seq1 = pF1KB5995.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KB5995/gi568815575f_100720417.tfa (gi568815575f:100720417_100938358), 217942 bp

>pF1KB5995 1731
>gi568815575f:100720417_100938358 (ChrX)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-137  (101111-101189)   100% ->
138-307  (101835-102004)   100% ->
308-444  (102876-103012)   100% ->
445-564  (103470-103589)   100% ->
565-702  (103704-103841)   100% ->
703-826  (106218-106341)   100% ->
827-889  (107624-107686)   100% ->
890-1031  (111099-111240)   100% ->
1032-1207  (112318-112493)   100% ->
1208-1500  (112764-113056)   100% ->
1501-1611  (116923-117033)   100% ->
1612-1731  (117823-117942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGTTTGACTGTGAGAGACCCAGCGGTGGATCGTTCTCTACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGTTTGACTGTGAGAGACCCAGCGGTGGATCGTTCTCTACGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGTTCG         TGGGGAACATTCCTTATGAAGCTACTGAAGAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGTTCGGTG...TAGTGGGGAACATTCCTTATGAAGCTACTGAAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTTGAAGGACATCTTTTCTGAGGTTGGACCTGTTGTTAGTTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101144 AGTTGAAGGACATCTTTTCTGAGGTTGGACCTGTTGTTAGTTTCAGGTG.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      ATTGGTATACGATAGAGAGACAGGAAAGCCAAAGGGTTATGGCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 ..CAGATTGGTATACGATAGAGAGACAGGAAAGCCAAAGGGTTATGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGTGAATACCAAGACCAAGAGACAGCACTTAGTGCCATGCGGAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101880 CTGTGAATACCAAGACCAAGAGACAGCACTTAGTGCCATGCGGAACCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGCGCGAATTCAGTGGGAGAGCACTTCGAGTGGACAATGCTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101930 ATGGGCGCGAATTCAGTGGGAGAGCACTTCGAGTGGACAATGCTGCCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAGAACAAAGAAGAGCTGAAGA         GCCTTGGCACTGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101980 GAAAAGAACAAAGAAGAGCTGAAGAGTG...TAGGCCTTGGCACTGGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCTGTCATTGAGTCACCTTATGGAGAGACCATCAGTCCTGAGGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102892 CCCTGTCATTGAGTCACCTTATGGAGAGACCATCAGTCCTGAGGATGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAGTCCATTAGCAAAGCAGTTGCCAGCCTTCCACCAGAGCAGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102942 CTGAGTCCATTAGCAAAGCAGTTGCCAGCCTTCCACCAGAGCAGATGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTGATGAAACAAATGAAG         CTCTGTGTCCAGAATAGTCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102992 GAGCTGATGAAACAAATGAAGGTG...CAGCTCTGTGTCCAGAATAGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAGGAGGCACGGAACATGTTACTTCAGAACCCTCAACTGGCTTATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103490 CCAGGAGGCACGGAACATGTTACTTCAGAACCCTCAACTGGCTTATGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGCAAGCACAGGTAGTGATGAGAATTGTGGATCCGGAAATTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103540 TGCTGCAAGCACAGGTAGTGATGAGAATTGTGGATCCGGAAATTGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565          AAAATTCTGCATCGCCAGACAAATATCCCAACGCTGATTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103590 GTG...TAGAAAATTCTGCATCGCCAGACAAATATCCCAACGCTGATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGCAACCCTCAGCCAGTCCATGGTGCTGGGCCTGGCTCAGGATCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103745 AGGCAACCCTCAGCCAGTCCATGGTGCTGGGCCTGGCTCAGGATCCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCAATGAACCAGCAGAATCCTCAGGCCCCTCAGGCCCAGTCTTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103795 TGTCAATGAACCAGCAGAATCCTCAGGCCCCTCAGGCCCAGTCTTTGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GGTGGAATGCATGTCAATGGCGCACCTCCTCTGATGCAAGCTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103845 ...CAGGGTGGAATGCATGTCAATGGCGCACCTCCTCTGATGCAAGCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATGCAGGGTGGAGTTCCAGCACCAGGGCAAATGCCAGCTGCTGTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106262 TATGCAGGGTGGAGTTCCAGCACCAGGGCAAATGCCAGCTGCTGTCACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GACCTGGCCCTGGTTCCTTAGCTCCTGGAG         GAGGAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106312 GACCTGGCCCTGGTTCCTTAGCTCCTGGAGGTA...TAGGAGGAATGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTCAGGTTGGAATGCCAGGAAGTGGACCAGTGTCCATGGAACGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 GCTCAGGTTGGAATGCCAGGAAGTGGACCAGTGTCCATGGAACGGGGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AG         TGCCGATGCAAGACCCCAGAGCAGCTATGCAGCGGGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 AGGTA...CAGTGCCGATGCAAGACCCCAGAGCAGCTATGCAGCGGGGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCTTGCCTGCGAATGTCCCAACCCCTCGAGGCTTGTTAGGAGATGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111138 CCTTGCCTGCGAATGTCCCAACCCCTCGAGGCTTGTTAGGAGATGCTCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATGATCCACGGGGAGGCACTTTACTTTCTGTAACTGGAGAGGTAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111188 AATGATCCACGGGGAGGCACTTTACTTTCTGTAACTGGAGAGGTAGAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAG         AGGTTACTTGGGACCACCTCATCAGGGTCCACCCATGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111238 TAGGTA...CAGAGGTTACTTGGGACCACCTCATCAGGGTCCACCCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACCATGTCCCTGGCCATGAGAGCCGAGGACCACCCCCACATGAACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112356 ACCATGTCCCTGGCCATGAGAGCCGAGGACCACCCCCACATGAACTGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGAGGGCCATTACCCGAGCCCAGACCTCTAATGGCAGAACCAAGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112406 GGAGGGCCATTACCCGAGCCCAGACCTCTAATGGCAGAACCAAGAGGACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATGCTAGATCAGAGGGGTCCACCCTTGGATGGCAGAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112456 CATGCTAGATCAGAGGGGTCCACCCTTGGATGGCAGAGGTA...TAGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GAAGGGATCCCCGAGGAATAGATGCACGAGGGATGGAGGCCCGAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112767 GAAGGGATCCCCGAGGAATAGATGCACGAGGGATGGAGGCCCGAGCCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGCAAGAGGGTTAGATGCCAGAGGATTAGAGGCCCGTGCAATGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112817 GAGGCAAGAGGGTTAGATGCCAGAGGATTAGAGGCCCGTGCAATGGAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCGTGCGATGGAAGCTCGTGCAATGGAGGCCCGAGCGATGGAGGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112867 CCGTGCGATGGAAGCTCGTGCAATGGAGGCCCGAGCGATGGAGGCCCGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAATGGAAGTCCGAGGGATGGAGGCCAGAGGCATGGATACCAGAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112917 CAATGGAAGTCCGAGGGATGGAGGCCAGAGGCATGGATACCAGAGGCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGCCTGGCCCCAGAGGACCTATACCTAGTGGAATGCAGGGTCCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112967 GTGCCTGGCCCCAGAGGACCTATACCTAGTGGAATGCAGGGTCCCAGTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AATTAACATGGGGGCGGTTGTCCCCCAGGGATCCAGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113017 AATTAACATGGGGGCGGTTGTCCCCCAGGGATCCAGACAGGTA...TAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCCAGTCATGCAGGGAACAGGAATGCAAGGAGCAAGTATACAGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116924 TCCCAGTCATGCAGGGAACAGGAATGCAAGGAGCAAGTATACAGGGTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGCCAGCCTGGCGGCTTTAGTCCCGGGCAGAACCAAGTCACTCCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116974 AGCCAGCCTGGCGGCTTTAGTCCCGGGCAGAACCAAGTCACTCCACAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TCATGAGAAG         GCTGCTTTGATTATGCAGGTTCTACAACTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 TCATGAGAAGGTA...CAGGCTGCTTTGATTATGCAGGTTCTACAACTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CTGCAGACCAGATTGCCATGTTGCCTCCTGAGCAAAGGCAGAGTATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117854 CTGCAGACCAGATTGCCATGTTGCCTCCTGAGCAAAGGCAGAGTATCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1693 ATTTTAAAGGAACAAATACAGAAATCCACTGGAGCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117904 ATTTTAAAGGAACAAATACAGAAATCCACTGGAGCACCT