seq1 = pF1KB6379.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KB6379/gi568815593f_173044546.tfa (gi568815593f:173044546_173263918), 219373 bp

>pF1KB6379 684
>gi568815593f:173044546_173263918 (Chr5)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-177  (102321-102413)   100% ->
178-269  (109777-109868)   100% ->
270-371  (114199-114300)   100% ->
372-490  (115388-115506)   100% ->
491-684  (119180-119373)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCCCCAAGACGTCCACGTCCGGATCTGTAACCAAGAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTCCCCAAGACGTCCACGTCCGGATCTGTAACCAAGAGATTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAATTTGACCTGGAGGTGAAGGCGCTTATTCAG         GATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CAAATTTGACCTGGAGGTGAAGGCGCTTATTCAGGTA...TAGGATATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGATTGTTCAGGACCCTTAAGTGCTCTTACTGAACTGAATACTAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102328 GTGATTGTTCAGGACCCTTAAGTGCTCTTACTGAACTGAATACTAAAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGAGAAATTTCAACAGTTGCGTCACAGAATACAG         GACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102378 AAAGAGAAATTTCAACAGTTGCGTCACAGAATACAGGTG...AAGGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGCAGTTGGCTAAAGAGCAAGACAAAGAATCAGAGAAACAACTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109782 GGAGCAGTTGGCTAAAGAGCAAGACAAAGAATCAGAGAAACAACTTCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGGAAGTGGAGAATCACAAAAAGCAGATGCTCAG         CAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109832 TCCAGGAAGTGGAGAATCACAAAAAGCAGATGCTCAGGTA...CAGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGGCCTCATGGAGGAAAGCTAATCTCACCTGCAAAATTGCAATCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114203 CAGGCCTCATGGAGGAAAGCTAATCTCACCTGCAAAATTGCAATCGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTAGAGAAAGCAGAACTTCTTCAGGGAGGAGATCTCTTAAGGCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114253 TCTAGAGAAAGCAGAACTTCTTCAGGGAGGAGATCTCTTAAGGCAAAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372        GAAAACCACCAAAGAGAGCCTGGCCCAGACATCCAGTACCATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114303 A...TAGGAAAACCACCAAAGAGAGCCTGGCCCAGACATCCAGTACCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGAGAGCCTCATGGGGATCAGCAGGATGATGGCCCAGCAGGTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115431 ACTGAGAGCCTCATGGGGATCAGCAGGATGATGGCCCAGCAGGTCCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCGAGGAGGCCATGCAGTCTCTAG         TCACTTCTTCACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115481 GAGCGAGGAGGCCATGCAGTCTCTAGGTA...CAGTCACTTCTTCACGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGATCCTGGATGCAAATGAAGAATTTAAGTCCATGTCGGGCACCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119195 CGATCCTGGATGCAAATGAAGAATTTAAGTCCATGTCGGGCACCATCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGGCCGGAAGCTTATCACAAAATACAATCGCCGGGAGCTGACGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119245 CTGGGCCGGAAGCTTATCACAAAATACAATCGCCGGGAGCTGACGGACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTTCTCATCTTCCTTGCGCTAGCCCTGTTTCTTGCTACGGTCCTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119295 GCTTCTCATCTTCCTTGCGCTAGCCCTGTTTCTTGCTACGGTCCTCTATA

    700     .    :    .    :    .
    656 TTGTGAAAAAGCGGCTCTTTCCATTTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 119345 TTGTGAAAAAGCGGCTCTTTCCATTTTTG