seq1 = pF1KB5994.tfa, 1827 bp
seq2 = pF1KB5994/gi568815594f_73304328.tfa (gi568815594f:73304328_73520295), 215968 bp

>pF1KB5994 1827
>gi568815594f:73304328_73520295 (Chr4)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-137  (100789-100846)   100% ->
138-270  (102302-102434)   100% ->
271-482  (104267-104478)   100% ->
483-615  (105028-105160)   100% ->
616-713  (105985-106082)   100% ->
714-843  (107669-107798)   100% ->
844-1058  (109093-109307)   100% ->
1059-1191  (110708-110840)   100% ->
1192-1289  (111929-112026)   100% ->
1290-1428  (113204-113342)   100% ->
1429-1652  (113761-113984)   99% ->
1653-1785  (115180-115312)   99% ->
1786-1827  (115927-115968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGGGTAACCTTTATTTCCCTTCTTTTTCTCTTTAGCTCGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTGGGTAACCTTTATTTCCCTTCTTTTTCTCTTTAGCTCGGCTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCAGGGGTGTGTTTCGTCGAGATGCAC         ACAAGAGTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TTCCAGGGGTGTGTTTCGTCGAGATGCACGTA...CAGACAAGAGTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCTCATCGGTTTAAAGATTTGGGAGAAGAAAATTTCAAAGCCTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100801 TTGCTCATCGGTTTAAAGATTTGGGAGAAGAAAATTTCAAAGCCTTGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      GGTGTTGATTGCCTTTGCTCAGTATCTTCAGCAGTGTCCATTTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ..CAGGGTGTTGATTGCCTTTGCTCAGTATCTTCAGCAGTGTCCATTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATCATGTAAAATTAGTGAATGAAGTAACTGAATTTGCAAAAACATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102347 AGATCATGTAAAATTAGTGAATGAAGTAACTGAATTTGCAAAAACATGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCTGATGAGTCAGCTGAAAATTGTGACAAATCACTT         CAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102397 TTGCTGATGAGTCAGCTGAAAATTGTGACAAATCACTTGTA...TAGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCCTTTTTGGAGACAAATTATGCACAGTTGCAACTCTTCGTGAAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104270 ACCCTTTTTGGAGACAAATTATGCACAGTTGCAACTCTTCGTGAAACCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTGAAATGGCTGACTGCTGTGCAAAACAAGAACCTGAGAGAAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104320 TGGTGAAATGGCTGACTGCTGTGCAAAACAAGAACCTGAGAGAAATGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTCTTGCAACACAAAGATGACAACCCAAACCTCCCCCGATTGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104370 GCTTCTTGCAACACAAAGATGACAACCCAAACCTCCCCCGATTGGTGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAGGTTGATGTGATGTGCACTGCTTTTCATGACAATGAAGAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104420 CCAGAGGTTGATGTGATGTGCACTGCTTTTCATGACAATGAAGAGACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTGAAAAA         ATACTTATATGAAATTGCCAGAAGACATCCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104470 TTTGAAAAAGTA...TAGATACTTATATGAAATTGCCAGAAGACATCCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTTTTATGCCCCGGAACTCCTTTTCTTTGCTAAAAGGTATAAAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105060 ACTTTTATGCCCCGGAACTCCTTTTCTTTGCTAAAAGGTATAAAGCTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTACAGAATGTTGCCAAGCTGCTGATAAAGCTGCCTGCCTGTTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105110 TTTACAGAATGTTGCCAAGCTGCTGATAAAGCTGCCTGCCTGTTGCCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         CTCGATGAACTTCGGGATGAAGGGAAGGCTTCGTCTGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105160 GGTA...TAGCTCGATGAACTTCGGGATGAAGGGAAGGCTTCGTCTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACAGAGACTCAAGTGTGCCAGTCTCCAAAAATTTGGAGAAAGAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106025 AACAGAGACTCAAGTGTGCCAGTCTCCAAAAATTTGGAGAAAGAGCTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGCATG         GGCAGTAGCTCGCCTGAGCCAGAGATTTCCCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106075 AAAGCATGGTA...TAGGGCAGTAGCTCGCCTGAGCCAGAGATTTCCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCTGAGTTTGCAGAAGTTTCCAAGTTAGTGACAGATCTTACCAAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107702 AGCTGAGTTTGCAGAAGTTTCCAAGTTAGTGACAGATCTTACCAAAGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACACGGAATGCTGCCATGGAGATCTGCTTGAATGTGCTGATGACAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107752 ACACGGAATGCTGCCATGGAGATCTGCTTGAATGTGCTGATGACAGGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       GCGGACCTTGCCAAGTATATCTGTGAAAATCAAGATTCGATCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107802 ...TAGGCGGACCTTGCCAAGTATATCTGTGAAAATCAAGATTCGATCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGTAAACTGAAGGAATGCTGTGAAAAACCTCTGTTGGAAAAATCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109137 CAGTAAACTGAAGGAATGCTGTGAAAAACCTCTGTTGGAAAAATCCCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCATTGCCGAAGTGGAAAATGATGAGATGCCTGCTGACTTGCCTTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109187 GCATTGCCGAAGTGGAAAATGATGAGATGCCTGCTGACTTGCCTTCATTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCTGCTGATTTTGTTGAAAGTAAGGATGTTTGCAAAAACTATGCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109237 GCTGCTGATTTTGTTGAAAGTAAGGATGTTTGCAAAAACTATGCTGAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAAGGATGTCTTCCTGGGCAT         GTTTTTGTATGAATATGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109287 AAAGGATGTCTTCCTGGGCATGTA...TAGGTTTTTGTATGAATATGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAGGCATCCTGATTACTCTGTCGTGCTGCTGCTGAGACTTGCCAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110728 GAAGGCATCCTGATTACTCTGTCGTGCTGCTGCTGAGACTTGCCAAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TATGAAACCACTCTAGAGAAGTGCTGTGCCGCTGCAGATCCTCATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110778 TATGAAACCACTCTAGAGAAGTGCTGTGCCGCTGCAGATCCTCATGAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTATGCCAAAGTG         TTCGATGAATTTAAACCTCTTGTGGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110828 CTATGCCAAAGTGGTA...CAGTTCGATGAATTTAAACCTCTTGTGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCCTCAGAATTTAATCAAACAAAATTGTGAGCTTTTTGAGCAGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111957 AGCCTCAGAATTTAATCAAACAAAATTGTGAGCTTTTTGAGCAGCTTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGTACAAATTCCAGAATGC         GCTATTAGTTCGTTACACCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112007 GAGTACAAATTCCAGAATGCGTA...CAGGCTATTAGTTCGTTACACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAAGTACCCCAAGTGTCAACTCCAACTCTTGTAGAGGTCTCAAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113225 GAAAGTACCCCAAGTGTCAACTCCAACTCTTGTAGAGGTCTCAAGAAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAGGAAAAGTGGGCAGCAAATGTTGTAAACATCCTGAAGCAAAAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113275 TAGGAAAAGTGGGCAGCAAATGTTGTAAACATCCTGAAGCAAAAAGAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCCTGTGCAGAAGACTAT         CTATCCGTGGTCCTGAACCAGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113325 CCCTGTGCAGAAGACTATGTG...TAGCTATCCGTGGTCCTGAACCAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATGTGTGTTGCATGAGAAAACGCCAGTAAGTGACAGAGTCACCAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113784 ATGTGTGTTGCATGAGAAAACGCCAGTAAGTGACAGAGTCACCAAATGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCACAGAATCCTTGGTGAACAGGCGACCATGCTTTTCAGCTCTGGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113834 GCACAGAATCCTTGGTGAACAGGCGACCATGCTTTTCAGCTCTGGAAGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATGAAACATACGTTCCCAAAGAGTTTAATGCTGAAACGTTCACCTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 113884 GATGAAACATACGTTCCCAAAGAGTTTAATGCTGAAACATTCACCTTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGCAGATATATGCACACTTTCTGAGAAGGAGAGACAAATCAAGAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113934 TGCAGATATATGCACACTTTCTGAGAAGGAGAGACAAATCAAGAAACAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 C         TGCACTTGTTGAGCTTGTGAAACACAAGCCCAAGGCAACA
        |>>>...>>>||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 113984 CGTG...CAGTGCACTTGTTGAGCTCGTGAAACACAAGCCCAAGGCAACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAAGAGCAACTGAAAGCTGTTATGGATGATTTCGCAGCTTTTGTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115220 AAAGAGCAACTGAAAGCTGTTATGGATGATTTCGCAGCTTTTGTAGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GTGCTGCAAGGCTGACGATAAGGAGACCTGCTTTGCCGAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115270 GTGCTGCAAGGCTGACGATAAGGAGACCTGCTTTGCCGAGGAGGTA...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1786   GGTAAAAAACTTGTTGCTGCAAGTCAAGCTGCCTTAGGCTTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115925 AGGGTAAAAAACTTGTTGCTGCAAGTCAAGCTGCCTTAGGCTTA