seq1 = pF1KB6340.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KB6340/gi568815579r_49346385.tfa (gi568815579r:49346385_49551574), 205190 bp

>pF1KB6340 870
>gi568815579r:49346385_49551574 (Chr19)

(complement)

1-90  (100001-100090)   97% ->
91-157  (100727-100793)   100% ->
158-337  (101921-102100)   100% ->
338-399  (103513-103574)   100% ->
400-481  (103667-103748)   100% ->
482-611  (104108-104237)   100% ->
612-687  (104476-104551)   97% ->
688-831  (104881-105024)   100% ->
832-870  (105152-105190)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAACCCGAAGCTGCTGGGACTGGAGCTAAGCGAGGCGGAGGCGAT
        |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAACCCGAAGCTGCTGGGAATGGGGCTAAGCGAGGCGGAGGCGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGTGCTGATTCGGCGCGATTTGAGGAGCTGCTGCTGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 CGGTGCTGATTCGGCGCGATTTGAGGAGCTGCTGCTGCAGGTG...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCGAAGGAGCTCCAGCAAGCCCAGACAACCAGACCAGAATCGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 CCTCGAAGGAGCTCCAGCAAGCCCAGACAACCAGACCAGAATCGACACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAGCCTCAGCCTG         GTTTCTGCATAAAGACCAACTCCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100778 ATCCAGCCTCAGCCTGGTG...CAGGTTTCTGCATAAAGACCAACTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGGGAAGGTTTTCATCAACATCTGCCACTCCCCCTCTATCCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101946 GGAAGGGAAGGTTTTCATCAACATCTGCCACTCCCCCTCTATCCCTCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGCCGACGTGACCGAGGAGGAGCTGCTTCAGATGCTAGAGGAGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101996 CCGCCGACGTGACCGAGGAGGAGCTGCTTCAGATGCTAGAGGAGGACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGGGTTTCGCATCCCCATGAGTCTGGGAGAGCCTCATGCAGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102046 GCTGGGTTTCGCATCCCCATGAGTCTGGGAGAGCCTCATGCAGAACTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAA         AAGGCCAGGGATGTACCGCCTACGACGTAGCTGTCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102096 TGCAAGTC...CAGAAGGCCAGGGATGTACCGCCTACGACGTAGCTGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGCGACTTCTACCGGAGGATGCAG         AACAGCGATTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103549 ACAGCGACTTCTACCGGAGGATGCAGGTT...CAGAACAGCGATTTCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGGGAGCTCGTGATCACCATCGCCAGGGAGGGCCTTGAGGACAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103682 CGGGAGCTCGTGATCACCATCGCCAGGGAGGGCCTTGAGGACAAATACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTGCAGCTGAATCCGG         AATGGCGCATGATGAAGAACCGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103732 CTTGCAGCTGAATCCGGGTG...CAGAATGGCGCATGATGAAGAACCGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CATTCATGGGCTCCATCTCGCAGCAGAACATCCGCTCGGAGCAGCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104132 CATTCATGGGCTCCATCTCGCAGCAGAACATCCGCTCGGAGCAGCGTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGATCCAGGAGCTGGGGGACCTGTACACGCCCGCCCCCGGGAGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104182 CGGATCCAGGAGCTGGGGGACCTGTACACGCCCGCCCCCGGGAGAGCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCAGG         CCCTGAAAAGCCTCACCTGAACCTGTGGCTGGAAG
        ||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104232 GTCAGGGTG...CAGGCCTGAAAAGCCTCACCTGAACCTGTGGCTGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCCCGACCTCCTCTTGGCCGAAATTGACCTCCCCAAACTG         
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...>>>
 104511 CCCCCGACCTCCTCTTGGCCGAAGTTGACCTCCCCAAACTGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATGGAGCCCTGGGGCTGTCGCTGGAGATCGGGGAGAACCGCCTGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104881 GATGGAGCCCTGGGGCTGTCGCTGGAGATCGGGGAGAACCGCCTGGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGGGGCCCCCAGCAGCTGTATCATCTAGACGCTTATATCCCGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104931 GGGGGGCCCCCAGCAGCTGTATCATCTAGACGCTTATATCCCGCTGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAACTCTCATGAGAGCAAGGCAGCCTTCCACCGGAAGAGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104981 TCAACTCTCATGAGAGCAAGGCAGCCTTCCACCGGAAGAGAAAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    832    CAATTAATGGTGGCCATGCCGCTTCTGCCGGTGCCTTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105149 CAGCAATTAATGGTGGCCATGCCGCTTCTGCCGGTGCCTTCT