seq1 = pF1KB6371.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KB6371/gi568815587r_14405195.tfa (gi568815587r:14405195_14619043), 213849 bp

>pF1KB6371 807
>gi568815587r:14405195_14619043 (Chr11)

(complement)

1-21  (8058-8078)   100% ->
22-66  (100003-100047)   100% ->
67-168  (101063-101164)   100% ->
169-272  (101299-101402)   100% ->
273-361  (104553-104641)   100% ->
362-432  (105157-105227)   100% ->
433-562  (105345-105474)   100% ->
563-642  (108093-108172)   100% ->
643-753  (111278-111388)   100% ->
754-807  (113796-113849)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCTCAGCAAGGTGAAG         TTTCGAAATCAGTATGACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
   8058 ATGCAGCTCAGCAAGGTGAAGGTG...TAGTTTCGAAATCAGTATGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGATGTCACTGTTTGGAGCCCCCAG         GGCAGGATTCATCAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100023 TGATGTCACTGTTTGGAGCCCCCAGGTA...TAGGGCAGGATTCATCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TTGAATATGCAATGGAAGCTGTTAAACAAGGTTCAGCCACAGTTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 TTGAATATGCAATGGAAGCTGTTAAACAAGGTTCAGCCACAGTTGGTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAATCAAAAACTCATGCAGTTTTGGTTGCATTGAAA         AGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101129 AAATCAAAAACTCATGCAGTTTTGGTTGCATTGAAAGTA...TAGAGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GCAATCAGAGCTTGCAGCTCATCAGAAAAAAATTCTCCATGTTGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101304 GCAATCAGAGCTTGCAGCTCATCAGAAAAAAATTCTCCATGTTGACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATATTGGTATCTCAATTGCGGGGCTTACTGCTGATGCTAGACTGTTATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101354 ATATTGGTATCTCAATTGCGGGGCTTACTGCTGATGCTAGACTGTTATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273         TAATTTTATGCGTCAGGAGTGTTTGGATTCCAGATTTGTATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 TA...TAGTAATTTTATGCGTCAGGAGTGTTTGGATTCCAGATTTGTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGATAGACCACTGCCTGTGTCTCGTCTTGTATCTCTAATTGGAAGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104595 CGATAGACCACTGCCTGTGTCTCGTCTTGTATCTCTAATTGGAAGCAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    362       AGACCCAGATACCAACACAACGATATGGCCGGAGACCATATGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104645 ...AAGAGACCCAGATACCAACACAACGATATGGCCGGAGACCATATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTTGGTCTCCTTATTGCTGGTTATGAT         GATATGGGCCCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105201 GTTGGTCTCCTTATTGCTGGTTATGATGTA...TAGGATATGGGCCCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CATTTTCCAAACCTGTCCATCTGCTAACTATTTTGACTGCAGAGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105359 CATTTTCCAAACCTGTCCATCTGCTAACTATTTTGACTGCAGAGCCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCATTGGAGCCCGTTCCCAATCAGCTCGTACTTACTTGGAGAGACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105409 CCATTGGAGCCCGTTCCCAATCAGCTCGTACTTACTTGGAGAGACATATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTGAATTTATGGAGT         GTAATTTAAATGAACTAGTTAAACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105459 TCTGAATTTATGGAGTGTA...TAGGTAATTTAAATGAACTAGTTAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGGTCTGCGTGCCTTAAGAGAGACGCTTCCTGCAGAACAGGACCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108118 TGGTCTGCGTGCCTTAAGAGAGACGCTTCCTGCAGAACAGGACCTGACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAAAG         AATGTTTCCATTGGAATTGTTGGTAAAGACTTGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108168 CAAAGGTA...CAGAATGTTTCCATTGGAATTGTTGGTAAAGACTTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTTACAATCTATGATGATGATGATGTGTCTCCATTCCTGGAAGGTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111314 TTTACAATCTATGATGATGATGATGTGTCTCCATTCCTGGAAGGTCTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGAAAGACCACAGAGAAAGGCACAG         CCTGCTCAACCTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111364 AGAAAGACCACAGAGAAAGGCACAGGTA...AAGCCTGCTCAACCTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .
    770 ATGAACCTGCAGAAAAGGCTGATGAACCAATGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113812 ATGAACCTGCAGAAAAGGCTGATGAACCAATGGAACAT