seq1 = pF1KB6107.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KB6107/gi568815589r_120757947.tfa (gi568815589r:120757947_120974741), 216795 bp

>pF1KB6107 1740
>gi568815589r:120757947_120974741 (Chr9)

(complement)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-268  (100682-100763)   100% ->
269-364  (104204-104299)   100% ->
365-465  (104797-104897)   100% ->
466-614  (105412-105560)   100% ->
615-710  (107777-107872)   100% ->
711-779  (108646-108714)   100% ->
780-900  (108912-109032)   100% ->
901-968  (110626-110693)   100% ->
969-1130  (111993-112154)   100% ->
1131-1218  (112737-112824)   100% ->
1219-1304  (113568-113653)   100% ->
1305-1400  (114557-114652)   100% ->
1401-1740  (116456-116795)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAATCGAGCTCTGGATCCAGGGACTCGGGACTCCTATGGTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAATCGAGCTCTGGATCCAGGGACTCGGGACTCCTATGGTGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCACCTCCCCAACAAGGGGGCCCTGGCGAAGGTCAAGAACAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCACCTCCCCAACAAGGGGGCCCTGGCGAAGGTCAAGAACAACTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGACTTGATGTCCAAACTGACGGAGGGCCAGTATGTGCTGTGCCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGACTTGATGTCCAAACTGACGGAGGGCCAGTATGTGCTGTGCCGGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGATGGCCTGTACTACCTCGGGAAGATCAAGAGG         GTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 ACAGATGGCCTGTACTACCTCGGGAAGATCAAGAGGGTA...CAGGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCTCTAAGCAAAGCTGCCTCGTGACTTTCGAAGATAATTCCAAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100687 CAGCTCTAAGCAAAGCTGCCTCGTGACTTTCGAAGATAATTCCAAATACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGTCCTATGGAAGGACATACAGCATG         CCGGTGTTCCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100737 GGGTCCTATGGAAGGACATACAGCATGGTG...CAGCCGGTGTTCCAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGAGCCCAAGTGCAACATCTGCCTAGGGAAGACATCAGGGCCGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104218 GAGGAGCCCAAGTGCAACATCTGCCTAGGGAAGACATCAGGGCCGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGATCCTCATCTGCGGGAAGTGTGGCCTGG         GTTACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104268 TGAGATCCTCATCTGCGGGAAGTGTGGCCTGGGTG...TAGGTTACCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAGTGCCACATCCCCATAGCGGGCAGTGCTGACCAGCCCCTGCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104806 AGCAGTGCCACATCCCCATAGCGGGCAGTGCTGACCAGCCCCTGCTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTTGGTTCTGCCGACGCTGCATCTTCGCACTGGCTGTGCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104856 CCTTGGTTCTGCCGACGCTGCATCTTCGCACTGGCTGTGCGGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  AAAGGCGGCGCGCTGAAGAAGGGCGCCATCGCCAGGACGCTGCAGGCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105411 GAAAGGCGGCGCGCTGAAGAAGGGCGCCATCGCCAGGACGCTGCAGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAGATGGTGCTGTCCTACCAGCCCGAGGAGCTCGAGTGGGACTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105461 TGAAGATGGTGCTGTCCTACCAGCCCGAGGAGCTCGAGTGGGACTCGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATCGCACCAACCAGCAGCAATGCTACTGCTACTGCGGCGGGCCCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105511 CATCGCACCAACCAGCAGCAATGCTACTGCTACTGCGGCGGGCCCGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615          ATGGTACCTGCGGATGCTGCAATGTTACCGGTGCAGGCAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105561 GTA...CAGATGGTACCTGCGGATGCTGCAATGTTACCGGTGCAGGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGTTCCACGAGGCCTGCACCCAGTGCCTCAATGAGCCCATGATGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107818 GGTTCCACGAGGCCTGCACCCAGTGCCTCAATGAGCCCATGATGTTTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACCG         GTTTTACCTGTTCTTCTGCTCCGTGTGTAACCAGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107868 GACCGGTA...CAGGTTTTACCTGTTCTTCTGCTCCGTGTGTAACCAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCAGAGTACATCGAGAGGCTGCCCCTGCGATG         GGTGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108682 CCCAGAGTACATCGAGAGGCTGCCCCTGCGATGGTG...CAGGGTGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGTTCACCTGGCCCTCTATAATCTGGGGGTACAGAGCAAGAAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108920 TGGTTCACCTGGCCCTCTATAATCTGGGGGTACAGAGCAAGAAGAAGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGACTTTGAGGAGATTCTGGCCTTTGTCAACCACCACTGGGAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108970 TTTGACTTTGAGGAGATTCTGGCCTTTGTCAACCACCACTGGGAGCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGCTTGGCAAG         CTCACCAGCACCCCAGTGACAGATCGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109020 GCAGCTTGGCAAGGTA...CAGCTCACCAGCACCCCAGTGACAGATCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GACCACATCTCCTCAACGCTCTGAACAGTTATAAAAGCCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110654 GACCACATCTCCTCAACGCTCTGAACAGTTATAAAAGCCGGTG...CAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCCTCTGCGGCAAGGAGATCAAGAAGAAGAAGTGCATCTTCCGCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111994 TTCCTCTGCGGCAAGGAGATCAAGAAGAAGAAGTGCATCTTCCGCCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATCCGCGTCCCACCCAACCCGCCAGGGAAGCTGCTGCCTGACAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112044 CATCCGCGTCCCACCCAACCCGCCAGGGAAGCTGCTGCCTGACAAAGGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGCTGCCAAATGAGAACAGCGCCTCCTCTGAGCTGCGTAAGAGAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112094 TGCTGCCAAATGAGAACAGCGCCTCCTCTGAGCTGCGTAAGAGAGGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCAAGCCTGG         TTTGTTGCCTCACGAATTCCAGCAGCAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112144 AGCAAGCCTGGGTC...CAGTTTGTTGCCTCACGAATTCCAGCAGCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAGGCGAGTTTATAGAAGAAAAAGATCAAAGTTTTTGCTGGAAGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112767 AAGGCGAGTTTATAGAAGAAAAAGATCAAAGTTTTTGCTGGAAGATGCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTCCCAGT         AGTGACTTCACCTCAGCCTGGAGCACCAACCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112817 TTCCCAGTGTT...CAGAGTGACTTCACCTCAGCCTGGAGCACCAACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CACCTGGCTAGCATATTTGACTTCACGCTGGATGAAATTCAAAGTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113601 CACCTGGCTAGCATATTTGACTTCACGCTGGATGAAATTCAAAGTTTAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AAG         TGCCAGCTCAGGCCAGACCTTCTTCTCAGATGTCGACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113651 AAGGTA...CAGTGCCAGCTCAGGCCAGACCTTCTTCTCAGATGTCGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCACCGACGCTGCCAGCACCTCTGGCTCTGCCTCCACCAGCCTCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114595 CCACCGACGCTGCCAGCACCTCTGGCTCTGCCTCCACCAGCCTCTCCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GACTCCAG         ATGGACAGTGGGCAGCCGAAAGAGGAAGCTGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114645 GACTCCAGGTG...CAGATGGACAGTGGGCAGCCGAAAGAGGAAGCTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGCCAAGGCATACATGCCCCTGCGGGCAAAGCGGTGGGCAGCTGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116489 AGCCAAGGCATACATGCCCCTGCGGGCAAAGCGGTGGGCAGCTGAGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATGGACGCTGCCCCTCGGACAGCAGTGCAGAGGGGGCTTCAGTCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116539 ATGGACGCTGCCCCTCGGACAGCAGTGCAGAGGGGGCTTCAGTCCCCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CGGCCAGACGAAGGCATTGACAGCCACACATTTGAGAGCATCAGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116589 CGGCCAGACGAAGGCATTGACAGCCACACATTTGAGAGCATCAGTGAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGACTCATCCCTGTCCCACCTCAAGTCATCTATCACCAACTACTTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116639 TGACTCATCCCTGTCCCACCTCAAGTCATCTATCACCAACTACTTTGGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CAGCTGGGCGGTTGGCCTGTGGGGAGAAGTACCAGGTGTTGGCTCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116689 CAGCTGGGCGGTTGGCCTGTGGGGAGAAGTACCAGGTGTTGGCTCGGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GTCACACCTGAGGGCAAGGTTCAGTACCTGGTGGAGTGGGAAGGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116739 GTCACACCTGAGGGCAAGGTTCAGTACCTGGTGGAGTGGGAAGGGACCAC

   1850     .
   1734 CCCTTAC
        |||||||
 116789 CCCTTAC