seq1 = pF1KB5990.tfa, 1827 bp
seq2 = pF1KB5990/gi568815597f_173633711.tfa (gi568815597f:173633711_173885244), 251534 bp

>pF1KB5990 1827
>gi568815597f:173633711_173885244 (Chr1)

1-23  (82334-82356)   100% ->
24-597  (100003-100576)   100% ->
598-756  (118054-118212)   100% ->
757-851  (119503-119597)   100% ->
852-967  (122213-122328)   100% ->
968-1151  (123266-123449)   100% ->
1152-1295  (132436-132579)   100% ->
1296-1429  (140595-140728)   100% ->
1430-1638  (141924-142132)   100% ->
1639-1745  (148414-148520)   100% ->
1746-1827  (151453-151534)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGAAAGCCAATGCGCAG         GTGTACCAACATTCGACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  82334 ATGGAAGGAAAGCCAATGCGCAGGTA...TAGGTGTACCAACATTCGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGAGAGACTGGAATGGATGTAACAAGCCGCTGCACCCTTGGAGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 AGGAGAGACTGGAATGGATGTAACAAGCCGCTGCACCCTTGGAGACCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAAACTGCCAGAAGGGGTTCCCCAACCTGCCCGCATGCCCTATATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 ACAAACTGCCAGAAGGGGTTCCCCAACCTGCCCGCATGCCCTATATCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAAGCACCCTCGACAAACCTTGGAAGTGATTAACCTTCTGAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 GACAAGCACCCTCGACAAACCTTGGAAGTGATTAACCTTCTGAGAAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGGAGCTATGTGATGTGGTGCTAGTTGTGGGCGCCAAGAAGATATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 CCGGGAGCTATGTGATGTGGTGCTAGTTGTGGGCGCCAAGAAGATATATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCATCGAGTCATTTTGTCAGCCTGTAGTCCCTACTTCCGAGCTATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 CCCATCGAGTCATTTTGTCAGCCTGTAGTCCCTACTTCCGAGCTATGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAGGAGAATTGGCAGAGAGCCGTCAGACAGAAGTAGTGATCCGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 ACAGGAGAATTGGCAGAGAGCCGTCAGACAGAAGTAGTGATCCGAGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACGAGAGGGCTATGGAATTACTGATTGACTTTGCGTATACCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 TGACGAGAGGGCTATGGAATTACTGATTGACTTTGCGTATACCTCCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAACAGTAGAAGAGGGCAATGTTCAGACTCTTCTGCCAGCTGCTTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 TAACAGTAGAAGAGGGCAATGTTCAGACTCTTCTGCCAGCTGCTTGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCCAGCTGGCAGAAATACAGGAAGCCTGCTGTGAATTCTTAAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 CTCCAGCTGGCAGAAATACAGGAAGCCTGCTGTGAATTCTTAAAGAGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATTAGATCCTTCTAACTGCCTGGGCATTCGGGCTTTTGCTGACACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100471 ATTAGATCCTTCTAACTGCCTGGGCATTCGGGCTTTTGCTGACACACATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CATGTCGTGAGTTGCTAAGGATAGCAGACAAGTTCACCCAACATAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 CATGTCGTGAGTTGCTAAGGATAGCAGACAAGTTCACCCAACATAACTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAAGAG         GTAATGGAGAGTGAAGAGTTCATGTTGCTTCCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100571 CAAGAGGTG...CAGGTAATGGAGAGTGAAGAGTTCATGTTGCTTCCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAATCAACTCATTGATATAATATCCAGTGATGAGCTAAACGTTCGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118089 CAATCAACTCATTGATATAATATCCAGTGATGAGCTAAACGTTCGCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGAACAAGTGTTCAATGCAGTGATGGCCTGGGTCAAATACAGTATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118139 AAGAACAAGTGTTCAATGCAGTGATGGCCTGGGTCAAATACAGTATTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAAAGACGTCCTCAATTACCCCAG         GTGCTGCAGCATGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118189 GAAAGACGTCCTCAATTACCCCAGGTA...TAGGTGCTGCAGCATGTTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTTGCCTTTGCTTAGTCCCAAGTTCCTGGTCGGCACAGTAGGCTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119520 TTTGCCTTTGCTTAGTCCCAAGTTCCTGGTCGGCACAGTAGGCTCTGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCTCATCAAAAGTGATGAAGAATGCAG         AGACTTGGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119570 CCCTCATCAAAAGTGATGAAGAATGCAGGTA...CAGAGACTTGGTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGGCTAAAAACTACCTCCTATTGCCGCAAGAACGACCACTAATGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122226 GAGGCTAAAAACTACCTCCTATTGCCGCAAGAACGACCACTAATGCAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACCAAGGACGAGACCACGGAAACCTATCCGATGTGGGGAAGTACTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122276 ACCAAGGACGAGACCACGGAAACCTATCCGATGTGGGGAAGTACTCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAG         TTGGTGGTTGGTGCAGTGGAGATGCCATTTCCAGTGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122326 CAGGTT...CAGTTGGTGGTTGGTGCAGTGGAGATGCCATTTCCAGTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAACGATATGATCCACAGACCAATGAATGGAGAATGGTGGCTTCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123304 GAACGATATGATCCACAGACCAATGAATGGAGAATGGTGGCTTCAATGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAAAAGGAGATGCGGAGTTGGGGTCAGTGTTCTTGATGATCTGTTATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123354 CAAAAGGAGATGCGGAGTTGGGGTCAGTGTTCTTGATGATCTGTTATATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAGTAGGAGGCCATGATGGATCCTCTTATCTCAATAGTGTTGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123404 CAGTAGGAGGCCATGATGGATCCTCTTATCTCAATAGTGTTGAAAGGTG.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152      GTATGACCCCAAAACAAACCAGTGGAGCAGTGATGTGGCCCCTAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123454 ..CAGGTATGACCCCAAAACAAACCAGTGGAGCAGTGATGTGGCCCCTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AAGCACCTGCAGGACAAGTGTTGGTGTAGCAGTACTTGGAGGCTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132481 AAGCACCTGCAGGACAAGTGTTGGTGTAGCAGTACTTGGAGGCTTTCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATGCTGTGGGTGGCCAGGATGGTGTGTCTTGCCTCAACATTGTTGAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132531 ATGCTGTGGGTGGCCAGGATGGTGTGTCTTGCCTCAACATTGTTGAGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296         GTATGATCCGAAGGAGAACAAGTGGACTCGGGTAGCTTCTAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132581 TG...CAGGTATGATCCGAAGGAGAACAAGTGGACTCGGGTAGCTTCTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAGTACCAGAAGACTAGGTGTGGCTGTGGCTGTGTTAGGAGGGTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140637 GAGTACCAGAAGACTAGGTGTGGCTGTGGCTGTGTTAGGAGGGTTCTTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGCTGTAGGTGGCTCTGACGGGACATCTCCTCTCAACACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 140687 ATGCTGTAGGTGGCTCTGACGGGACATCTCCTCTCAACACAGGTT...CA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1430  TGGAACGTTACAATCCTCAGGAAAACAGATGGCACACTATAGCCCCTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141923 GTGGAACGTTACAATCCTCAGGAAAACAGATGGCACACTATAGCCCCTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGGGACCCGGAGGAAACACCTAGGCTGTGCAGTATATCAGGACATGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141973 GGGGACCCGGAGGAAACACCTAGGCTGTGCAGTATATCAGGACATGATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATGCTGTAGGAGGTAGAGATGACACTACAGAGCTGAGCAGTGCTGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142023 ATGCTGTAGGAGGTAGAGATGACACTACAGAGCTGAGCAGTGCTGAGAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TACAACCCCAGAACCAACCAGTGGTCTCCAGTGGTGGCCATGACATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142073 TACAACCCCAGAACCAACCAGTGGTCTCCAGTGGTGGCCATGACATCACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CCGTAGTGGA         GTTGGCCTGGCAGTGGTCAATGGACAGCTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 142123 CCGTAGTGGAGTA...TAGGTTGGCCTGGCAGTGGTCAATGGACAGCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGCAGTAGGAGGTTTTGATGGCACAACATACTTGAAGACCATAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148445 TGGCAGTAGGAGGTTTTGATGGCACAACATACTTGAAGACCATAGAAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TTTGATCCTGATGCCAATACATGGAG         GTTATATGGCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 148495 TTTGATCCTGATGCCAATACATGGAGGTA...CAGGTTATATGGCGGGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GAATTACCGTCGGCTAGGGGGTGGCGTAGGAGTTATTAAAATGACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151468 GAATTACCGTCGGCTAGGGGGTGGCGTAGGAGTTATTAAAATGACACATT

   1900     .    :    .
   1811 GTGAATCCCATATTTGG
        |||||||||||||||||
 151518 GTGAATCCCATATTTGG