seq1 = pF1KB6354.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KB6354/gi568815594r_153681454.tfa (gi568815594r:153681454_153888835), 207382 bp

>pF1KB6354 885
>gi568815594r:153681454_153888835 (Chr4)

(complement)

1-502  (100001-100502)   99% ->
503-583  (102892-102972)   100% ->
584-885  (107081-107382)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCAGGGCCCTGGCTCGCTGCTGCTGCTCTTCCTCGCCTCGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCAGGGCCCTGGCTCGCTGCTGCTGCTCTTCCTCGCCTCGCACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTGGGCTCGGCGCGCGGGCTCTTCCTCTTTGGCCAGCCCGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCTGGGCTCGGCGCGCGGGCTCTTCCTCTTTGGCCAGCCCGACTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACAAGCGCAGCAATTGCAAGCCCATCCCGGCCAACCTGCAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100101 CCTACAAGCGCAGCAATTGCAAGCCCATCCCTGCCAACCTGCAGCTGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACGGCATCGAATACCAGAACATGCGGCTGCCCAACCTGCTGGGCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACGGCATCGAATACCAGAACATGCGGCTGCCCAACCTGCTGGGCCACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCATGAAGGAGGTGCTGGAGCAGGCCGGCGCTTGGATCCCGCTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACCATGAAGGAGGTGCTGGAGCAGGCCGGCGCTTGGATCCCGCTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAAGCAGTGCCACCCGGACACCAAGAAGTTCCTGTGCTCGCTCTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAAGCAGTGCCACCCGGACACCAAGAAGTTCCTGTGCTCGCTCTTCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCGTCTGCCTCGATGACCTAGACGAGACCATCCAGCCATGCCACTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCGTCTGCCTCGATGACCTAGACGAGACCATCCAGCCATGCCACTCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCGTGCAGGTGAAGGACCGCTGCGCCCCGGTCATGTCCGCCTTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGCGTGCAGGTGAAGGACCGCTGCGCCCCGGTCATGTCCGCCTTCGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCCCTGGCCCGACATGCTTGAGTGCGACCGTTTCCCCCAGGACAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCCCTGGCCCGACATGCTTGAGTGCGACCGTTTCCCCCAGGACAACGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTTGCATCCCCCTCGCTAGCAGCGACCACCTCCTGCCAGCCACCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTTGCATCCCCCTCGCTAGCAGCGACCACCTCCTGCCAGCCACCGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AG         CTCCAAAGGTATGTGAAGCCTGCAAAAATAAAAATGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGTA...TAGCTCCAAAGGTATGTGAAGCCTGCAAAAATAAAAATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGACAACGACATAATGGAAACGCTTTGTAAAAATGATTTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102931 ATGACAACGACATAATGGAAACGCTTTGTAAAAATGATTTTGGTA...TA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    584  CACTGAAAATAAAAGTGAAGGAGATAACCTACATCAACCGAGATACCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107080 GCACTGAAAATAAAAGTGAAGGAGATAACCTACATCAACCGAGATACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AATCATCCTGGAGACCAAGAGCAAGACCATTTACAAGCTGAACGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107130 AATCATCCTGGAGACCAAGAGCAAGACCATTTACAAGCTGAACGGTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCGAAAGGGACCTGAAGAAATCGGTGCTGTGGCTCAAAGACAGCTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107180 CCGAAAGGGACCTGAAGAAATCGGTGCTGTGGCTCAAAGACAGCTTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGCACCTGTGAGGAGATGAACGACATCAACGCGCCCTATCTGGTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107230 TGCACCTGTGAGGAGATGAACGACATCAACGCGCCCTATCTGGTCATGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACAGAAACAGGGTGGGGAGCTGGTGATCACCTCGGTGAAGCGGTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107280 ACAGAAACAGGGTGGGGAGCTGGTGATCACCTCGGTGAAGCGGTGGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGGGCAGAGAGAGTTCAAGCGCATCTCCCGCAGCATCCGCAAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107330 AGGGGCAGAGAGAGTTCAAGCGCATCTCCCGCAGCATCCGCAAGCTGCAG

    900 
    883 TGC
        |||
 107380 TGC