seq1 = pF1KB6253.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KB6253/gi568815592f_135085900.tfa (gi568815592f:135085900_135317977), 232078 bp

>pF1KB6253 1920
>gi568815592f:135085900_135317977 (Chr6)

1-23  (95615-95637)   100% ->
24-141  (100004-100121)   100% ->
142-213  (101935-102006)   100% ->
214-306  (103892-103984)   100% ->
307-527  (104228-104448)   100% ->
528-762  (106425-106659)   100% ->
763-843  (107939-108019)   100% ->
844-948  (108457-108561)   100% ->
949-1203  (109849-110103)   100% ->
1204-1346  (113009-113151)   100% ->
1347-1461  (114186-114300)   100% ->
1462-1587  (114391-114516)   100% ->
1588-1698  (115740-115850)   100% ->
1699-1806  (117318-117425)   100% ->
1807-1920  (131965-132078)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGAAGACCCCGGCACAG         CATATATAGCAGTGACGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  95615 ATGGCCCGAAGACCCCGGCACAGGTA...CAGCATATATAGCAGTGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATGATGAGGACTTTGAGATGTGTGACCATGACTATGATGGGCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 GGATGATGAGGACTTTGAGATGTGTGACCATGACTATGATGGGCTGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAGTCTGGAAAGCGTCACTTGGGGAAAACAAGGTGGACCCGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 CCAAGTCTGGAAAGCGTCACTTGGGGAAAACAAGGTGGACCCGGGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          GATGAAAAACTGAAGAAGCTGGTGGAACAGAATGGAACAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 GTA...TAGGATGAAAAACTGAAGAAGCTGGTGGAACAGAATGGAACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGACTGGAAAGTTATTGCCAATTATCTCCCG         AATCGAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101976 TGACTGGAAAGTTATTGCCAATTATCTCCCGGTA...TAGAATCGAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGTGCAGTGCCAGCACCGATGGCAGAAAGTACTAAACCCTGAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 ATGTGCAGTGCCAGCACCGATGGCAGAAAGTACTAAACCCTGAGCTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGGGTCCTTGGACCAAAGAAGAAGATCAGAGA         GTGATAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103952 AAGGGTCCTTGGACCAAAGAAGAAGATCAGAGAGTA...AAGGTGATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCTTGTACAGAAATACGGTCCGAAACGTTGGTCTGTTATTGCCAAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104236 GCTTGTACAGAAATACGGTCCGAAACGTTGGTCTGTTATTGCCAAGCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAAAGGGGAGAATTGGAAAACAATGTAGGGAGAGGTGGCATAACCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104286 TAAAGGGGAGAATTGGAAAACAATGTAGGGAGAGGTGGCATAACCACTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATCCAGAAGTTAAGAAAACCTCCTGGACAGAAGAGGAAGACAGAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104336 AATCCAGAAGTTAAGAAAACCTCCTGGACAGAAGAGGAAGACAGAATTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTACCAGGCACACAAGAGACTGGGGAACAGATGGGCAGAAATCGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104386 TTACCAGGCACACAAGAGACTGGGGAACAGATGGGCAGAAATCGCAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTGCCTGGACG         AACTGATAATGCTATCAAGAACCACTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104436 TACTGCCTGGACGGTA...CAGAACTGATAATGCTATCAAGAACCACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATTCTACAATGCGTCGGAAGGTCGAACAGGAAGGTTATCTGCAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106453 AATTCTACAATGCGTCGGAAGGTCGAACAGGAAGGTTATCTGCAGGAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCAAAAGCCAGCCAGCCAGCAGTGGCCACAAGCTTCCAGAAGAACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106503 TTCAAAAGCCAGCCAGCCAGCAGTGGCCACAAGCTTCCAGAAGAACAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTTGATGGGTTTTGCTCAGGCTCCGCCTACAGCTCAACTCCCTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106553 ATTTGATGGGTTTTGCTCAGGCTCCGCCTACAGCTCAACTCCCTGCCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCCAGCCCACTGTTAACAACGACTATTCCTATTACCACATTTCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106603 GGCCAGCCCACTGTTAACAACGACTATTCCTATTACCACATTTCTGAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAAAAT         GTCTCCAGTCATGTTCCATACCCTGTAGCGTTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106653 ACAAAATGTA...TAGGTCTCCAGTCATGTTCCATACCCTGTAGCGTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGTAAATATAGTCAATGTCCCTCAGCCAGCTGCCGCAGCCATTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107973 ATGTAAATATAGTCAATGTCCCTCAGCCAGCTGCCGCAGCCATTCAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       AGACACTATAATGATGAAGACCCTGAGAAGGAAAAGCGAATAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108023 ...CAGAGACACTATAATGATGAAGACCCTGAGAAGGAAAAGCGAATAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAATTAGAATTGCTCCTAATGTCAACCGAGAATGAGCTAAAAGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108501 GGAATTAGAATTGCTCCTAATGTCAACCGAGAATGAGCTAAAAGGACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGTGCTACCA         ACACAGAACCACACATGCAGCTACCCCGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108551 AGGTGCTACCAGTA...TAGACACAGAACCACACATGCAGCTACCCCGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGGCACAGCACCACCATTGCCGACCACACCAGACCTCATGGAGACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109879 TGGCACAGCACCACCATTGCCGACCACACCAGACCTCATGGAGACAGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACCTGTTTCCTGTTTGGGAGAACACCACTCCACTCCATCTCTGCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109929 ACCTGTTTCCTGTTTGGGAGAACACCACTCCACTCCATCTCTGCCAGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCCTGGCTCCCTACCTGAAGAAAGCGCCTCGCCAGCAAGGTGCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109979 ATCCTGGCTCCCTACCTGAAGAAAGCGCCTCGCCAGCAAGGTGCATGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTCCACCAGGGCACCATTCTGGATAATGTTAAGAACCTCTTAGAATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110029 GTCCACCAGGGCACCATTCTGGATAATGTTAAGAACCTCTTAGAATTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAAACACTCCAATTTATAGATTCT         TTCTTAAACACTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110079 AGAAACACTCCAATTTATAGATTCTGTA...TAGTTCTTAAACACTTCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTAACCATGAAAACTCAGACTTGGAAATGCCTTCTTTAACTTCCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113025 GTAACCATGAAAACTCAGACTTGGAAATGCCTTCTTTAACTTCCACCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCATTGGTCACAAATTGACTGTTACAACACCATTTCATAGAGACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113075 CTCATTGGTCACAAATTGACTGTTACAACACCATTTCATAGAGACCAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGTGAAAACTCAAAAGGAAAATACTGT         TTTTAGAACCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113125 TGTGAAAACTCAAAAGGAAAATACTGTGTA...AAGTTTTAGAACCCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTATCAAAAGGTCAATCTTAGAAAGCTCTCCAAGAACTCCTACACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114200 CTATCAAAAGGTCAATCTTAGAAAGCTCTCCAAGAACTCCTACACCATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAACATGCACTTGCAGCTCAAGAAATTAAATACGGTCCCCTGAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114250 AAACATGCACTTGCAGCTCAAGAAATTAAATACGGTCCCCTGAAGATGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 A         CCTCAGACACCCTCTCATCTAGTAGAAGATCTGCAGGATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114300 AGTA...TAGCCTCAGACACCCTCTCATCTAGTAGAAGATCTGCAGGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGATCAAACAGGAATCTGATGAATCTGGAATTGTTGCTGAGTTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114431 TGATCAAACAGGAATCTGATGAATCTGGAATTGTTGCTGAGTTTCAAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AATGGACCACCCTTACTGAAGAAAATCAAACAAGAG         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114481 AATGGACCACCCTTACTGAAGAAAATCAAACAAGAGGTA...TAGGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 ATCTCCAACTGATAAATCAGGAAACTTCTTCTGCTCACACCACTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115745 ATCTCCAACTGATAAATCAGGAAACTTCTTCTGCTCACACCACTGGGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGGACAGTCTGAATACCCAACTGTTCACGCAGACCTCGCCTGTGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115795 GGGACAGTCTGAATACCCAACTGTTCACGCAGACCTCGCCTGTGGCAGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GCACCG         AATATTCTTACAAGCTCCGTTTTAATGGCACCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115845 GCACCGGTA...TAGAATATTCTTACAAGCTCCGTTTTAATGGCACCAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 ATCAGAAGATGAAGACAATGTTCTCAAAGCATTTACAGTACCTAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117353 ATCAGAAGATGAAGACAATGTTCTCAAAGCATTTACAGTACCTAAAAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGTCCCTGGCGAGCCCCTTGCAG         CCTTGTAGCAGTACCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117403 GGTCCCTGGCGAGCCCCTTGCAGGTA...CAGCCTTGTAGCAGTACCTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAACCTGCATCCTGTGGAAAGATGGAGGAGCAGATGACATCTTCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131983 GAACCTGCATCCTGTGGAAAGATGGAGGAGCAGATGACATCTTCCAGTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1875 AGCTCGTAAATACGTGAATGCATTCTCAGCCCGGACGCTGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132033 AGCTCGTAAATACGTGAATGCATTCTCAGCCCGGACGCTGGTCATG