seq1 = pF1KB6337.tfa, 786 bp
seq2 = pF1KB6337/gi568815593f_55002683.tfa (gi568815593f:55002683_55210179), 207497 bp

>pF1KB6337 786
>gi568815593f:55002683_55210179 (Chr5)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-215  (102792-102936)   100% ->
216-357  (105112-105253)   100% ->
358-627  (105443-105712)   99% ->
628-786  (107339-107497)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAACTCCTATAGATTTCTGGCATCCTCTCTCTCAGTTGTCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAACTCCTATAGATTTCTGGCATCCTCTCTCTCAGTTGTCGTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCCTGCTAATTCCTGAAG         ATGTCTGTGAAAAAATTATTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 TCTCCTGCTAATTCCTGAAGGTA...CAGATGTCTGTGAAAAAATTATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGGAAATGAAGTAACTCCTCATTCAAGACCCTACATGGTCCTACTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102813 GAGGAAATGAAGTAACTCCTCATTCAAGACCCTACATGGTCCTACTTAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGACAGAAAAACCATCTGTGCTGGGGCTTTGATTGCAAAAGACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102863 CTTGACAGAAAAACCATCTGTGCTGGGGCTTTGATTGCAAAAGACTGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGACTGCAGCTCACTGTAACTT         GAACAAAAGGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102913 GTTGACTGCAGCTCACTGTAACTTGTA...CAGGAACAAAAGGTCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATTCTTGGGGCTCACTCAATAACCAGGGAAGAGCCAACAAAACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105129 TCATTCTTGGGGCTCACTCAATAACCAGGGAAGAGCCAACAAAACAGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGCTTGTTAAGAAAGAGTTTCCCTATCCATGCTATGACCCAGCCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105179 ATGCTTGTTAAGAAAGAGTTTCCCTATCCATGCTATGACCCAGCCACACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGAAGGTGACCTTAAACTTTTACAG         CTGACGGAAAAAGCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||
 105229 CGAAGGTGACCTTAAACTTTTACAGGTA...CAGCTGATGGAAAAAGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAATTAACAAATATGTGACTATCCTTCATCTACCTAAAAAGGGGGATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 105459 AAATTAACAAATATGTGACTATCCTTCATCTACCTAAAAAGGGGGACGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGAAACCAGGAACCATGTGCCAAGTTGCAGGGTGGGGCAGGACTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105509 GTGAAACCAGGAACCATGTGCCAAGTTGCAGGGTGGGGCAGGACTCACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGTGCATCTTGGTCCGATACTCTGAGAGAAGTCAATATCACCATCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105559 TAGTGCATCTTGGTCCGATACTCTGAGAGAAGTCAATATCACCATCATAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAGAAAAGTCTGCAATGATCGAAATCACTATAATTTTAACCCTGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105609 ACAGAAAAGTCTGCAATGATCGAAATCACTATAATTTTAACCCTGTGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAATGAATATGGTTTGTGCTGGAAGCCTCCGAGGTGGAAGAGACTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105659 GGAATGAATATGGTTTGTGCTGGAAGCCTCCGAGGTGGAAGAGACTCGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAT         GGAGATTCTGGAAGCCCTTTGTTGTGCGAGGGTGTTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105709 CAATGTA...CAGGGAGATTCTGGAAGCCCTTTGTTGTGCGAGGGTGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCGAGGGGTCACTTCCTTTGGCCTTGAAAATAAATGCGGAGACCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107376 TCCGAGGGGTCACTTCCTTTGGCCTTGAAAATAAATGCGGAGACCCTCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGCCTGGTGTCTATATTCTTCTCTCAAAGAAACACCTCAACTGGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107426 GGGCCTGGTGTCTATATTCTTCTCTCAAAGAAACACCTCAACTGGATAAT

    800     .    :    .    :
    765 TATGACTATCAAGGGAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||
 107476 TATGACTATCAAGGGAGCAGTT