seq1 = pF1KB6315.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KB6315/gi568815595r_182845097.tfa (gi568815595r:182845097_183065754), 220658 bp

>pF1KB6315 777
>gi568815595r:182845097_183065754 (Chr3)

(complement)

1-220  (99998-100218)   99% ->
221-389  (101706-101874)   99% ->
390-520  (104399-104529)   100% ->
521-603  (118123-118205)   100% ->
604-700  (118421-118517)   100% ->
701-777  (120582-120658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT GAACAAGTTGAAATCATCGCAGAAGGATAAAGTTCGTCAGTTTATGA
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGAACAAGTTGAAATCATCGCAGAAGGATAAAGTTCGTCAGTTTATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TCTTCACACAATCTAGTGAAAAAACAGCAGTAAGTTGTCTTTCTCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TCTTCACACAATCTAGTGAAAAAACAGCAGTAAGTTGTCTTTCTCAAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GACTGGAAGTTAGATGTTGCAACAGATAATTTTTTCCAAAATCCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GACTGGAAGTTAGATGTTGCAACAGATAATTTTTTCCAAAATCCTGAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 TTATATACGAGAGAGTGTAAAAGGATCATTGGACAGGAAGAAGTTAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 TTATATACGAGAGAGTGTAAAAGGATCATTGGACAGGAAGAAGTTAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AGCTGTACAATAGATACAAAG         ACCCTCAAGATGAGAATAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100198 AGCTGTACAATAGATACAAAGGTG...AAGACCCTCAAGATGAGAATAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 ATTGGAATAGATGGCATACAGCAGTTCTGTGATGACCTGGCACTCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101726 ATTGGAATAGATGGCATACAGCAGTTCTGTGATGACCTGGCACTCGATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 AGCCAGCATTAGTGTGTTGATTATTGCATGGAAGTTCAGAGCAGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 101776 AGCCAGCATTAGTGTGTTGATTATTGCGTGGAAGTTCAGAGCAGCAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 AGTGCGAGTTCTCCAAACAGGAGTTCATGGATGGCATGACAGAATTAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101826 AGTGCGAGTTCTCCAAACAGGAGTTCATGGATGGCATGACAGAATTAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390         ATGTGACAGCATAGAAAAACTAAAGGCCCAGATACCCAAGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 TG...CAGATGTGACAGCATAGAAAAACTAAAGGCCCAGATACCCAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 GGAACAAGAATTGAAAGAACCAGGACGATTTAAGGATTTTTACCAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104441 GGAACAAGAATTGAAAGAACCAGGACGATTTAAGGATTTTTACCAGTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 CTTTTAATTTTGCAAAGAATCCAGGACAAAAAGGATTAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104491 CTTTTAATTTTGCAAAGAATCCAGGACAAAAAGGATTAGGTA...CAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 CTAGAAATGGCCATTGCCTACTGGAACTTAGTGCTTAATGGAAGATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118125 CTAGAAATGGCCATTGCCTACTGGAACTTAGTGCTTAATGGAAGATTTAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 ATTCTTAGACTTATGGAATAAATTTTTGTTG         GAACATCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118175 ATTCTTAGACTTATGGAATAAATTTTTGTTGGTA...TAGGAACATCATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 AACGATCAATACCAAAAGACACTTGGAATCTTCTTTTAGACTTCAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118431 AACGATCAATACCAAAAGACACTTGGAATCTTCTTTTAGACTTCAGTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 ATGATTGCAGATGACATGTCTAATTATGATGAAGAAG         GAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118481 ATGATTGCAGATGACATGTCTAATTATGATGAAGAAGGTA...CAGGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 ATGGCCTGTTCTTATTGATGACTTTGTGGAATTTGCACGCCCTCAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120586 ATGGCCTGTTCTTATTGATGACTTTGTGGAATTTGCACGCCCTCAAATTG

    800     .    :    .    :
    755 CTGGGACAAAAAGTACAACAGTG
        |||||||||||||||||||||||
 120636 CTGGGACAAAAAGTACAACAGTG