seq1 = pF1KB6268.tfa, 2316 bp
seq2 = pF1KB6268/gi568815597f_23643504.tfa (gi568815597f:23643504_23859570), 216067 bp

>pF1KB6268 2316
>gi568815597f:23643504_23859570 (Chr1)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-132  (105518-105574)   100% ->
133-239  (106339-106445)   100% ->
240-1425  (107342-108527)   100% ->
1426-1537  (108904-109015)   100% ->
1538-1693  (110597-110752)   100% ->
1694-1791  (110860-110957)   100% ->
1792-1972  (112340-112520)   100% ->
1973-2084  (112771-112882)   100% ->
2085-2257  (113450-113622)   100% ->
2258-2316  (116009-116067)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAGTCGGCGCTCCAAGTTGTGGAGAAGCTGCAGGCGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAGTCGGCGCTCCAAGTTGTGGAGAAGCTGCAGGCGCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGAACCCGGACCCTAAGAAG         CTATTGAAATATTTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GGCCGCGAACCCGGACCCTAAGAAGGTA...CAGCTATTGAAATATTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAACTCTCCACCCTGCCTATTACAGTAGACATTCTTGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105534 AGAAACTCTCCACCCTGCCTATTACAGTAGACATTCTTGCGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGACTGGGGTTGGGAAAACAGTAAATAGCTTGCGAAAACACGAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106339 GAGACTGGGGTTGGGAAAACAGTAAATAGCTTGCGAAAACACGAGCATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAAGCTTTGCCAGGGACCTAGTGGCCCAGTGGAAGAAGCTGGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106389 TGGAAGCTTTGCCAGGGACCTAGTGGCCCAGTGGAAGAAGCTGGTTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAACG         AAATGCTGAGCCTGATGAACAGGACTTTGAGAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106439 TGGAACGGTA...TAGAAATGCTGAGCCTGATGAACAGGACTTTGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCAATTCCCGAAAGCGCCCTCGGGATGCCCTGCAGAAGGAGGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107376 AGCAATTCCCGAAAGCGCCCTCGGGATGCCCTGCAGAAGGAGGAGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGGGGGACTACCAAGAAACCTGGAAAGCCACGGGGAGCCGATCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107426 GGAGGGGGACTACCAAGAAACCTGGAAAGCCACGGGGAGCCGATCCTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCTGACCACAGGCAGAAGAAACATAGGAAACTCTCGGAGCTCGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107476 GCCCTGACCACAGGCAGAAGAAACATAGGAAACTCTCGGAGCTCGAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTCACAAAGTGTCTCACGGTCATGAGAGGAGAGATGAGAGAAAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107526 CCTCACAAAGTGTCTCACGGTCATGAGAGGAGAGATGAGAGAAAGAGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCACAGAATGTCACCAACTTACTCTTCAGACCCTGAGTCTTCTGATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107576 TCACAGAATGTCACCAACTTACTCTTCAGACCCTGAGTCTTCTGATTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCATGTTCAATCCCCTCCATCTTGTACCAGTCCTCATCAGATGTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107626 GCCATGTTCAATCCCCTCCATCTTGTACCAGTCCTCATCAGATGTACGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACCACTACAGATCCCTGGAGGAGGACCAGGAGCCCATTGTTTCACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107676 GACCACTACAGATCCCTGGAGGAGGACCAGGAGCCCATTGTTTCACACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGCCTGGGAAAGGCCACAGCAATGCCTTTCAGGACAGACTCGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107726 GAAGCCTGGGAAAGGCCACAGCAATGCCTTTCAGGACAGACTCGGGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCAAGAACGACACCTGGGTGAACCCCATGGGAAAGGGGTTGTGAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107776 GCCAAGAACGACACCTGGGTGAACCCCATGGGAAAGGGGTTGTGAGTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACAAGGAGCACAAATCTTCCCACAAGGACAAACGCCCCGTGGATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107826 AACAAGGAGCACAAATCTTCCCACAAGGACAAACGCCCCGTGGATGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGTGATGAGAAGGCCTCTGTGGTGAGCAGAGAGAAATCACACAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107876 GAGTGATGAGAAGGCCTCTGTGGTGAGCAGAGAGAAATCACACAAGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTCCAAAGAGGAGAACCGAAGGCCACCCTCAGGGGACAATGCAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107926 TCTCCAAAGAGGAGAACCGAAGGCCACCCTCAGGGGACAATGCAAGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAACCGCCCTCTAGTGGCGTAAAGAAAGAGAAGGACAGAGAGGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107976 AAACCGCCCTCTAGTGGCGTAAAGAAAGAGAAGGACAGAGAGGGCAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCTGAAGAAGAAGTGTTTGCCTCCCTCAGAGGCCGCTTCAGACAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108026 CCTGAAGAAGAAGTGTTTGCCTCCCTCAGAGGCCGCTTCAGACAACCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGAAAAAGCCAAAGCACAGAGACCCAGAGAAAGCCAAATTGGACAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108076 TGAAAAAGCCAAAGCACAGAGACCCAGAGAAAGCCAAATTGGACAAAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAGCAAGGTCTGGACAGCTTTGACACAGGAAAAGGAGCAGGAGACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108126 AAGCAAGGTCTGGACAGCTTTGACACAGGAAAAGGAGCAGGAGACCTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCCCAAGGTAAAAGAGAAGGGTTCTAACAACCTAAAGACTCCAGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108176 GCCCAAGGTAAAAGAGAAGGGTTCTAACAACCTAAAGACTCCAGAAGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGTCAAAACTAATTTGGATAGAAAGTCACTGGGCTCCCTCCCTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108226 AAGTCAAAACTAATTTGGATAGAAAGTCACTGGGCTCCCTCCCTAAAGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAGGAGACAGATATGGAGGATGAATTCGAGCAGCCAACCATGTCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108276 GAGGAGACAGATATGGAGGATGAATTCGAGCAGCCAACCATGTCTTTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ATCCTACCTCAGCTATGACCAGCCCCGGAAGAAAAAGAAAAAGATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108326 ATCCTACCTCAGCTATGACCAGCCCCGGAAGAAAAAGAAAAAGATTGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAACTTCAGCCACGGCACTTGGAGATAAAGGACTTAAAAAAAATGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108376 AAACTTCAGCCACGGCACTTGGAGATAAAGGACTTAAAAAAAATGACTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AAAAGCACTGGTAAAAACTTGGACTCAGTTCAGAAATTACCCAAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108426 AAAAGCACTGGTAAAAACTTGGACTCAGTTCAGAAATTACCCAAGGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAAAACCAAGTCAGAGAAGCCGGCTGGAGCTGATTTAGCCAAGCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108476 CAAAACCAAGTCAGAGAAGCCGGCTGGAGCTGATTTAGCCAAGCTGAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AG         GTGCCTGATGTGTTGCCAGTGTTGCCAGACCTCCCGTTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108526 AGGTA...CAGGTGCCTGATGTGTTGCCAGTGTTGCCAGACCTCCCGTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCCGCGATACAGGCCAATTACCGTCCACTGCCTTCCCTCGAGCTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108943 CCCGCGATACAGGCCAATTACCGTCCACTGCCTTCCCTCGAGCTGATATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CTCCTTCCAGCCAAAGCGAAAAG         CGTTCTCTTCACCCCAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108993 CTCCTTCCAGCCAAAGCGAAAAGGTA...TAGCGTTCTCTTCACCCCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AAGAAGAAGAAGCTGGATTTACTGGGCGCAGAATGAATTCCAAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110615 AAGAAGAAGAAGCTGGATTTACTGGGCGCAGAATGAATTCCAAGATGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GTGTATTCTGGTTCCAAGTGTGCCTATCTCCCTAAAATGATGACCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110665 GTGTATTCTGGTTCCAAGTGTGCCTATCTCCCTAAAATGATGACCTTGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCAGCAATGCATCCGAGTACTTAAAAACAACATCGATT         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110715 CCAGCAATGCATCCGAGTACTTAAAAACAACATCGATTGTA...CAGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TCTTTGAAGTGGGAGGAGTCCCATACTCTGTTCTTGAACCCGTTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110863 TCTTTGAAGTGGGAGGAGTCCCATACTCTGTTCTTGAACCCGTTTTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AGGTGTACACCTGATCAGCTGTATCGCATAGAGGAATACAATCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110913 AGGTGTACACCTGATCAGCTGTATCGCATAGAGGAATACAATCATGTG..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792     GTATTAATTGAAGAAACAGATCAATTATGGAAAGTTCATTGTCACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110963 .CAGGTATTAATTGAAGAAACAGATCAATTATGGAAAGTTCATTGTCACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 GAGACTTTAAGGAAGAAAGACCCGAAGAGTATGAGTCGTGGCGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112386 GAGACTTTAAGGAAGAAAGACCCGAAGAGTATGAGTCGTGGCGAGAGATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 TACCTGCGGCTTCAGGACGCCCGAGAGCAGCGGCTACGAGTACTAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112436 TACCTGCGGCTTCAGGACGCCCGAGAGCAGCGGCTACGAGTACTAACAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 GAATATCCAGTTCGCACATGCCAATAAGCCCAAAG         GCCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112486 GAATATCCAGTTCGCACATGCCAATAAGCCCAAAGGTA...CAGGCCGAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 AAGCAAAGATGGCCTTTGTCAACTCTGTGGCCAAGCCACCTCGTGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112777 AAGCAAAGATGGCCTTTGTCAACTCTGTGGCCAAGCCACCTCGTGACGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 CGGAGGAGGCAGGAAAAGTTTGGAACGGGAGGAGCAGCTGTCCCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112827 CGGAGGAGGCAGGAAAAGTTTGGAACGGGAGGAGCAGCTGTCCCTGAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 AATCAA         GATCAAGCCAGCCCCGTACCCCATGGGAAGCAGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112877 AATCAAGTA...CAGGATCAAGCCAGCCCCGTACCCCATGGGAAGCAGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 ATGCTTCCGCCAGTAGCATCAGCTTTAACCCCAGCCCTGAGGAGCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113485 ATGCTTCCGCCAGTAGCATCAGCTTTAACCCCAGCCCTGAGGAGCCGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 TATGATGGCCCAAGCACCAGCAGTGCCCACTTGGCACCAGTGGTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113535 TATGATGGCCCAAGCACCAGCAGTGCCCACTTGGCACCAGTGGTCAGCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 CACTGTTTCCTATGATCCTAGGAAACCCACTGTGAAGA         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113585 CACTGTTTCCTATGATCCTAGGAAACCCACTGTGAAGAGTA...CAGAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 TTGCCCCAATGATGGCCAAGACAATTAAAGCTTTCAAGAACAGATTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116012 TTGCCCCAATGATGGCCAAGACAATTAAAGCTTTCAAGAACAGATTCTCC

   2400     .
   2311 CGACGA
        ||||||
 116062 CGACGA