seq1 = pF1KB6240.tfa, 2031 bp
seq2 = pF1KB6240/gi568815595r_70859250.tfa (gi568815595r:70859250_71298381), 439132 bp

>pF1KB6240 2031
>gi568815595r:70859250_71298381 (Chr3)

(complement)

1-181  (100001-100181)   100% ==
281-420  (244607-244746)   100% ->
421-510  (245756-245845)   100% ->
511-664  (251287-251440)   100% ->
665-869  (256850-257054)   100% ->
870-974  (282729-282833)   100% ->
975-1062  (297323-297410)   100% ->
1063-1146  (310305-310388)   100% ->
1147-1348  (320353-320554)   100% ->
1349-1428  (320660-320739)   100% ->
1429-1530  (321340-321441)   100% ->
1531-1652  (325706-325827)   100% ->
1653-1722  (327577-327646)   100% ->
1723-1889  (332326-332492)   100% ->
1890-2031  (338991-339132)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCAAGAATCTGGGACTGAGACAAAAAGTAACGGTTCAGCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCAAGAATCTGGGACTGAGACAAAAAGTAACGGTTCAGCCATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGGGTCGGGCGGCAGCAACCACTTACTAGAGTGCGGCGGTCTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATGGGTCGGGCGGCAGCAACCACTTACTAGAGTGCGGCGGTCTTCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGGCGGTCCAACGGAGAGACGCCGGCCGTGGACATCGGGGCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGGCGGTCCAACGGAGAGACGCCGGCCGTGGACATCGGGGCAGCTGAC

    150     .    :    .    :    .    :
    151 CTCGCCCACGCCCAGCAGCAGCAGCAACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCGCCCACGCCCAGCAGCAGCAGCAACAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281 AGGTTCCCGTGTCAGTGGCTATGATGACACCTCAAGTTATCACTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244607 AGGTTCCCGTGTCAGTGGCTATGATGACACCTCAAGTTATCACTCCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 CAAATGCAGCAGATCCTCCAGCAACAAGTGCTGAGCCCTCAGCAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244657 CAAATGCAGCAGATCCTCCAGCAACAAGTGCTGAGCCCTCAGCAGCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 GGTTCTCCTCCAGCAGCAGCAGGCCCTCATGCTTCAACAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 244707 GGTTCTCCTCCAGCAGCAGCAGGCCCTCATGCTTCAACAGGTA...TAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 AGCAGCTTCAAGAGTTTTATAAAAAACAACAGGAACAGTTGCAGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245757 AGCAGCTTCAAGAGTTTTATAAAAAACAACAGGAACAGTTGCAGCTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 CTTTTACAACAACAACATGCTGGAAAACAGCCTAAAGAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 245807 CTTTTACAACAACAACATGCTGGAAAACAGCCTAAAGAGGTA...CAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 ACAGCAGGTGGCTACCCAGCAGTTGGCTTTTCAGCAGCAGCTTTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251289 ACAGCAGGTGGCTACCCAGCAGTTGGCTTTTCAGCAGCAGCTTTTACAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 TGCAGCAGTTACAGCAGCAGCACCTCCTGTCTTTGCAGCGCCAAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251339 TGCAGCAGTTACAGCAGCAGCACCTCCTGTCTTTGCAGCGCCAAGGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 CTGACAATTCAGCCCGGGCAGCCTGCCCTTCCCCTTCAACCTCTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251389 CTGACAATTCAGCCCGGGCAGCCTGCCCTTCCCCTTCAACCTCTTGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663 AG         GCATGATTCCAACAGAACTGCAGCAGCTCTGGAAAGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251439 AGGTA...CAGGCATGATTCCAACAGAACTGCAGCAGCTCTGGAAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    704 TGACAAGTGCTCATACTGCAGAAGAAACCACAGGCAACAATCACAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256889 TGACAAGTGCTCATACTGCAGAAGAAACCACAGGCAACAATCACAGCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754 TTGGATCTGACCACGACATGTGTCTCCTCCTCTGCACCTTCCAAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256939 TTGGATCTGACCACGACATGTGTCTCCTCCTCTGCACCTTCCAAGACCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804 CTTAATAATGAACCCACATGCCTCTACCAATGGACAGCTCTCAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256989 CTTAATAATGAACCCACATGCCTCTACCAATGGACAGCTCTCAGTCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854 CTCCCAAAAGGGAAAG         TTTGTCCCATGAGGAGCACCCCCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 257039 CTCCCAAAAGGGAAAGGTA...CAGTTTGTCCCATGAGGAGCACCCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895 AGCCATCCTCTCTATGGACATGGTGTATGCAAGTGGCCAGGCTGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282754 AGCCATCCTCTCTATGGACATGGTGTATGCAAGTGGCCAGGCTGTGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 AGTGTGCGAAGATTTCCAATCATTTCTAAA         ACATCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 282804 AGTGTGCGAAGATTTCCAATCATTTCTAAAGTA...CAGACATCTCAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986 GTGAGCATGCGCTGGACGATAGAAGTACAGCCCAATGTAGAGTACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297334 GTGAGCATGCGCTGGACGATAGAAGTACAGCCCAATGTAGAGTACAAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 CAGGTTGTACAGCAGTTAGAGCTACAG         CTTGCAAAAGACAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 297384 CAGGTTGTACAGCAGTTAGAGCTACAGGTA...CAGCTTGCAAAAGACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077 AGAACGCCTGCAAGCCATGATGACCCACCTGCATGTGAAGTCTACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310319 AGAACGCCTGCAAGCCATGATGACCCACCTGCATGTGAAGTCTACAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127 CCAAAGCCGCCCCTCAGCCC         TTGAATCTGGTATCAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 310369 CCAAAGCCGCCCCTCAGCCCGTA...CAGTTGAATCTGGTATCAAGTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1168 ACTCTCTCCAAGTCCGCATCGGAGGCTTCTCCACAGAGCTTACCTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320374 ACTCTCTCCAAGTCCGCATCGGAGGCTTCTCCACAGAGCTTACCTCATAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1218 TCCAACGACCCCAACCGCCCCCCTGACTCCCGTCACCCAAGGCCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320424 TCCAACGACCCCAACCGCCCCCCTGACTCCCGTCACCCAAGGCCCCTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1268 TCATCACAACCACCAGCATGCACACGGTGGGACCCATCCGCAGGCGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320474 TCATCACAACCACCAGCATGCACACGGTGGGACCCATCCGCAGGCGGTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318 TCAGACAAATACAACGTGCCCATTTCGTCAG         CAGATATTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 320524 TCAGACAAATACAACGTGCCCATTTCGTCAGGTA...CAGCAGATATTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359 GCAGAACCAAGAATTTTATAAGAACGCAGAAGTTAGACCACCATTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320670 GCAGAACCAAGAATTTTATAAGAACGCAGAAGTTAGACCACCATTTACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409 ATGCATCTTTAATTAGGCAG         GCCATTCTCGAATCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 320720 ATGCATCTTTAATTAGGCAGGTA...CAGGCCATTCTCGAATCTCCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 AAGCAGCTAACACTAAATGAGATCTATAACTGGTTCACACGAATGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321361 AAGCAGCTAACACTAAATGAGATCTATAACTGGTTCACACGAATGTTTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 TTACTTCCGACGCAACGCGGCCACGTGGAAG         AATGCAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 321411 TTACTTCCGACGCAACGCGGCCACGTGGAAGGTA...CAGAATGCAGTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541 GTCATAATCTTAGTCTTCACAAGTGTTTTGTGCGAGTAGAAAACGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325716 GTCATAATCTTAGTCTTCACAAGTGTTTTGTGCGAGTAGAAAACGTTAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 GGGGCAGTATGGACAGTGGATGAAGTAGAATTCCAAAAACGAAGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325766 GGGGCAGTATGGACAGTGGATGAAGTAGAATTCCAAAAACGAAGGCCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 AAAGATCAGTGG         TAACCCTTCCCTTATTAAAAACATGCAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 325816 AAAGATCAGTGGGTA...CAGTAACCCTTCCCTTATTAAAAACATGCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682 GCAGCCACGCCTACTGCACACCTCTCAATGCAGCTTTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 327606 GCAGCCACGCCTACTGCACACCTCTCAATGCAGCTTTACAGGTA...CAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1723 GCTTCAATGGCTGAGAATAGTATACCTCTATACACTACCGCTTCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332326 GCTTCAATGGCTGAGAATAGTATACCTCTATACACTACCGCTTCCATGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1773 AAATCCCACTCTGGGCAACTTAGCCAGCGCAATACGGGAAGAGCTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332376 AAATCCCACTCTGGGCAACTTAGCCAGCGCAATACGGGAAGAGCTGAACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1823 GGGCAATGGAGCATACCAACAGCAACGAGAGTGACAGCAGTCCAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332426 GGGCAATGGAGCATACCAACAGCAACGAGAGTGACAGCAGTCCAGGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1873 TCTCCTATGCAAGCCGT         GCATCCTGTACACGTCAAAGAAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 332476 TCTCCTATGCAAGCCGTGTG...CAGGCATCCTGTACACGTCAAAGAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1914 GCCCCTCGATCCAGAGGAAGCTGAAGGGCCCCTGTCCTTAGTGACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339015 GCCCCTCGATCCAGAGGAAGCTGAAGGGCCCCTGTCCTTAGTGACAACAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1964 CCAACCACAGTCCAGATTTTGACCATGACAGAGATTACGAAGATGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339065 CCAACCACAGTCCAGATTTTGACCATGACAGAGATTACGAAGATGAACCA

   1850     .    :    .
   2014 GTAAACGAGGACATGGAG
        ||||||||||||||||||
 339115 GTAAACGAGGACATGGAG