seq1 = pF1KB6331.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB6331/gi568815597r_162274051.tfa (gi568815597r:162274051_162476790), 202740 bp

>pF1KB6331 783
>gi568815597r:162274051_162476790 (Chr1)

(complement)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-217  (101388-101501)   99% ->
218-783  (102175-102740)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAACTTCTCACTCCTCAGCATCTCTGGACCTCCAATCTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAACTTCTCACTCCTCAGCATCTCTGGACCTCCAATCTCTTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCTGAGTGCTTTTCCCGACATTATGTTCTCTCGTGCCACCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCTGAGTGCTTTTCCCGACATTATGTTCTCTCGTGCCACCAGCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAG         ACATTGCAAAGACAGCAGTACCCACTGAGGCATCCAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTA...CAGACATTGCAAAGACAGCAGTACCCACTGAGGCATCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCTCAGGCCCTGCCACCCCAGTACCAAAGCATCATTGTCAGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101426 CCAGCTCAGGCCCTGCCACCCCAGTACCAAAGCATCATTGTCAGGCAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATACAGAACACAGTGCTCTCACCAG         ACTGCAGCTTGGGGG
        |||||||||||||| |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101476 GATACAGAACACAGCGCTCTCACCAGGTG...CAGACTGCAGCTTGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACACCCAGCACGGAGAGAAGCTGAGGCGGAACTGCACTATCTACCGGCCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102190 ATACCCAGCACGGAGAGAAGCTGAGGCGGAACTGCACTATCTACCGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGTTCTCCCCCTACAGCTACTTCGTGTGTGCAGACAAAGAGAGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102240 TGGTTCTCCCCCTACAGCTACTTCGTGTGTGCAGACAAAGAGAGCCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGGCCTATGACTTCCCAGAGGTGCAGCAGGATGAGGGCAAGTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102290 GGAGGCCTATGACTTCCCAGAGGTGCAGCAGGATGAGGGCAAGTGGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTGCCTTTCTGAGGACATGGCTGAGAACATCTGTTCGTCCTCTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102340 ACTGCCTTTCTGAGGACATGGCTGAGAACATCTGTTCGTCCTCTTCCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAGAGAACACTTGCCCTCGAGAAGCCACCAAGAAATCCAGGCATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102390 CCAGAGAACACTTGCCCTCGAGAAGCCACCAAGAAATCCAGGCATGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGACTCCATCACATCCCAGGACATCCTAATGGCTTCCAGGTGGCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102440 GGACTCCATCACATCCCAGGACATCCTAATGGCTTCCAGGTGGCACCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CACAGCAGAATGGCTACAAGTGCGTGGCCTGCTGCCGCATGTACCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102490 CACAGCAGAATGGCTACAAGTGCGTGGCCTGCTGCCGCATGTACCCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGACTTCCTCAAGAGCCACATCAAGAGGGGCTTCAGGGAGGGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102540 CTGGACTTCCTCAAGAGCCACATCAAGAGGGGCTTCAGGGAGGGCTTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTGCAAGGTGTACTACCGCAAGCTCAAAGCCCTCTGGAGCAAGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102590 CTGCAAGGTGTACTACCGCAAGCTCAAAGCCCTCTGGAGCAAGGAGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGCCCGGCTGGGAGACAGGCTCTCCTCCGGCAGCTGCCAGGCCTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102640 AGGCCCGGCTGGGAGACAGGCTCTCCTCCGGCAGCTGCCAGGCCTTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGTCCTGCTGAACACCTTAGGCAAATTGGCGGTGAAGCCTACTTATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102690 AGTCCTGCTGAACACCTTAGGCAAATTGGCGGTGAAGCCTACTTATGTCT

    800 
    783 C
        |
 102740 C