seq1 = pF1KB6261.tfa, 2058 bp
seq2 = pF1KB6261/gi568815588f_50974591.tfa (gi568815588f:50974591_52393897), 1419307 bp

>pF1KB6261 2058
>gi568815588f:50974591_52393897 (Chr10)

1-311  (100001-100311)   100% ->
312-478  (178574-178740)   100% ==
761-840  (1079892-1079971)   100% ->
841-936  (1087947-1088042)   100% ==
1077-1173  (1276980-1277076)   100% ->
1174-1313  (1296760-1296899)   100% ->
1314-1403  (1297802-1297891)   100% ->
1404-1545  (1306199-1306340)   100% ->
1546-1709  (1307563-1307726)   100% ->
1710-1832  (1314136-1314258)   100% ->
1833-1895  (1314341-1314403)   100% ->
1896-1962  (1315634-1315700)   100% ->
1963-2058  (1319212-1319307)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACCTTGCGGGATTTACAGTACGCGCTCCAGGAGAAGATCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCACCTTGCGGGATTTACAGTACGCGCTCCAGGAGAAGATCGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAGGCAGCGGGATGCTCTCATCGACGAGCTGGAGCTGGAGTTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAGGCAGCGGGATGCTCTCATCGACGAGCTGGAGCTGGAGTTGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGGACGAACTGATCCAGAAGCTGCAGAACGAGCTGGACAAGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGGACGAACTGATCCAGAAGCTGCAGAACGAGCTGGACAAGTACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGTGATCCGACCAGCCACCCAGCAGGCGCAGAAGCAGAGCGCGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGTGATCCGACCAGCCACCCAGCAGGCGCAGAAGCAGAGCGCGAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGCAGGGCGAGCCGCGCACCAAGCGGCAGGCGATCTCCGCCGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTGCAGGGCGAGCCGCGCACCAAGCGGCAGGCGATCTCCGCCGAGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGCCTTCGACATCCAGGATCTCAGCCATGTGACCCTGCCCTTCTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGCCTTCGACATCCAGGATCTCAGCCATGTGACCCTGCCCTTCTACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAGCCCACA         GTCCAAGGATCTTATAAAGGAAGCTATCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGAGCCCACAGTA...TAGGTCCAAGGATCTTATAAAGGAAGCTATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACAATGACTTTATGAAGAACTTGGAGCTGTCGCAGATCCAGGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178604 TGACAATGACTTTATGAAGAACTTGGAGCTGTCGCAGATCCAGGAGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGATTGTATGTACCCGGTGGAGTATGGCAAGGACAGTTGCATCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178654 TGGATTGTATGTACCCGGTGGAGTATGGCAAGGACAGTTGCATCATCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .
    442 GAAGGAGACGTGGGGTCACTGGTGTATGTCATGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178704 GAAGGAGACGTGGGGTCACTGGTGTATGTCATGGAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AGACCCACTATGAAAATGGAGAATATATTATCAGGCAAGGTGCAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1079892 AGACCCACTATGAAAATGGAGAATATATTATCAGGCAAGGTGCAAGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GACACCTTCTTTATCATCAGCAAAGGAACG         GTAAATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
1079942 GACACCTTCTTTATCATCAGCAAAGGAACGGTA...CAGGTAAATGTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 TCGTGAAGACTCACCGAGTGAAGACCCAGTCTTTCTTAGAACTTTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1087958 TCGTGAAGACTCACCGAGTGAAGACCCAGTCTTTCTTAGAACTTTAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .
    902 AAGGAGACTGGTTTGGAGAGAAAGCCTTGCAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
1088008 AAGGAGACTGGTTTGGAGAGAAAGCCTTGCAGGGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077 ATATGAAGCTGAAGCGGCTTTCTTCGCCAACCTGAAGCTGTCTGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1276980 ATATGAAGCTGAAGCGGCTTTCTTCGCCAACCTGAAGCTGTCTGATTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127 ACATCATTGATACCCTTGGAGTTGGAGGTTTCGGACGAGTAGAACTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
1277030 ACATCATTGATACCCTTGGAGTTGGAGGTTTCGGACGAGTAGAACTGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174       GTCCAGTTGAAAAGTGAAGAATCCAAAACGTTTGCAATGAAGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1277080 ...AAGGTCCAGTTGAAAAGTGAAGAATCCAAAACGTTTGCAATGAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1218 TCTCAAGAAACGTCACATTGTGGACACAAGACAGCAGGAGCACATCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1296804 TCTCAAGAAACGTCACATTGTGGACACAAGACAGCAGGAGCACATCCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1268 CAGAGAAGCAGATCATGCAGGGGGCTCATTCCGATTTCATAGTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
1296854 CAGAGAAGCAGATCATGCAGGGGGCTCATTCCGATTTCATAGTGAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314      ACTGTACAGAACATTTAAGGACAGCAAATATTTGTATATGTTGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1296904 ..CAGACTGTACAGAACATTTAAGGACAGCAAATATTTGTATATGTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359 GGAAGCTTGTCTAGGTGGAGAGCTCTGGACCATTCTCAGGGATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
1297847 GGAAGCTTGTCTAGGTGGAGAGCTCTGGACCATTCTCAGGGATAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1404     AGGTTCGTTTGAAGATTCTACAACCAGATTTTACACAGCATGTGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1297897 .CAGAGGTTCGTTTGAAGATTCTACAACCAGATTTTACACAGCATGTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 GTAGAAGCTTTTGCCTATCTGCATTCCAAAGGAATCATTTACAGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1306245 GTAGAAGCTTTTGCCTATCTGCATTCCAAAGGAATCATTTACAGGGACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 CAAGCCAGAAAATCTCATCCTAGATCACCGAGGTTATGCCAAACTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
1306295 CAAGCCAGAAAATCTCATCCTAGATCACCGAGGTTATGCCAAACTGGTC.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1546      GTTGATTTTGGCTTTGCAAAGAAAATAGGATTTGGAAAGAAAACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1306345 ..AAGGTTGATTTTGGCTTTGCAAAGAAAATAGGATTTGGAAAGAAAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 TGGACTTTTTGTGGGACTCCAGAGTATGTAGCCCCAGAGATCATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1307608 TGGACTTTTTGTGGGACTCCAGAGTATGTAGCCCCAGAGATCATCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 CAAAGGCCATGACATTTCAGCCGACTACTGGTCACTGGGAATCCTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1307658 CAAAGGCCATGACATTTCAGCCGACTACTGGTCACTGGGAATCCTAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691 ATGAACTCCTGACTGGCAG         CCCACCTTTCTCAGGCCCAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
1307708 ATGAACTCCTGACTGGCAGGTA...CAGCCCACCTTTCTCAGGCCCAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1732 CCTATGAAAACCTATAACATCATATTGAGGGGGATTGACATGATAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1314158 CCTATGAAAACCTATAACATCATATTGAGGGGGATTGACATGATAGAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1782 TCCAAAGAAGATTGCCAAAAATGCTGCTAATTTAATTAAAAAACTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1314208 TCCAAAGAAGATTGCCAAAAATGCTGCTAATTTAATTAAAAAACTATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1832 G         GGACAATCCATCAGAAAGATTAGGGAATTTGAAAAATGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1314258 GGTA...TAGGGACAATCCATCAGAAAGATTAGGGAATTTGAAAAATGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1873 GTAAAAGACATTCAAAAGCACAA         ATGGTTTGAGGGCTTTAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
1314381 GTAAAAGACATTCAAAAGCACAAGTA...TAGATGGTTTGAGGGCTTTAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1914 CTGGGAAGGCTTAAGAAAAGGTACCTTGACACCTCCTATAATACCAAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
1315652 CTGGGAAGGCTTAAGAAAAGGTACCTTGACACCTCCTATAATACCAAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963         GTTGCATCACCCACAGACACAAGTAATTTTGACAGTTTCCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1315702 TA...CAGGTTGCATCACCCACAGACACAAGTAATTTTGACAGTTTCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2005 GAGGACAACGATGAACCACCACCTGATGACAACTCAGGATGGGATATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319254 GAGGACAACGATGAACCACCACCTGATGACAACTCAGGATGGGATATAGA

   1050 
   2055 CTTC
        ||||
1319304 CTTC