seq1 = pF1KB5988.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KB5988/gi568815594f_98193407.tfa (gi568815594f:98193407_98542114), 348708 bp

>pF1KB5988 1674
>gi568815594f:98193407_98542114 (Chr4)

1-112  (100000-100109)   98% ->
113-235  (149733-149855)   100% ->
236-361  (159070-159195)   100% ->
362-490  (198546-198674)   100% ->
491-616  (211071-211196)   100% ->
617-760  (223339-223482)   100% ->
761-892  (223961-224092)   100% ->
893-1027  (225251-225385)   100% ->
1028-1153  (226613-226738)   100% ->
1154-1293  (227849-227988)   100% ->
1294-1420  (240530-240656)   100% ->
1421-1549  (243534-243662)   100% ->
1550-1674  (248584-248708)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAATCTCAGTGATACCTTGAAGAAGCTGAAGATAACAGCTGTTGA
        |-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A G ATAATCTCAGTGATACCTTGAAGAAGCTGAAGATAACAGCTGTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGACTGAGGATAGTTTAGAAGGATGCTTGGATTGTCTGCTTCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 CAAGACTGAGGATAGTTTAGAAGGATGCTTGGATTGTCTGCTTCAAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTCAAAATA         ATACGGAAACAAGTGAAAAAATCCAAGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100098 TGGCTCAAAATAGTA...TAGATACGGAAACAAGTGAAAAAATCCAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGGAATACTTCAGCTGTTTGCAAGTCTGTTGACTCCACAGTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149762 AGTGGAATACTTCAGCTGTTTGCAAGTCTGTTGACTCCACAGTCTTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAGCCAAAGTAGCTAACATCATAGCAGAAGTAGCCAAAAATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 149812 CAAAGCCAAAGTAGCTAACATCATAGCAGAAGTAGCCAAAAATGGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    AGTTTATGCGAATTCCATGTGTGGATGCTGGATTGATTTCACCACTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159067 CAGAGTTTATGCGAATTCCATGTGTGGATGCTGGATTGATTTCACCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGCAGCTGCTAAATAGCAAAGACCAGGAAGTGCTGCTTCAAACGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159117 GTGCAGCTGCTAAATAGCAAAGACCAGGAAGTGCTGCTTCAAACGGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTCTAGGAAACATATGTTACGATAGCC         ATTCGCTTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 159167 GGCTCTAGGAAACATATGTTACGATAGCCGTA...CAGATTCGCTTCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCAGCTTATCAATATGGGTGTTATTCCTACCTTAGTGAAATTACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198558 CTCAGCTTATCAATATGGGTGTTATTCCTACCTTAGTGAAATTACTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCCACTGCCAAAATGCAGCTCTTACAGAAATGTGTCTTGTTGCATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198608 ATCCACTGCCAAAATGCAGCTCTTACAGAAATGTGTCTTGTTGCATTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAATTTAGCAGAACTTG         AGTCAAGTAAAGAACAGTTTGCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 198658 TAATTTAGCAGAACTTGGTA...CAGAGTCAAGTAAAGAACAGTTTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTACAAACATTGCTGAAGAGCTAGTAAAACTCTTCAAGAAACAAATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211095 GTACAAACATTGCTGAAGAGCTAGTAAAACTCTTCAAGAAACAAATAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATGATAAGAGAGAAATGATTTTTGAAGTTCTTGCTCCATTGGCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211145 CATGATAAGAGAGAAATGATTTTTGAAGTTCTTGCTCCATTGGCAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TG         ATGCTATTAAACTACAGCTGGTTGAAGCAGGCCTAGTAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211195 TGGTG...TAGATGCTATTAAACTACAGCTGGTTGAAGCAGGCCTAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTGTCTACTAGAGATTGTTCAGCAAAAAGTGGATAGTGACAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223378 AGTGTCTACTAGAGATTGTTCAGCAAAAAGTGGATAGTGACAAAGAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATATTACTGAGCTCAAAACTGGTTCAGATCTCATGGTTTTATTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223428 GATATTACTGAGCTCAAAACTGGTTCAGATCTCATGGTTTTATTACTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAG         ATGAATCCATGCAGAAGTTATTTGAAGGAGGAAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223478 TGGAGGTG...CAGATGAATCCATGCAGAAGTTATTTGAAGGAGGAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTAGTGTATTTCAAAGGGTACTCTCTTGGATCCCATCAAATAACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223997 GTAGTGTATTTCAAAGGGTACTCTCTTGGATCCCATCAAATAACCACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTACAGCTTGCTGGAGCATTGGCAATTGCAAATTTTGCCAGAAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 224047 CTACAGCTTGCTGGAGCATTGGCAATTGCAAATTTTGCCAGAAATGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893      ATGCAAATTGTATTCATATGGTAGACAATGGGATTGTAGAAAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224097 ..CAGATGCAAATTGTATTCATATGGTAGACAATGGGATTGTAGAAAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTATGGATTTACTGGACAGACATGTAGAAGATGGAAATGTAACAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225296 TTATGGATTTACTGGACAGACATGTAGAAGATGGAAATGTAACAGTACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATGCAGCACTAAGTGCCCTCAGAAACCTGGCCATTCCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 225346 CATGCAGCACTAAGTGCCCTCAGAAACCTGGCCATTCCAGGTA...CAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TATAAATAAAGCAAAGATGTTATCAGCTGGGGTCACAGAGGCAGTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226614 TATAAATAAAGCAAAGATGTTATCAGCTGGGGTCACAGAGGCAGTTTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AATTTCTTAAATCTGAAATGCCTCCTGTTCAGTTCAAACTTCTGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226664 AATTTCTTAAATCTGAAATGCCTCCTGTTCAGTTCAAACTTCTGGGAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTAAGAATGTTAATAGATGCACAAG         CAGAAGCTGCTGAACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 226714 TTAAGAATGTTAATAGATGCACAAGGTA...TAGCAGAAGCTGCTGAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATTGGGAAAGAATGTTAAGTTAGTGGAGCGTTTGGTGGAATGGTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227865 ATTGGGAAAGAATGTTAAGTTAGTGGAGCGTTTGGTGGAATGGTGTGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCAAAGATCATGCTGGTGTGATGGGGGAGTCAAACAGACTGCTGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227915 CCAAAGATCATGCTGGTGTGATGGGGGAGTCAAACAGACTGCTGTCTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTTATACGACACAGTAAATCAAAA         GATGTAATTAAAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 227965 CTTATACGACACAGTAAATCAAAAGTA...TAGGATGTAATTAAAACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGTGCAGAGTGGTGGCATCAAGCATCTAGTTACCATGGCAACTAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240547 TGTGCAGAGTGGTGGCATCAAGCATCTAGTTACCATGGCAACTAGTGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGTAATAATGCAGAATGAAGCTCTTGTTGCTTTGGCATTAATAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240597 ATGTAATAATGCAGAATGAAGCTCTTGTTGCTTTGGCATTAATAGCAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTAGAATTGG         GCACTGCTGAGAAAGATCTAGAAAGTGCTAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 240647 TTAGAATTGGGTA...TAGGCACTGCTGAGAAAGATCTAGAAAGTGCTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACTTGTACAGATTTTACATAGACTGCTAGCAGATGAGAGAAGTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243565 ACTTGTACAGATTTTACATAGACTGCTAGCAGATGAGAGAAGTGCTCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAATCAAATATAATTCCATGGTCCTGATATGTGCTCTTATGGGATCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 243615 AAATCAAATATAATTCCATGGTCCTGATATGTGCTCTTATGGGATCTGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550        AATGTCTACACAAGGAAGTACAGGATTTGGCTTTTCTAGATGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243665 A...CAGAATGTCTACACAAGGAAGTACAGGATTTGGCTTTTCTAGATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGTATCCAAACTTCGCAGTCATGAGAACAAAAGTGTTGCCCAGCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248627 CGTATCCAAACTTCGCAGTCATGAGAACAAAAGTGTTGCCCAGCAGGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :
   1643 CTCTCACAGAGCAGAGACTTACTGTGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 248677 CTCTCACAGAGCAGAGACTTACTGTGGAAAGC