seq1 = pF1KB6136.tfa, 1917 bp
seq2 = pF1KB6136/gi568815586f_7090378.tfa (gi568815586f:7090378_7310220), 219843 bp

>pF1KB6136 1917
>gi568815586f:7090378_7310220 (Chr12)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-183  (100511-100546)   100% ->
184-316  (100849-100981)   100% ->
317-448  (101192-101323)   100% ->
449-551  (108634-108736)   100% ->
552-642  (111374-111464)   100% ->
643-753  (111864-111974)   100% ->
754-846  (112235-112327)   100% ->
847-966  (113055-113174)   100% ->
967-1110  (117282-117425)   100% ->
1111-1181  (117633-117703)   100% ->
1182-1394  (118080-118292)   100% ->
1395-1560  (118628-118793)   100% ->
1561-1718  (119306-119463)   100% ->
1719-1917  (119645-119843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGCGGGAGCTGGTGGAGGCCGAATGCGGGGGTGCCAACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGCGGGAGCTGGTGGAGGCCGAATGCGGGGGTGCCAACCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGAAGCTCGCCGGGCACTTCACCCAGGACAAGGCCCTTCGGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGAAGCTCGCCGGGCACTTCACCCAGGACAAGGCCCTTCGGCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GATTGAGGCCTGGCCCCTGGCCCCCCGGAGCCCCGGCCTCTGAGGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 GATTGAGGCCTGGCCCCTGGCCCCCCGGAGCCCCGGCCTCTGAGGCAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GCCTCCAAGCCTTTGGGAGTAGCTTCTGAAGATGAG        
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 ...TAGGCCTCCAAGCCTTTGGGAGTAGCTTCTGAAGATGAGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  TTGGTGGCTGAATTCCTGCAGGACCAGAATGCACCCCTTGTGTCCCGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 GTTGGTGGCTGAATTCCTGCAGGACCAGAATGCACCCCTTGTGTCCCGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCCTCAGACCTTCAAGATGGATGACCTCCTGGCTGAGATGCAGCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100898 CCCCTCAGACCTTCAAGATGGATGACCTCCTGGCTGAGATGCAGCAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCAGTCAAACTTCCGCCAGGCTCCCCAGAGAG         CCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100948 GAGCAGTCAAACTTCCGCCAGGCTCCCCAGAGAGGTG...AAGCCCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGGCAGACTTGGCCTTGTCTGAGAACTGGGCCCAGGAGTTTCTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 TGTGGCAGACTTGGCCTTGTCTGAGAACTGGGCCCAGGAGTTTCTTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGAGATGCTGTGGATGTAACTCAGGATTATAATGAGACTGACTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101249 CTGGAGATGCTGTGGATGTAACTCAGGATTATAATGAGACTGACTGGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAGAATTCATCTCTGAAGTTACAG         ACCCCTTGTCTGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101299 CAAGAATTCATCTCTGAAGTTACAGGTG...CAGACCCCTTGTCTGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCTGCCCGCTGGGCTGAGGAATATTTGGAGCAATCAGAGGAGAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108650 CCCTGCCCGCTGGGCTGAGGAATATTTGGAGCAATCAGAGGAGAAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGCTGGGAGAACCTGAGGGAACAGCCACCGATCGCTG         GTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108700 GGCTGGGAGAACCTGAGGGAACAGCCACCGATCGCTGGTG...CAGGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGAATATCATCCTGAGGAGGATCTGCAGCACACGGCCAGTGACTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111378 GATGAATATCATCCTGAGGAGGATCTGCAGCACACGGCCAGTGACTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCCAAAGTGGATGACCCCAAATTGGCTAATTCTGAG         TTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111428 GGCCAAAGTGGATGACCCCAAATTGGCTAATTCTGAGGTG...CAGTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGAAATTCGTGCGGCAGATTGGCGAAGGGCAGGTGTCCCTGGAGTCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111868 TGAAATTCGTGCGGCAGATTGGCGAAGGGCAGGTGTCCCTGGAGTCCGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGGGTCGGGCCGAGCTCAGGCAGAACAGTGGGCAGCAGAGTTTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111918 GCAGGGTCGGGCCGAGCTCAGGCAGAACAGTGGGCAGCAGAGTTTATACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAGCAG         GGTACATCAGATGCCTGGGTTGACCAGTTCACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111968 GCAGCAGGTA...CAGGGTACATCAGATGCCTGGGTTGACCAGTTCACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GACCAGTAAACACATCTGCCCTTGATATGGAGTTTGAACGAGCCAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112269 GACCAGTAAACACATCTGCCCTTGATATGGAGTTTGAACGAGCCAAGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTATAGAG         TCTGATGTCGATTTCTGGGACAAGTTGCAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112319 GCTATAGAGGTG...CAGTCTGATGTCGATTTCTGGGACAAGTTGCAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAGTTGGAGGAGATGGCAAAACGGGATGCTGAGGCCCACCCCTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113087 AGAGTTGGAGGAGATGGCAAAACGGGATGCTGAGGCCCACCCCTGGCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGACTATGATGACCTTACGTCAGCTACCTATGATAAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113137 CTGACTATGATGACCTTACGTCAGCTACCTATGATAAGGTG...TAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TACCAGTTTGAGGAGGAGAACCCCTTGCGTGATCACCCTCAGCCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117285 TACCAGTTTGAGGAGGAGAACCCCTTGCGTGATCACCCTCAGCCTTTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAGGGCTGCGGCGCCTTCAGGAGGGGGACCTGCCAAATGCTGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117335 AGAAGGGCTGCGGCGCCTTCAGGAGGGGGACCTGCCAAATGCTGTGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTTTTGAGGCAGCTGTGCAGCAGGATCCTAAGCACATGGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117385 TTTTTGAGGCAGCTGTGCAGCAGGATCCTAAGCACATGGAAGTG...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCTTGGCAGTATCTGGGTACCACCCAGGCAGAGAATGAACAAGAACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117633 GCTTGGCAGTATCTGGGTACCACCCAGGCAGAGAATGAACAAGAACTATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGCCATCAGTGCATTGCGGAG         GTGTCTGGAGCTAAAGCCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117683 AGCCATCAGTGCATTGCGGAGGTG...CAGGTGTCTGGAGCTAAAGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATAACCAGACAGCACTGATGGCGCTGGCTGTGAGCTTCACCAACGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118100 ATAACCAGACAGCACTGATGGCGCTGGCTGTGAGCTTCACCAACGAGTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGCAGCGACAGGCCTGTGAAACCCTACGAGACTGGCTGCGGTACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118150 CTGCAGCGACAGGCCTGTGAAACCCTACGAGACTGGCTGCGGTACACACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGCCTATGCCCATCTGGTGACACCTGCTGAAGAAGGGGCTGGTGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118200 AGCCTATGCCCATCTGGTGACACCTGCTGAAGAAGGGGCTGGTGGGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GACTGGGCCCCAGCAAGCGTATCCTGGGATCTCTCTTGTCTGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118250 GACTGGGCCCCAGCAAGCGTATCCTGGGATCTCTCTTGTCTGAGTG...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1395   CTCCCTGTTTCTTGAAGTGAAAGAGCTCTTCCTGGCAGCTGTGCGGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118626 AGCTCCCTGTTTCTTGAAGTGAAAGAGCTCTTCCTGGCAGCTGTGCGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGACCCTACCTCCATTGACCCTGATGTGCAGTGTGGCTTGGGAGTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118676 GGACCCTACCTCCATTGACCCTGATGTGCAGTGTGGCTTGGGAGTCCTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCAACCTGAGTGGGGAGTATGACAAGGCCGTGGACTGCTTCACAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118726 TCAACCTGAGTGGGGAGTATGACAAGGCCGTGGACTGCTTCACAGCTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTCAGCGTTCGTCCCAAT         GACTATTTGCTGTGGAATAAGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118776 CTCAGCGTTCGTCCCAATGTG...CAGGACTATTTGCTGTGGAATAAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGGCGCCACCCTGGCCAATGGAAACCAGAGTGAAGAAGCAGTAGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119329 AGGCGCCACCCTGGCCAATGGAAACCAGAGTGAAGAAGCAGTAGCTGCGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACCGCCGGGCCCTCGAGCTCCAGCCTGGCTATATCCGGTCCCGCTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119379 ACCGCCGGGCCCTCGAGCTCCAGCCTGGCTATATCCGGTCCCGCTATAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGGGCATCAGCTGCATCAACCTCGGGGCTCACCG         GGAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119429 CTGGGCATCAGCTGCATCAACCTCGGGGCTCACCGGTG...CAGGGAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGTGGAGCACTTTCTGGAGGCCCTGAACATGCAGAGGAAAAGCCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119651 TGTGGAGCACTTTCTGGAGGCCCTGAACATGCAGAGGAAAAGCCGGGGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCCGGGGTGAAGGAGGTGCCATGTCGGAGAACATCTGGAGCACCCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119701 CCCGGGGTGAAGGAGGTGCCATGTCGGAGAACATCTGGAGCACCCTGCGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTGGCATTGTCTATGTTAGGCCAGAGCGATGCCTATGGGGCAGCCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119751 TTGGCATTGTCTATGTTAGGCCAGAGCGATGCCTATGGGGCAGCCGACGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCGGGATCTGTCCACCCTCCTAACTATGTTTGGCCTGCCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119801 GCGGGATCTGTCCACCCTCCTAACTATGTTTGGCCTGCCCCAG