seq1 = pF1KB6113.tfa, 1860 bp
seq2 = pF1KB6113/gi568815593f_157080978.tfa (gi568815593f:157080978_157352675), 271698 bp

>pF1KB6113 1860
>gi568815593f:157080978_157352675 (Chr5)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-243  (127912-128016)   100% ->
244-325  (130310-130391)   100% ->
326-454  (133214-133342)   100% ->
455-495  (136890-136930)   100% ->
496-647  (141886-142037)   100% ->
648-713  (147319-147384)   100% ->
714-768  (151363-151417)   100% ->
769-851  (157132-157214)   100% ->
852-985  (159085-159218)   100% ->
986-1060  (160669-160743)   100% ->
1061-1232  (162646-162817)   100% ->
1233-1449  (163285-163501)   100% ->
1450-1514  (164749-164813)   100% ->
1515-1633  (164904-165022)   100% ->
1634-1791  (167873-168030)   100% ->
1792-1860  (171630-171698)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAACTTTATCCTCCTGGAAGAACAGCTCATCAAGAAATCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAACTTTATCCTCCTGGAAGAACAGCTCATCAAGAAATCCCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGAGAAGAACTTCTCCCTCGAACTTTAAAGTCCGCTTCTTTGTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGAGAAGAACTTCTCCCTCGAACTTTAAAGTCCGCTTCTTTGTGTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAAGCCAGCCTGGCATACTTTGAAGATCGTCATGGG         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CCAAAGCCAGCCTGGCATACTTTGAAGATCGTCATGGGGTA...CAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCGCACGCTGAAGGGGTCCATTGAGCTCTCCCGAATCAAATGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127915 AAGCGCACGCTGAAGGGGTCCATTGAGCTCTCCCGAATCAAATGTGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTGTGAAAAGTGACATCAGCATCCCATGCCACTATAAATACCCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127965 GATTGTGAAAAGTGACATCAGCATCCCATGCCACTATAAATACCCGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AG         GTGGTGCATGACAACTACCTCCTATATGTGTTTGCTCCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128015 AGGTA...CAGGTGGTGCATGACAACTACCTCCTATATGTGTTTGCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATCGTGAGAGCCGGCAGCGCTGGGTGCTGGCCCTTAAAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 130349 GATCGTGAGAGCCGGCAGCGCTGGGTGCTGGCCCTTAAAGAAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   AAACGAGGAATAATAACAGTTTGGTGCCTAAATATCATCCTAATTTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133212 AGAAACGAGGAATAATAACAGTTTGGTGCCTAAATATCATCCTAATTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGATGGATGGGAAGTGGAGGTGCTGTTCTCAGCTGGAGAAGCTTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133262 GGATGGATGGGAAGTGGAGGTGCTGTTCTCAGCTGGAGAAGCTTGCAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTGTGCCCAATATGATCCAACCAAGAATG         CTTCAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133312 GGCTGTGCCCAATATGATCCAACCAAGAATGGTA...CAGCTTCAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCTCTTCCTCCTACTCCTGAAGACAACAGG         CGACCACTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 136900 GCCTCTTCCTCCTACTCCTGAAGACAACAGGGTG...CAGCGACCACTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGAACCTGAAGAAACTGTGGTCATTGCCTTATATGACTACCAAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141896 GGGAACCTGAAGAAACTGTGGTCATTGCCTTATATGACTACCAAACCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATCCTCAGGAACTCGCACTGCGGCGCAACGAAGAGTACTGCCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141946 GATCCTCAGGAACTCGCACTGCGGCGCAACGAAGAGTACTGCCTGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGTTCTGAGATTCACTGGTGGAGAGTCCAGGACAGGAATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 141996 CAGTTCTGAGATTCACTGGTGGAGAGTCCAGGACAGGAATGGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648  GCATGAAGGATATGTACCAAGCAGTTATCTGGTGGAAAAATCTCCAAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147318 GGCATGAAGGATATGTACCAAGCAGTTATCTGGTGGAAAAATCTCCAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATCTGGAAACCTATGA         GTGGTACAATAAGAGTATCAGCCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 147368 AATCTGGAAACCTATGAGTA...CAGGTGGTACAATAAGAGTATCAGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGACAAAGCTGAAAAACTTCTTTTGGACACA         GGCAAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 151387 AGACAAAGCTGAAAAACTTCTTTTGGACACAGTA...CAGGGCAAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GAGCCTTCATGGTAAGGGATTCCAGGACTGCAGGAACATACACCGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157142 GAGCCTTCATGGTAAGGGATTCCAGGACTGCAGGAACATACACCGTGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTTTTCACCAAGGCTGTTGTAAG         TGAGAACAATCCCTGTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 157192 GTTTTCACCAAGGCTGTTGTAAGGTA...AAGTGAGAACAATCCCTGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AAAGCATTATCACATCAAGGAAACAAATGACAATCCTAAGCGATACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159103 AAAGCATTATCACATCAAGGAAACAAATGACAATCCTAAGCGATACTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGCTGAAAAGTATGTGTTCGATTCCATCCCTCTTCTCATCAACTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159153 TGGCTGAAAAGTATGTGTTCGATTCCATCCCTCTTCTCATCAACTATCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAACATAATGGAGGAG         GCCTGGTGACTCGACTCCGGTATCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 159203 CAACATAATGGAGGAGGTA...CAGGCCTGGTGACTCGACTCCGGTATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGTTTGTTTTGGGAGGCAGAAAGCCCCAGTTACAGCAGGGCTGAGATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160694 AGTTTGTTTTGGGAGGCAGAAAGCCCCAGTTACAGCAGGGCTGAGATACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061          GGAAATGGGTGATCGACCCCTCAGAGCTCACTTTTGTGCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160744 GTG...CAGGGAAATGGGTGATCGACCCCTCAGAGCTCACTTTTGTGCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAGATTGGCAGTGGGCAATTTGGGTTGGTGCATCTGGGCTACTGGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162687 GAGATTGGCAGTGGGCAATTTGGGTTGGTGCATCTGGGCTACTGGCTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAAGGACAAGGTGGCTATCAAAACCATTCGGGAAGGGGCTATGTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162737 CAAGGACAAGGTGGCTATCAAAACCATTCGGGAAGGGGCTATGTCAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGGACTTCATAGAGGAGGCTGAAGTAATGAT         GAAACTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 162787 AGGACTTCATAGAGGAGGCTGAAGTAATGATGTG...CAGGAAACTCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CATCCCAAACTGGTGCAGCTGTATGGGGTGTGCCTGGAGCAGGCCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163295 CATCCCAAACTGGTGCAGCTGTATGGGGTGTGCCTGGAGCAGGCCCCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTGCCTGGTGTTTGAGTTCATGGAGCACGGCTGCCTGTCAGATTATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163345 CTGCCTGGTGTTTGAGTTCATGGAGCACGGCTGCCTGTCAGATTATCTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCACCCAGCGGGGACTTTTTGCTGCAGAGACCCTGCTGGGCATGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163395 GCACCCAGCGGGGACTTTTTGCTGCAGAGACCCTGCTGGGCATGTGTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GATGTGTGTGAGGGCATGGCCTACCTGGAAGAGGCATGTGTCATCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163445 GATGTGTGTGAGGGCATGGCCTACCTGGAAGAGGCATGTGTCATCCACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGACTTG         GCTGCCAGAAATTGTTTGGTGGGAGAAAACCAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163495 AGACTTGGTA...CAGGCTGCCAGAAATTGTTTGGTGGGAGAAAACCAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCATCAAGGTGTCTGACTTTGGGATGACAAG         GTTCGTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 164783 TCATCAAGGTGTCTGACTTTGGGATGACAAGGTA...CAGGTTCGTTCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GATGATCAGTACACCAGTTCCACAGGCACCAAATTCCCGGTGAAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164914 GATGATCAGTACACCAGTTCCACAGGCACCAAATTCCCGGTGAAGTGGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 ATCCCCAGAGGTTTTCTCTTTCAGTCGCTATAGCAGCAAGTCCGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164964 ATCCCCAGAGGTTTTCTCTTTCAGTCGCTATAGCAGCAAGTCCGATGTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GGTCATTTG         GTGTGCTGATGTGGGAAGTTTTCAGTGAAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 165014 GGTCATTTGGTG...TAGGTGTGCTGATGTGGGAAGTTTTCAGTGAAGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAAATCCCGTATGAAAACCGAAGCAACTCAGAGGTGGTGGAAGACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167905 AAAATCCCGTATGAAAACCGAAGCAACTCAGAGGTGGTGGAAGACATCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TACCGGATTTCGGTTGTACAAGCCCCGGCTGGCCTCCACACACGTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167955 TACCGGATTTCGGTTGTACAAGCCCCGGCTGGCCTCCACACACGTCTACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AGATTATGAATCACTGCTGGAAAGAG         AGACCAGAAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 168005 AGATTATGAATCACTGCTGGAAAGAGGTC...CAGAGACCAGAAGATCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CCAGCCTTCTCCAGACTGCTGCGTCAACTGGCTGAAATTGCAGAATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171645 CCAGCCTTCTCCAGACTGCTGCGTCAACTGGCTGAAATTGCAGAATCAGG

   2000 
   1857 ACTT
        ||||
 171695 ACTT