTTATGGTGACTTAAAGAATGCTATTGAAAAACTTTCTGGAAAGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAAATGGGAGAAAAATAAAATTAATTGAAGGCAGCAAAAGGCACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102904 TAAATGGGAGAAAAATAAAATTAATTGAAGGCAGCAAAAGGCACAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552      TAGGTCAAGAAGCAGGTCTCGATCCCGGACCAGAAGTTCCTCTAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102954 ..TAGTAGGTCAAGAAGCAGGTCTCGATCCCGGACCAGAAGTTCCTCTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTCTCGTAGCCGATCCCGTTCCCGTAGTCGCAAATCTTACAGCCGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 GTCTCGTAGCCGATCCCGTTCCCGTAGTCGCAAATCTTACAGCCGGTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAAGCAGGAGCAGGAGCCGGAGCCGGAGCAAGTCCCGTTCTGTTAGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 GAAGCAGGAGCAGGAGCCGGAGCCGGAGCAAGTCCCGTTCTGTTAGTAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTCCCGTGCCTGAGAAGAGCCAGAAACGTGGTTCTTCAAGTAGATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103183 TCTCCCGTGCCTGAGAAGAGCCAGAAACGTGGTTCTTCAAGTAGATCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTCTCCAGCATCTGTGGATCGCCAGAGGTCCCGGTCCCGATCAAGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103233 GTCTCCAGCATCTGTGGATCGCCAGAGGTCCCGGTCCCGATCAAGGTCCA

    850     .    :    .    :
    797 GATCAGTTGACAGTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||
 103283 GATCAGTTGACAGTGGCAAT