seq1 = pF1KB6147.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KB6147/gi568815590r_20149725.tfa (gi568815590r:20149725_20355181), 205457 bp

>pF1KB6147 1788
>gi568815590r:20149725_20355181 (Chr8)

(complement)

1-345  (100001-100345)   100% ->
346-1149  (101597-102400)   100% ->
1150-1788  (104819-105457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGCGTCAGTAGCCTCATCTCCGGCCACAGCTTCCACAGCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGCGTCAGTAGCCTCATCTCCGGCCACAGCTTCCACAGCAAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCGGGCTTCGCAGTACAAGCTGCGCAAGTCCTCCCACCTCAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCGGGCTTCGCAGTACAAGCTGCGCAAGTCCTCCCACCTCAAGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACCGGTATTCCGACGGGCTGCTGAGGTTTGGCTTCTCCCAGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAACCGGTATTCCGACGGGCTGCTGAGGTTTGGCTTCTCCCAGGACTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTCACGGCAAGTCCAGCTCCAAAATGGGCAAGAGCGAAGACTTCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTCACGGCAAGTCCAGCTCCAAAATGGGCAAGAGCGAAGACTTCTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCAAGGTCAGCCAGAAAGCCCGGGGCTCCCATCACCCAGATTACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCAAGGTCAGCCAGAAAGCCCGGGGCTCCCATCACCCAGATTACACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACTGTCCAGCGGGGATTTAGGGGGCCAGGCTGGGGTGGACTTTGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACTGTCCAGCGGGGATTTAGGGGGCCAGGCTGGGGTGGACTTTGACCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCACACCCCCCAAGCTCATGCCCTTCTCCAATCAGCTAGAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100301 TCCACACCCCCCAAGCTCATGCCCTTCTCCAATCAGCTAGAAATGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346     GGCTCCGAGAAGGGTGCAGTGAGGCCCACAGCCTTCAAGCCTGTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 .CAGGGCTCCGAGAAGGGTGCAGTGAGGCCCACAGCCTTCAAGCCTGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCCACGGTCAGGAGCCATCCTGCACTCCTCCCCGGAGAGTGCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101643 TGCCACGGTCAGGAGCCATCCTGCACTCCTCCCCGGAGAGTGCCAGCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGCTGCACCCCGCCCCTCCAGACAAGCCCAAGGAGCAGGAGCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101693 CAGCTGCACCCCGCCCCTCCAGACAAGCCCAAGGAGCAGGAGCTGAAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGCCTGTGCTCTGGGGCGCTGTCAGACTCCGGCCGGAACTCCATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101743 TGGCCTGTGCTCTGGGGCGCTGTCAGACTCCGGCCGGAACTCCATGTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTGCCCACACACAGCACCAGCAGCAGCTACCAGCTGGACCCGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 GCCTGCCCACACACAGCACCAGCAGCAGCTACCAGCTGGACCCGCTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACACCCGTGGGACCCACAAGCCGTTTTGGGGGCTCCGCCCACAACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 ACACCCGTGGGACCCACAAGCCGTTTTGGGGGCTCCGCCCACAACATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCAGGGCATCGTCCTCCAGGACAGCAACATGATGAGCCTGAAGGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 CCAGGGCATCGTCCTCCAGGACAGCAACATGATGAGCCTGAAGGCTCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTTCTCCGACGGAGGTAGCAAGCTGGGCCACTCGAACAAGGCAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 CCTTCTCCGACGGAGGTAGCAAGCTGGGCCACTCGAACAAGGCAGACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGCCCCTCGTGTGTCCGCTCCCCCATCTCCACGGACGAGTGCAGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 GGCCCCTCGTGTGTCCGCTCCCCCATCTCCACGGACGAGTGCAGCATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGCTGGAGCAGAAGCTGTTGGAGAGGGAGGGCGCCCTCCAGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102043 GGAGCTGGAGCAGAAGCTGTTGGAGAGGGAGGGCGCCCTCCAGAAGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGCGCAGCTTTGAGGAGAAGGAGCTTGCCTCCAGCCTGGCCTACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102093 AGCGCAGCTTTGAGGAGAAGGAGCTTGCCTCCAGCCTGGCCTACGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGGCCGCGGCGCTGCAGGGACGAGCTGGAGGGCCCGGAGCCCAAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102143 CGGCCGCGGCGCTGCAGGGACGAGCTGGAGGGCCCGGAGCCCAAAGGCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAACAAGCTCAAGCAGGCCTCGCAGAAGAGCCAGCGCGCGCAGCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102193 CAACAAGCTCAAGCAGGCCTCGCAGAAGAGCCAGCGCGCGCAGCAGGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCACCTGCAGGTACTGCAGCTTCAGCAGGAGAAGCGGCAGCTCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102243 TGCACCTGCAGGTACTGCAGCTTCAGCAGGAGAAGCGGCAGCTCCGGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAGCTCGAGAGCCTCATGAAGGAGCAGGACCTGCTGGAGACCAAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102293 GAGCTCGAGAGCCTCATGAAGGAGCAGGACCTGCTGGAGACCAAGCTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GTCCTACGAGAGGGAGAAGACCAGCTTCGGCCCCGCGCTGGAGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 GTCCTACGAGAGGGAGAAGACCAGCTTCGGCCCCGCGCTGGAGGAGACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGTGGGAG         GTGTGCCAGAAGTCAGGCGAGATCTCCCTCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102393 AGTGGGAGGTG...CAGGTGTGCCAGAAGTCAGGCGAGATCTCCCTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGCAGCAGCTGAAGGAGTCCCAGACGGAGGTGAACGCCAAGGCTAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 AAGCAGCAGCTGAAGGAGTCCCAGACGGAGGTGAACGCCAAGGCTAGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GATCCTGGGTCTCAAGGCACAGCTGAAGGACACGCGGGGCAAGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104902 GATCCTGGGTCTCAAGGCACAGCTGAAGGACACGCGGGGCAAGCTGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GCCTGGAGCTGAGGACCCAGGACCTGGAGGGCGCCCTGCGCACCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104952 GCCTGGAGCTGAGGACCCAGGACCTGGAGGGCGCCCTGCGCACCAAGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CTGGAGCTGGAGGTCTGTGAGAATGAGCTGCAGCGCAAGAAGAACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105002 CTGGAGCTGGAGGTCTGTGAGAATGAGCTGCAGCGCAAGAAGAACGAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GGAGCTGCTGCGGGAGAAGGTGAACCTGCTGGAGCAGGAGCTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105052 GGAGCTGCTGCGGGAGAAGGTGAACCTGCTGGAGCAGGAGCTGCAGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TGCGGGCCCAGGCCGCCCTGGCCCGCGACATGGGGCCGCCCACCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105102 TGCGGGCCCAGGCCGCCCTGGCCCGCGACATGGGGCCGCCCACCTTCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GAGGACGTCCCTGCCCTGCAGCGGGAGCTGGAGCGGCTGCGGGCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105152 GAGGACGTCCCTGCCCTGCAGCGGGAGCTGGAGCGGCTGCGGGCCGAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GCGGGAGGAGCGGCAAGGCCATGACCAGATGTCCTCGGGCTTCCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105202 GCGGGAGGAGCGGCAAGGCCATGACCAGATGTCCTCGGGCTTCCAGCATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AGCGGCTCGTGTGGAAGGAGGAGAAGGAGAAGGTGATTCAGTACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105252 AGCGGCTCGTGTGGAAGGAGGAGAAGGAGAAGGTGATTCAGTACCAGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CAGCTGCAGCAGAGCTACGTGGCCATGTACCAGCGGAACCAGCGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105302 CAGCTGCAGCAGAGCTACGTGGCCATGTACCAGCGGAACCAGCGCCTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GAAGGCCCTGCAGCAGCTGGCACGTGGGGACAGCGCCGGGGAGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105352 GAAGGCCCTGCAGCAGCTGGCACGTGGGGACAGCGCCGGGGAGCCCTTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGGTTGACCTGGAAGGGGCTGACATCCCCTACGAGGACATCATAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105402 AGGTTGACCTGGAAGGGGCTGACATCCCCTACGAGGACATCATAGCCACT

   1800     .
   1783 GAGATC
        ||||||
 105452 GAGATC