seq1 = pF1KB5978.tfa, 1692 bp
seq2 = pF1KB5978/gi568815586r_52473738.tfa (gi568815586r:52473738_52593188), 119451 bp

>pF1KB5978 1692
>gi568815586r:52473738_52593188 (Chr12)

(complement)

1-540  (100001-100540)   100% ->
541-755  (101453-101667)   100% ->
756-816  (102017-102077)   100% ->
817-912  (102236-102331)   100% ->
913-1077  (102456-102620)   100% ->
1078-1203  (103121-103246)   100% ->
1204-1424  (104641-104861)   100% ->
1425-1459  (105086-105120)   100% ->
1460-1692  (105234-105466)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCACATCCACCACCATCAGGAGCCACAGCAGCAGCCGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCACATCCACCACCATCAGGAGCCACAGCAGCAGCCGCCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCAGTGCCAACTCAGCCAGGCTCCCTGGGGTCAGCCGCTCTGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCAGTGCCAACTCAGCCAGGCTCCCTGGGGTCAGCCGCTCTGGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCGTCTCCGTGTCCCGCTCCAGGGGCAGTGGTGGCCTGGGTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCGTCTCCGTGTCCCGCTCCAGGGGCAGTGGTGGCCTGGGTGGTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGGAGGAGCTGGCTTTGGCAGCCGCAGTCTGTATGGCCTGGGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGGAGGAGCTGGCTTTGGCAGCCGCAGTCTGTATGGCCTGGGGGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGAGGATCTCCATTGGAGGGGGCAGCTGTGCCATCAGTGGCGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGAGGATCTCCATTGGAGGGGGCAGCTGTGCCATCAGTGGCGGCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGCAGAGCCGGAGGCAGCTATGGCTTTGGTGGCGCCGGGAGTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGCAGAGCCGGAGGCAGCTATGGCTTTGGTGGCGCCGGGAGTGGATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTTTCGGTGGTGGAGCCGGCATTGGCTTTGGTCTGGGTGGTGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTTTCGGTGGTGGAGCCGGCATTGGCTTTGGTCTGGGTGGTGGAGCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTTGCTGGTGGCTTTGGGGGCCCTGGCTTCCCTGTGTGCCCCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTTGCTGGTGGCTTTGGGGGCCCTGGCTTCCCTGTGTGCCCCCCTGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATCCAAGAGGTCACCGTCAACCAGAGTCTCCTGACTCCCCTCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATCCAAGAGGTCACCGTCAACCAGAGTCTCCTGACTCCCCTCAACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAAATCGATCCCACCATCCAGCGGGTGCGGGCTGAGGAGCGTGAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAAATCGATCCCACCATCCAGCGGGTGCGGGCTGAGGAGCGTGAACAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAGACCCTCAACAACAAGTTTGCCTCCTTCATCGACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100501 CAAGACCCTCAACAACAAGTTTGCCTCCTTCATCGACAAGGTG...CAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCGGTTCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTTCTGGAAACAAAGTGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101454 TGCGGTTCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTTCTGGAAACAAAGTGGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGCAGGAGCAGGGCACCAAGACTGTGAGGCAGAACCTGGAGCCGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101504 CTGCAGGAGCAGGGCACCAAGACTGTGAGGCAGAACCTGGAGCCGTTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGAGCAGTACATCAACAACCTCAGGAGGCAGCTGGACAGCATTGTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101554 CGAGCAGTACATCAACAACCTCAGGAGGCAGCTGGACAGCATTGTCGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AACGGGGCCGCCTGGACTCAGAGCTCAGAGGCATGCAGGACCTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101604 AACGGGGCCGCCTGGACTCAGAGCTCAGAGGCATGCAGGACCTGGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACTTCAAGAACAA         ATATGAGGATGAAATCAACAAGCGCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101654 GACTTCAAGAACAAGTG...TAGATATGAGGATGAAATCAACAAGCGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGCAGCAGAGAATGAATTTGTGACTCTGAAGAAG         GATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102044 AGCAGCAGAGAATGAATTTGTGACTCTGAAGAAGGTG...CAGGATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATGCTGCCTACATGAACAAGGTTGAACTGCAAGCCAAGGCAGACACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102243 ATGCTGCCTACATGAACAAGGTTGAACTGCAAGCCAAGGCAGACACTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACAGACGAGATCAACTTCCTGAGAGCCTTGTATGATGCA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102293 ACAGACGAGATCAACTTCCTGAGAGCCTTGTATGATGCAGTA...CAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGTCCCAGATGCAGACCCACATCTCAGACACATCTGTGGTGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102458 GCTGTCCCAGATGCAGACCCACATCTCAGACACATCTGTGGTGCTGTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGACAACAACCGCAACCTGGACCTGGACAGCATCATCGCTGAGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102508 TGGACAACAACCGCAACCTGGACCTGGACAGCATCATCGCTGAGGTCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCCCAATATGAGGAGATTGCTCAGAGAAGCCGGGCTGAGGCTGAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102558 GCCCAATATGAGGAGATTGCTCAGAGAAGCCGGGCTGAGGCTGAGTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GTACCAGACCAAG         TACGAGGAGCTGCAGGTCACAGCAGGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102608 GTACCAGACCAAGGTG...CAGTACGAGGAGCTGCAGGTCACAGCAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GACATGGGGACGACCTGCGCAACACCAAGCAGGAGATTGCTGAGATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103149 GACATGGGGACGACCTGCGCAACACCAAGCAGGAGATTGCTGAGATCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGCATGATCCAGAGGCTGAGATCTGAGATCGACCACGTCAAGAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103199 CGCATGATCCAGAGGCTGAGATCTGAGATCGACCACGTCAAGAAGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1204        TGCGCCAACCTGCAGGCCGCCATTGCTGATGCTGAGCAGCGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103249 A...CAGTGCGCCAACCTGCAGGCCGCCATTGCTGATGCTGAGCAGCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGGAGATGGCCCTCAAGGATGCCAAGAACAAGCTGGAAGGGCTGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104684 GGGAGATGGCCCTCAAGGATGCCAAGAACAAGCTGGAAGGGCTGGAGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCCCTGCAGAAGGCCAAGCAGGACCTGGCCCGGCTGCTGAAGGAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104734 GCCCTGCAGAAGGCCAAGCAGGACCTGGCCCGGCTGCTGAAGGAGTACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GGAGCTGATGAATGTCAAGCTGGCCCTGGACGTGGAGATCGCCACCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104784 GGAGCTGATGAATGTCAAGCTGGCCCTGGACGTGGAGATCGCCACCTACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GCAAGCTGCTGGAGGGTGAGGAGTGCAG         GCTGAATGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104834 GCAAGCTGCTGGAGGGTGAGGAGTGCAGGTG...CAGGCTGAATGGCGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GGCGTTGGACAAGTCAACATCT         CTGTGGTGCAGTCCACCGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105099 GGCGTTGGACAAGTCAACATCTGTA...CAGCTGTGGTGCAGTCCACCGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTCCAGTGGCTATGGCGGTGCCAGTGGTGTCGGCAGTGGCTTAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105253 CTCCAGTGGCTATGGCGGTGCCAGTGGTGTCGGCAGTGGCTTAGGCCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GTGGAGGAAGCAGCTACTCCTATGGCAGTGGTCTTGGCGTTGGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 GTGGAGGAAGCAGCTACTCCTATGGCAGTGGTCTTGGCGTTGGAGGTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TTCAGTTCCAGCAGTGGCAGAGCCATTGGGGGTGGCCTCAGCTCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105353 TTCAGTTCCAGCAGTGGCAGAGCCATTGGGGGTGGCCTCAGCTCTGTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGGCGGCAGTTCCACCATCAAGTACACCACCACCTCCTCCTCCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105403 AGGCGGCAGTTCCACCATCAAGTACACCACCACCTCCTCCTCCAGCAGGA

   1750     .    :
   1679 AGAGCTATAAGCAC
        ||||||||||||||
 105453 AGAGCTATAAGCAC