seq1 = pF1KB6208.tfa, 2160 bp
seq2 = pF1KB6208/gi568815587f_46601048.tfa (gi568815587f:46601048_46805860), 204813 bp

>pF1KB6208 2160
>gi568815587f:46601048_46805860 (Chr11)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-330  (100352-100629)   100% ->
331-392  (101657-101718)   100% ->
393-652  (101937-102196)   100% ->
653-2160  (103306-104813)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGCGGAGGAGCTGCTCTTGGAGGGGAAGAAGGCGCTGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGCGGAGGAGCTGCTCTTGGAGGGGAAGAAGGCGCTGCAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         CCCGCGAGCCGCGCCTGGGCCTGGACTTAGGATGGAACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTG...CAGCCCGCGAGCCGCGCCTGGGCCTGGACTTAGGATGGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCCGGAGAAGGCTGTACGCAGGGCCTCAAAGACGTCCCACCCGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 CTTCCGGAGAAGGCTGTACGCAGGGCCTCAAAGACGTCCCACCCGAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCGAGACATCCTCGCTTTAAAGAGCCTTCCCCGGGGCTTGGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100441 ACCCGAGACATCCTCGCTTTAAAGAGCCTTCCCCGGGGCTTGGCCCTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCTCACTCGCCAAGGAACAGCGCTTGGGGGTCTGGTGTGTCGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100491 CCCCTCACTCGCCAAGGAACAGCGCTTGGGGGTCTGGTGTGTCGGGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTGCAGCCCGGCCTGCTGTGGGGGCCGCTGGAAGAGGAGTCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100541 CCCTGCAGCCCGGCCTGCTGTGGGGGCCGCTGGAAGAGGAGTCTGCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGAGAAGGGCGAGGGAGTAAAGCCACGGCAGGAGGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100591 AAGGAGAAGGGCGAGGGAGTAAAGCCACGGCAGGAGGAGGTA...CAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGTCATTAGGCCCATGGGGAGACGTGTGTGCCTGTGAGCAGAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 CCTGTCATTAGGCCCATGGGGAGACGTGTGTGCCTGTGAGCAGAGTTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGGACTAG         CTTGGTACAACGGGGCAGGCTGGAGAGTGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101709 GCTGGACTAGGTA...CAGCTTGGTACAACGGGGCAGGCTGGAGAGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAATGTGGCCCCAGTGCGGATCAGCGAGAGGCTTCATCTGCAAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 GGAAATGTGGCCCCAGTGCGGATCAGCGAGAGGCTTCATCTGCAAGTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGCTGGTGCTGCCAGGCTCTGAACTGCTGCTGTGGCCCCAGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CCAGCTGGTGCTGCCAGGCTCTGAACTGCTGCTGTGGCCCCAGCCTTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGAGGGCCCAAGTCTCACCCAGCCTGGGCTGGACAAAGAGGCAGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 CTGAGGGCCCAAGTCTCACCCAGCCTGGGCTGGACAAAGAGGCAGCTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCAGTGGTGACAGAAGTGGAGTCTGCTGTACAGCAGGAAGTGGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102118 GCAGTGGTGACAGAAGTGGAGTCTGCTGTACAGCAGGAAGTGGCCTCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGGGAGGATGCAGCAGAACCTTGCATAG         ATCCTGGTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102168 TGGGGAGGATGCAGCAGAACCTTGCATAGGTA...CAGATCCTGGTTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTCACCCTCTGGCATCCAGGCAGAGAATATGGTGAGCCCTGGACTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103318 AGTCACCCTCTGGCATCCAGGCAGAGAATATGGTGAGCCCTGGACTTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCCCAACCCAGGACCGAATTTCCAAGGATAGCCAGCCACTTGGCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103368 TTCCCAACCCAGGACCGAATTTCCAAGGATAGCCAGCCACTTGGCCCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTTCAGGATGGCGACGTGGATGAGGAATGCCCGGCCCAGGCACAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103418 GCTTCAGGATGGCGACGTGGATGAGGAATGCCCGGCCCAGGCACAGATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CACCTGAACTTCAGAGCAATTCGGCTACCCAGCAGGACCCAGATGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103468 CACCTGAACTTCAGAGCAATTCGGCTACCCAGCAGGACCCAGATGGCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGAGCCAGTTTCTCATCTTCTGCCAGGGGCACCCAGCCGCATGGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103518 GGAGCCAGTTTCTCATCTTCTGCCAGGGGCACCCAGCCGCATGGCTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGCCAAGAAGTTACACAGCCCCAGTGATCAGTGCCCACCCAGAGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103568 GGCCAAGAAGTTACACAGCCCCAGTGATCAGTGCCCACCCAGAGCAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCCCAGAGCCTGGAGCCCAGCAGTCTGGCTTCCCTACACTCTCGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103618 CCCCAGAGCCTGGAGCCCAGCAGTCTGGCTTCCCTACACTCTCGCGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCTCCTGGCCCAGCAGGAAGCTCCCCAAAGCAGGGGCGACGGTACCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103668 CCTCCTGGCCCAGCAGGAAGCTCCCCAAAGCAGGGGCGACGGTACCGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGGAGAGTGTGGCAAGGCATTCCTACAGCTGTGCCACCTAAAGAAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103718 TGGAGAGTGTGGCAAGGCATTCCTACAGCTGTGCCACCTAAAGAAGCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CATTTGTGCACACGGGCCACAAGCCCTTTCTTTGCACTGAGTGTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 CATTTGTGCACACGGGCCACAAGCCCTTTCTTTGCACTGAGTGTGGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGCTATAGCTCAGAGGAGAGCTTCAAAGCCCATATGCTGGGCCACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103818 AGCTATAGCTCAGAGGAGAGCTTCAAAGCCCATATGCTGGGCCACCGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGTGCGGCCCTTCCCCTGTCCACAATGCGACAAGGCCTATGGCACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 GGTGCGGCCCTTCCCCTGTCCACAATGCGACAAGGCCTATGGCACCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GAGACCTCAAAGAGCACCAGGTGGTACATTCAGGTGCCCGGCCCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103918 GAGACCTCAAAGAGCACCAGGTGGTACATTCAGGTGCCCGGCCCTTTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TGTGACCAGTGTGGCAAGGCCTTTGCCCGCCGGCCCTCCCTGCGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103968 TGTGACCAGTGTGGCAAGGCCTTTGCCCGCCGGCCCTCCCTGCGGCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TCGCAAGACCCACCAGGTGCCAGCTGCCCCTGCCCCTTGCCCATGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104018 TCGCAAGACCCACCAGGTGCCAGCTGCCCCTGCCCCTTGCCCATGCCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGTGTGGGCGGCCCCTGGCCAACCAGGGCTCCCTGCGGAACCATATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104068 TGTGTGGGCGGCCCCTGGCCAACCAGGGCTCCCTGCGGAACCATATGAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTCCATACAGGAGAAAAGCCTTTCCTGTGCCCGCACTGTGGCCGGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 CTCCATACAGGAGAAAAGCCTTTCCTGTGCCCGCACTGTGGCCGGGCGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TCGTCAGCGGGGCAACCTGCGTGGGCATTTGCGGCTCCACACCGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 TCGTCAGCGGGGCAACCTGCGTGGGCATTTGCGGCTCCACACCGGGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GTCCTTACCGCTGCCCACACTGTGCCGATGCCTTCCCCCAGCTGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104218 GTCCTTACCGCTGCCCACACTGTGCCGATGCCTTCCCCCAGCTGCCTGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGCGGCGCCATCTCATCTCACACACCGGGGAGGCCCACTTGTGCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104268 CTGCGGCGCCATCTCATCTCACACACCGGGGAGGCCCACTTGTGCCCGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GTGTGGCAAGGCCCTCCGAGACCCACACACGCTCCGAGCTCACGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104318 GTGTGGCAAGGCCCTCCGAGACCCACACACGCTCCGAGCTCACGAGCGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TGCACTCCGGAGAGAGGCCCTTTCCCTGTCCCCAGTGTGGCCGTGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104368 TGCACTCCGGAGAGAGGCCCTTTCCCTGTCCCCAGTGTGGCCGTGCTTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 ACGCTGGCCACCAAGCTGCGGCGCCACCTCAAATCTCACTTGGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104418 ACGCTGGCCACCAAGCTGCGGCGCCACCTCAAATCTCACTTGGAGGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GCCCTACCGCTGCCCCACCTGTGGCATGGGCTACACCCTCCCGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104468 GCCCTACCGCTGCCCCACCTGTGGCATGGGCTACACCCTCCCGCAGAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TCAGGCGGCATCAGCTCAGTCACCGGCCTGAGGCACCCTGCAGCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104518 TCAGGCGGCATCAGCTCAGTCACCGGCCTGAGGCACCCTGCAGCCCACCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 TCTGTGCCTTCTGCTGCTTCTGAGCCCACTGTGGTGCTCCTGCAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104568 TCTGTGCCTTCTGCTGCTTCTGAGCCCACTGTGGTGCTCCTGCAGGCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 GCCACAACTGCTGGACACACACAGAGAGGAGGAAGTCTCCCCCGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104618 GCCACAACTGCTGGACACACACAGAGAGGAGGAAGTCTCCCCCGCCAGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 ATGTTGTTGAGGTCACCATTTCAGAAAGCCAGGAGAAGTGCTTTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 ATGTTGTTGAGGTCACCATTTCAGAAAGCCAGGAGAAGTGCTTTGTGGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CCAGAGGAGCCAGATGCCGCCCCCAGCCTGGTGCTAATCCATAAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 CCAGAGGAGCCAGATGCCGCCCCCAGCCTGGTGCTAATCCATAAGGACAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2115 GGGCCTCGGCGCCTGGGCAGAGGTGGTGGAGGTGGAGATGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 GGGCCTCGGCGCCTGGGCAGAGGTGGTGGAGGTGGAGATGGGCACC