seq1 = pF1KB6307.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KB6307/gi568815597f_228635743.tfa (gi568815597f:228635743_228843737), 207995 bp

>pF1KB6307 774
>gi568815597f:228635743_228843737 (Chr1)

1-262  (100001-100262)   100% ->
263-321  (101931-101989)   100% ->
322-774  (107543-107995)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCCGCAGCAGGGGGACCCCGCGTTCCCCGACCGCTGCGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCCGCAGCAGGGGGACCCCGCGTTCCCCGACCGCTGCGAGGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCGGTGCCGCCGCGTCGGGAGCGCGGTGGACGCGGGGGACGCGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCGGTGCCGCCGCGTCGGGAGCGCGGTGGACGCGGGGGACGCGGGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGCCGGGGGGCCGGGGGCGTGCGGGGGGTGCCGAGGGGCGCGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGAGCCGGGGGGCCGGGGGCGTGCGGGGGGTGCCGAGGGGCGCGGCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTGCGTGCTGGTCGGCGACGGCGCGGTGGGCAAGACGAGCCTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGTGCGTGCTGGTCGGCGACGGCGCGGTGGGCAAGACGAGCCTGGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCTACACCACCAACGGCTACCCCACCGAGTACATCCCTACTGCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCTACACCACCAACGGCTACCCCACCGAGTACATCCCTACTGCCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAACTTCTCCG         CGGTGGTGTCTGTGGATGGGCGGCCCGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAACTTCTCCGGTG...AAGCGGTGGTGTCTGTGGATGGGCGGCCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGACTCCAACTCTGTGACACTGCCGGACAG         GATGAATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101960 AGACTCCAACTCTGTGACACTGCCGGACAGGTC...CAGGATGAATTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGCTGAGGCCTCTCTGCTACACCAACACAGACATCTTCCTGCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107554 CAAGCTGAGGCCTCTCTGCTACACCAACACAGACATCTTCCTGCTCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGTGTCGTGAGCCCCTCATCCTTCCAGAACGTCAGTGAGAAATGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107604 TCAGTGTCGTGAGCCCCTCATCCTTCCAGAACGTCAGTGAGAAATGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCGGAGATTCGATGCCACTGTCCCAAAGCCCCCATCATCCTAGTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107654 CCGGAGATTCGATGCCACTGTCCCAAAGCCCCCATCATCCTAGTTGGAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGTCGGATCTCAGAGAAGATGTCAAAGTCCTCATTGAGTTGGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107704 GCAGTCGGATCTCAGAGAAGATGTCAAAGTCCTCATTGAGTTGGACAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCAAAGAAAAGCCAGTGCCTGAAGAGGCGGCTAAGCTGTGCGCCGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 GCAAAGAAAAGCCAGTGCCTGAAGAGGCGGCTAAGCTGTGCGCCGAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATCAAAGCCGCCTCCTACATCGAGTGTTCAGCCTTGACTCAAAAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 ATCAAAGCCGCCTCCTACATCGAGTGTTCAGCCTTGACTCAAAAAAACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAAGAGGTCTTTGATGCAGCCATCGTCGCTGGCATTCAATACTCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 CAAAGAGGTCTTTGATGCAGCCATCGTCGCTGGCATTCAATACTCGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCAGCAACAGCCAAAGAAGTCTAAAAGCAGGACTCCAGATAAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107904 CTCAGCAACAGCCAAAGAAGTCTAAAAGCAGGACTCCAGATAAAATGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AACCTCTCCAAGTCCTGGTGGAAGAAGTACTGCTGTTTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107954 AACCTCTCCAAGTCCTGGTGGAAGAAGTACTGCTGTTTCGTA