seq1 = pF1KB6334.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KB6334/gi568815587f_59673211.tfa (gi568815587f:59673211_59897363), 224153 bp

>pF1KB6334 867
>gi568815587f:59673211_59897363 (Chr11)

1-30  (82396-82425)   100% ->
31-114  (100001-100084)   100% ->
115-214  (113827-113926)   100% ->
215-289  (115663-115737)   100% ->
290-357  (117309-117376)   100% ->
358-466  (118897-119005)   100% ->
467-540  (119889-119962)   100% ->
541-675  (120170-120304)   100% ->
676-786  (122162-122272)   100% ->
787-867  (124073-124153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGACCGTCTGGAGCAGCTGAAGGCC         AAGCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  82396 ATGAAGGACCGTCTGGAGCAGCTGAAGGCCGTG...CAGAAGCAGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACAGGATGATGATACTGATGCGGTTGAGATTGCTATCGACAACACGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 ACAGGATGATGATACTGATGCGGTTGAGATTGCTATCGACAACACGGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTATGGACGAGTTCTTTTCTGAG         ATTGAGGAAACTCGGCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100062 TTATGGACGAGTTCTTTTCTGAGGTA...TAGATTGAGGAAACTCGGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACATTGACAAGATCTCAGAACATGTAGAGGAGGCTAAGAAACTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113845 AACATTGACAAGATCTCAGAACATGTAGAGGAGGCTAAGAAACTCTACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATCATTCTCTCTGCACCGATTCCAGAGCCAA         AAACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113895 TATCATTCTCTCTGCACCGATTCCAGAGCCAAGTG...CAGAAACCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGACCTAGAGCAGCTCACGACTGAGATTAAGAAAAGGGCCAACAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115672 ATGACCTAGAGCAGCTCACGACTGAGATTAAGAAAAGGGCCAACAACGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGAACAAACTGAAGA         GCATGGAGAAGCATATTGAAGAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115722 CGGAACAAACTGAAGAGTA...TAGGCATGGAGAAGCATATTGAAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAGGTCAGGTCATCGGCAGACCTTCGGATTCGGAAATCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117334 TGAGGTCAGGTCATCGGCAGACCTTCGGATTCGGAAATCCCAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358   CACTCTGTCCTTTCTCGGAAGTTTGTGGAGGTGATGACCAAATACAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118895 AGCACTCTGTCCTTTCTCGGAAGTTTGTGGAGGTGATGACCAAATACAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAAGCTCAAGTGGACTTCCGAGAACGCAGCAAAGGGCGAATCCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118945 GAAGCTCAAGTGGACTTCCGAGAACGCAGCAAAGGGCGAATCCAGCGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTCGAAATTA         CTGGCAAAAAGACAACCGATGAGGAGCTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118995 GCTCGAAATTAGTA...AAGCTGGCAAAAAGACAACCGATGAGGAGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGGAGATGTTGGAGAGTGGCAACCCGGCCATCTTCACTTCTGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119919 AGGAGATGTTGGAGAGTGGCAACCCGGCCATCTTCACTTCTGGGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541    ATCATTGACTCACAGATTTCCAAGCAAGCCCTCAGTGAGATTGAGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120167 TAGATCATTGACTCACAGATTTCCAAGCAAGCCCTCAGTGAGATTGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACGACACAAGGACATTGTGAGGCTGGAGAGCAGCATCAAGGAGCTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120217 ACGACACAAGGACATTGTGAGGCTGGAGAGCAGCATCAAGGAGCTTCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACATGTTTATGGACATCGCCATGCTGGTGGAGAATCAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 120267 ACATGTTTATGGACATCGCCATGCTGGTGGAGAATCAGGTA...CAGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAGATGTTAGATAACATAGAGTTGAATGTCATGCACACAGTGGACCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122165 GAGATGTTAGATAACATAGAGTTGAATGTCATGCACACAGTGGACCACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGAGAAGGCACGAGATGAAACGAAAAAAGCTGTGAAATACCAGAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122215 GGAGAAGGCACGAGATGAAACGAAAAAAGCTGTGAAATACCAGAGTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCGGAAG         AAATTGATAATTATCATTGTGCTAGTAGTTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122265 CCCGGAAGGTG...CAGAAATTGATAATTATCATTGTGCTAGTAGTTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    820 TTGCTGGGCATTTTAGCATTGATTATTGGACTTTCCGTTGGGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124106 TTGCTGGGCATTTTAGCATTGATTATTGGACTTTCCGTTGGGCTGAAT