seq1 = pF1KB6243.tfa, 2259 bp
seq2 = pF1KB6243/gi568815597r_37715139.tfa (gi568815597r:37715139_37957658), 242520 bp

>pF1KB6243 2259
>gi568815597r:37715139_37957658 (Chr1)

(complement)

1-408  (100001-100408)   100% ->
409-647  (117501-117739)   100% ->
648-779  (118903-119034)   100% ->
780-853  (121915-121988)   100% ->
854-990  (122444-122580)   100% ->
991-1068  (125337-125414)   100% ->
1069-1171  (133847-133949)   99% ->
1172-1767  (134943-135538)   99% ->
1768-1831  (140177-140240)   100% ->
1832-2259  (142093-142520)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAACACAGTCCAGACAACAACATCATCTACTTTGAGGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGAACACAGTCCAGACAACAACATCATCTACTTTGAGGCAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATGAGCTGACCCCCGATGATAAAATGCTCAGGTTTGTGGATAAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATGAGCTGACCCCCGATGATAAAATGCTCAGGTTTGTGGATAAAAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTGGTGCCTTCCTCATCTGGAACTGTTTATGATAGGACCACTGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACTGGTGCCTTCCTCATCTGGAACTGTTTATGATAGGACCACTGTTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGAGCAGGACCCTGGCACTTTGGAGGATGAAGATGACGACGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGAGCAGGACCCTGGCACTTTGGAGGATGAAGATGACGACGGACAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGAACACTTGCCTTTTCTAGTAGGGGGTGAAGAGGGCTTTCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGAGAACACTTGCCTTTTCTAGTAGGGGGTGAAGAGGGCTTTCACCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGATCATGAAGCAATGTCCCAGGGTTATGTGCAGCACATTATCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGATCATGAAGCAATGTCCCAGGGTTATGTGCAGCACATTATCTCACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATCAGATTCATTTGACAATAAACCCTGGTTCCACACCCATGCCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATCAGATTCATTTGACAATAAACCCTGGTTCCACACCCATGCCAAGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATTGAAGGTGCAACCCTCACTCTGCAGTCGGAATGTCCGGAAACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATTGAAGGTGCAACCCTCACTCTGCAGTCGGAATGTCCGGAAACAAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTAAAGAA         GTAAAGCGGTACCAATGTACCTTTGAGGGCTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTAAAGAAGTA...CAGGTAAAGCGGTACCAATGTACCTTTGAGGGCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCCGCACCTACAGCACAGCAGGCAACCTGCGAACCCACCAGAAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117534 CCCCGCACCTACAGCACAGCAGGCAACCTGCGAACCCACCAGAAGACTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGAGGAGAGTACACCTTTGTCTGTAATCAGGAGGGCTGTGGCAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117584 CCGAGGAGAGTACACCTTTGTCTGTAATCAGGAGGGCTGTGGCAAAGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCTTACCTCTTACAGCCTCAGGATCCACGTGCGAGTGCACACGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117634 TCCTTACCTCTTACAGCCTCAGGATCCACGTGCGAGTGCACACGAAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGCCATTTGAGTGTGACGTGCAGGGCTGTGAGAAGGCATTCAACACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117684 AAGCCATTTGAGTGTGACGTGCAGGGCTGTGAGAAGGCATTCAACACACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTACAG         GCTGAAAGCACATCAGAGGCTTCACACAGGGAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117734 GTACAGGTC...CAGGCTGAAAGCACATCAGAGGCTTCACACAGGGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CGTTTAACTGTGAATCTGAAGGCTGCAGCAAATACTTCACCACACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118938 CGTTTAACTGTGAATCTGAAGGCTGCAGCAAATACTTCACCACACTCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GATCTGAGGAAGCACATTCGAACTCATACAGGGGAAAAGCCATTTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118988 GATCTGAGGAAGCACATTCGAACTCATACAGGGGAAAAGCCATTTCGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780       GTGCGATCACGATGGCTGTGGAAAAGCATTTGCAGCAAGCCACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119038 ...TAGGTGCGATCACGATGGCTGTGGAAAAGCATTTGCAGCAAGCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACCTTAAAACTCACGTTCGTACACATACTG         GTGAAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121959 ACCTTAAAACTCACGTTCGTACACATACTGGTG...CAGGTGAAAGACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCTTCTGCCCCAGTAATGGCTGTGAGAAAACATTCAGCACTCAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122455 TTCTTCTGCCCCAGTAATGGCTGTGAGAAAACATTCAGCACTCAATACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTCAAAAGTCACATGAAAGGTCATGATAACAAAGGACACTCATACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122505 TCTCAAAAGTCACATGAAAGGTCATGATAACAAAGGACACTCATACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CACTTCCACAACACAATGGATCAGAG         GATACAAATCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122555 CACTTCCACAACACAATGGATCAGAGGTG...CAGGATACAAATCACTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTTGTCTAAGTGACTTGAGCCTTCTGTCCACAGATTCTGAATTGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125352 CTTTGTCTAAGTGACTTGAGCCTTCTGTCCACAGATTCTGAATTGCGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAATTCCAGTACG         ACCCAGGGCCAGGACCTCAGCACAATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125402 AAATTCCAGTACGGTA...CAGACCCAGGGCCAGGACCTCAGCACAATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CACCAGCAATCATCTTTGAATCAATGTTCCAGAATTCAGATGATACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133875 CACCAGCAATCATCTTTGAATCAATGTTCCAGAATTCAGATGATACGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTCAGGAAGATCCTCAACAGACGG         CTTCCTTGACTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||||||||
 133925 ATTCAGGAAGATCCTCAACAGACAGGTT...CAGCTTCCTTGACTGAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTTTAATGGTGATGCAGAGTCAGTCAGTGATGTTCCGCCATCCACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134959 TTTTAATGGTGATGCAGAGTCAGTCAGTGATGTTCCGCCATCCACAGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATTCAGCATCTTTATCTCTTCCACTTGTACTGCAACCTGGCCTCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135009 ATTCAGCATCTTTATCTCTTCCACTTGTACTGCAACCTGGCCTCTCCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCACCCCAGCCTCTACTACCTGCCTCAGCTCCGTCTGCTCCTCCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135059 CCACCCCAGCCTCTACTACCTGCCTCAGCTCCGTCTGCTCCTCCGCCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TCCCTCCCTAGGACCTGGCTCCCAGCAAGCTGCATTTGGCAACCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135109 TCCCTCCCTAGGACCTGGCTCCCAGCAAGCTGCATTTGGCAACCCCCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTCTCTTACAACCTCCAGAAGTGCCTGTTCCCCACAGCACACAGTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135159 CTCTCTTACAACCTCCAGAAGTGCCTGTTCCCCACAGCACACAGTTTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCTAATCATCAAGAGTTTCTTCCGCACCCCCAGGCACCGCAGCCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135209 GCTAATCATCAAGAGTTTCTTCCGCACCCCCAGGCACCGCAGCCCATTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ACCAGGACTTTCTGTTGTCGCTGGGGCTTCTGCATCAGCAGCGGCAGTGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 135259 ACCAGGACTTTCTGTTGTTGCTGGGGCTTCTGCATCAGCAGCGGCAGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CATCAGCTGTGGCAGCACCAGCCCCACCACAAAGTACTACTGAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135309 CATCAGCTGTGGCAGCACCAGCCCCACCACAAAGTACTACTGAGCCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CCAGCCATGGTCCAGACTCTGCCCCTGGGTGCCAACTCTGTCCTAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135359 CCAGCCATGGTCCAGACTCTGCCCCTGGGTGCCAACTCTGTCCTAACTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TAATCCCACAATAACCATCACCCCAACTCCCAACACAGCTATCCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135409 TAATCCCACAATAACCATCACCCCAACTCCCAACACAGCTATCCTGCAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CCAGCCTAGTCATGGGAGAACAGAACTTACAATGGATATTAAATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135459 CCAGCCTAGTCATGGGAGAACAGAACTTACAATGGATATTAAATGGTGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 ACCAGTTCTCCACAAAACCAAGAACAAATT         CAGCAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 135509 ACCAGTTCTCCACAAAACCAAGAACAAATTGTA...CAGCAGCAAGCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TAAAGTTGAGAAGGTGTTTTTTACCACTGCAGTACCAGTAGCCAGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140188 TAAAGTTGAGAAGGTGTTTTTTACCACTGCAGTACCAGTAGCCAGTAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CAG         GGAGCTCTGTCCAGCAGATTGGCCTCAGTGTTCCTGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140238 CAGGTA...CAGGGAGCTCTGTCCAGCAGATTGGCCTCAGTGTTCCTGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 ATCATCATCAAACAAGAAGAGGCATGTCAGTGTCAGTGTGCATGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142131 ATCATCATCAAACAAGAAGAGGCATGTCAGTGTCAGTGTGCATGCCGGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CTCTGCAAAGGAGCGGGCATCCAGCAGGAGAAAGGGCTGCTCCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142181 CTCTGCAAAGGAGCGGGCATCCAGCAGGAGAAAGGGCTGCTCCTCCCCAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CCCCTCCAGAGCCGAGCCCCCAGGCTCCTGATGGGCCCAGCCTGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142231 CCCCTCCAGAGCCGAGCCCCCAGGCTCCTGATGGGCCCAGCCTGCAGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CCAGCGCAGACTTTCTCTTCAGCCCCTGTTCCCGGGTCATCATCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142281 CCAGCGCAGACTTTCTCTTCAGCCCCTGTTCCCGGGTCATCATCCTCTAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CTTGCCCTCCTCCTGTGAGCAAAGCCGACAAGCAGAGACTCCTTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142331 CTTGCCCTCCTCCTGTGAGCAAAGCCGACAAGCAGAGACTCCTTCAGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CTCAGACAGAAACATTAAGTGCCATGGATGTGTCAGAGTTTCTATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142381 CTCAGACAGAAACATTAAGTGCCATGGATGTGTCAGAGTTTCTATCCCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 CAGAGCCTGGACACCCCGTCCAATCTGATTCCCATTGAAGCACTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142431 CAGAGCCTGGACACCCCGTCCAATCTGATTCCCATTGAAGCACTACTGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GGGGGAGGAGGAGATGGGCCTCACCAGCAGCTTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142481 GGGGGAGGAGGAGATGGGCCTCACCAGCAGCTTCTCCAAG