seq1 = pF1KB5986.tfa, 1707 bp
seq2 = pF1KB5986/gi568815596f_102057725.tfa (gi568815596f:102057725_102276756), 219032 bp

>pF1KB5986 1707
>gi568815596f:102057725_102276756 (Chr2)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-296  (107050-107284)   100% ->
297-486  (107391-107580)   100% ->
487-655  (108389-108557)   100% ->
656-721  (110874-110939)   100% ->
722-839  (114077-114194)   100% ->
840-991  (114963-115114)   100% ->
992-1135  (116863-117006)   100% ->
1136-1303  (117754-117921)   100% ->
1304-1707  (118629-119032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGTGTTACTCAGACTTATTTGTTTCATAGCTCTACTGATTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAGTGTTACTCAGACTTATTTGTTTCATAGCTCTACTGATTTCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGAGGCTG         ATAAATGCAAGGAACGTGAAGAAAAAATAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGAGGCTGGTA...AAGATAAATGCAAGGAACGTGAAGAAAAAATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTAGTGTCATCTGCAAATGAAATTGATGTTCGTCCCTGTCCTCTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107080 TTTTAGTGTCATCTGCAAATGAAATTGATGTTCGTCCCTGTCCTCTTAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAAATGAACACAAAGGCACTATAACTTGGTATAAAGATGACAGCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107130 CCAAATGAACACAAAGGCACTATAACTTGGTATAAAGATGACAGCAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTGTATCTACAGAACAAGCCTCCAGGATTCATCAACACAAAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107180 ACCTGTATCTACAGAACAAGCCTCCAGGATTCATCAACACAAAGAGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTGGTTTGTTCCTGCTAAGGTGGAGGATTCAGGACATTACTATTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107230 TTTGGTTTGTTCCTGCTAAGGTGGAGGATTCAGGACATTACTATTGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTAAG         AAATTCATCTTACTGCCTCAGAATTAAAATAAGTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107280 GTAAGGTA...TAGAAATTCATCTTACTGCCTCAGAATTAAAATAAGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAATTTGTGGAGAATGAGCCTAACTTATGTTATAATGCACAAGCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107427 AAAATTTGTGGAGAATGAGCCTAACTTATGTTATAATGCACAAGCCATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAAGCAGAAACTACCCGTTGCAGGAGACGGAGGACTTGTGTGCCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107477 TTAAGCAGAAACTACCCGTTGCAGGAGACGGAGGACTTGTGTGCCCTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGAGTTTTTTAAAAATGAAAATAATGAGTTACCTAAATTACAGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107527 ATGGAGTTTTTTAAAAATGAAAATAATGAGTTACCTAAATTACAGTGGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAAG         GATTGCAAACCTCTACTTCTTGACAATATACACTTTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107577 TAAGGTA...TAGGATTGCAAACCTCTACTTCTTGACAATATACACTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGAGTCAAAGATAGGCTCATCGTGATGAATGTGGCTGAAAAGCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108426 GTGGAGTCAAAGATAGGCTCATCGTGATGAATGTGGCTGAAAAGCATAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGAACTATACTTGTCATGCATCCTACACATACTTGGGCAAGCAATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108476 GGGAACTATACTTGTCATGCATCCTACACATACTTGGGCAAGCAATATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATTACCCGGGTAATAGAATTTATTACTCTAG         AGGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108526 TATTACCCGGGTAATAGAATTTATTACTCTAGGTG...CAGAGGAAAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACCCACAAGGCCTGTGATTGTGAGCCCAGCTAATGAGACAATGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110883 AACCCACAAGGCCTGTGATTGTGAGCCCAGCTAATGAGACAATGGAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACTTGG         GATCCCAGATACAATTGATCTGTAATGTCACCGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110933 GACTTGGGTA...CAGGATCCCAGATACAATTGATCTGTAATGTCACCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGTTGAGTGACATTGCTTACTGGAAGTGGAATGGGTCAGTAATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114111 CCAGTTGAGTGACATTGCTTACTGGAAGTGGAATGGGTCAGTAATTGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGATGACCCAGTGCTAGGGGAAGACTATTACAG         TGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114161 AAGATGACCCAGTGCTAGGGGAAGACTATTACAGGTA...TAGTGTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATCCTGCAAACAAAAGAAGGAGTACCCTCATCACAGTGCTTAATATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114970 AATCCTGCAAACAAAAGAAGGAGTACCCTCATCACAGTGCTTAATATATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGAAATTGAAAGTAGATTTTATAAACATCCATTTACCTGTTTTGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115020 GGAAATTGAAAGTAGATTTTATAAACATCCATTTACCTGTTTTGCCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATACACATGGTATAGATGCAGCATATATCCAGTTAATATATCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115070 ATACACATGGTATAGATGCAGCATATATCCAGTTAATATATCCAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992     TCACTAATTTCCAGAAGCACATGATTGGTATATGTGTCACGTTGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115120 .TAGTCACTAATTTCCAGAAGCACATGATTGGTATATGTGTCACGTTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGTCATAATTGTGTGTTCTGTTTTCATCTATAAAATCTTCAAGATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116909 AGTCATAATTGTGTGTTCTGTTTTCATCTATAAAATCTTCAAGATTGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGTGCTTTGGTACAGGGATTCCTGCTATGATTTTCTCCCAATAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116959 TTGTGCTTTGGTACAGGGATTCCTGCTATGATTTTCTCCCAATAAAAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136        CTTCAGATGGAAAGACCTATGACGCATATATACTGTATCCAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117009 A...TAGCTTCAGATGGAAAGACCTATGACGCATATATACTGTATCCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GACTGTTGGGGAAGGGTCTACCTCTGACTGTGATATTTTTGTGTTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117797 GACTGTTGGGGAAGGGTCTACCTCTGACTGTGATATTTTTGTGTTTAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCTTGCCTGAGGTCTTGGAAAAACAGTGTGGATATAAGCTGTTCATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117847 TCTTGCCTGAGGTCTTGGAAAAACAGTGTGGATATAAGCTGTTCATTTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGAAGGGATGACTACGTTGGGGAAG         ACATTGTTGAGGTCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117897 GGAAGGGATGACTACGTTGGGGAAGGTA...CAGACATTGTTGAGGTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAATGAAAACGTAAAGAAAAGCAGAAGACTGATTATCATTTTAGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118645 TAATGAAAACGTAAAGAAAAGCAGAAGACTGATTATCATTTTAGTCAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAACATCAGGCTTCAGCTGGCTGGGTGGTTCATCTGAAGAGCAAATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118695 AAACATCAGGCTTCAGCTGGCTGGGTGGTTCATCTGAAGAGCAAATAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGTATAATGCTCTTGTTCAGGATGGAATTAAAGTTGTCCTGCTTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118745 ATGTATAATGCTCTTGTTCAGGATGGAATTAAAGTTGTCCTGCTTGAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGAAAATCCAAGACTATGAGAAAATGCCAGAATCGATTAAATTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118795 GGAGAAAATCCAAGACTATGAGAAAATGCCAGAATCGATTAAATTCATTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGCAGAAACATGGGGCTATCCGCTGGTCAGGGGACTTTACACAGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118845 AGCAGAAACATGGGGCTATCCGCTGGTCAGGGGACTTTACACAGGGACCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CAGTCTGCAAAGACAAGGTTCTGGAAGAATGTCAGGTACCACATGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118895 CAGTCTGCAAAGACAAGGTTCTGGAAGAATGTCAGGTACCACATGCCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCAGCGACGGTCACCTTCATCTAAACACCAGTTACTGTCACCAGCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118945 CCAGCGACGGTCACCTTCATCTAAACACCAGTTACTGTCACCAGCCACTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1670 AGGAGAAACTGCAAAGAGAGGCTCACGTGCCTCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118995 AGGAGAAACTGCAAAGAGAGGCTCACGTGCCTCTCGGG