seq1 = pF1KB5970.tfa, 1680 bp
seq2 = pF1KB5970/gi568815579f_2149333.tfa (gi568815579f:2149333_2351954), 202622 bp

>pF1KB5970 1680
>gi568815579f:2149333_2351954 (Chr19)

1-412  (100001-100412)   100% ->
413-555  (101005-101147)   100% ->
556-664  (101320-101428)   100% ->
665-824  (101517-101676)   100% ->
825-1680  (101767-102622)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGACCTGCCTCTCACCAGCCTGGCCCTAGTGCTGTCTGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGACCTGCCTCTCACCAGCCTGGCCCTAGTGCTGTCTGCCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCTGCTGGGGACTGAGGCCCTCAGAGCAGAGGAGCCAGCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTCTGCTGGGGACTGAGGCCCTCAGAGCAGAGGAGCCAGCTGTGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGTGGCCTCATCTTCCGAGAAGACTTGGACTGGCCTCCAGGCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGTGGCCTCATCTTCCGAGAAGACTTGGACTGGCCTCCAGGCAGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAGAGCCTCTGTGCCTGGTGGCACTGGGCGGGGACAGCAATGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAGAGCCTCTGTGCCTGGTGGCACTGGGCGGGGACAGCAATGGCAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCCCCCTGCGGGTGGTGGGGGCTCTAAGCGCCTATGAGCAGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCCCCCTGCGGGTGGTGGGGGCTCTAAGCGCCTATGAGCAGGCCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGGGCCGTGCAGAGGGCCCGCTGGGGCCCCCGAGACCTGGCCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGGGCCGTGCAGAGGGCCCGCTGGGGCCCCCGAGACCTGGCCACCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGGTCTGCAACACCGGTGACAGGCAGGCTGCCTTGCCCTCTCTACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGGTCTGCAACACCGGTGACAGGCAGGCTGCCTTGCCCTCTCTACGGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGGGGCCTGGCTGCGGGACCCTGGGGGGCAGCGCCTGGTGGTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGGGGCCTGGCTGCGGGACCCTGGGGGGCAGCGCCTGGTGGTCCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGGAGGAAG         TGACCTGGGAGCCAACACCCTCGCTGAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGGAGGAAGGTA...CAGTGACCTGGGAGCCAACACCCTCGCTGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCAGGAGCCCCCGCCTGGAGGAGCTGGCCCCCCAGAGCTGGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101034 TTCCAGGAGCCCCCGCCTGGAGGAGCTGGCCCCCCAGAGCTGGCGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGTGCTGTACCCTGGGCCTGGCCCTGAGGTCACTGTGACGAGGGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101084 GGTGCTGTACCCTGGGCCTGGCCCTGAGGTCACTGTGACGAGGGCTGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCCGGGTGCCCAG         AGCCTCTGCCCCTCCCGAGACACCCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101134 TGCCGGGTGCCCAGGTA...CAGAGCCTCTGCCCCTCCCGAGACACCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACCTGGTGTTAGCGGTGGACCGCCCTGCGGGGGCCTGGCGCGGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101347 TACCTGGTGTTAGCGGTGGACCGCCCTGCGGGGGCCTGGCGCGGCTCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGGCCTTGACCCTGCAGCCCCGCGGAGAGG         ACTCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101397 GCTGGCCTTGACCCTGCAGCCCCGCGGAGAGGGTA...CAGACTCCCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAGTACCGCCCGGCTGCAGGCACTGCTGTTCGGCGACGACCACCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101526 TGAGTACCGCCCGGCTGCAGGCACTGCTGTTCGGCGACGACCACCGCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCACACGGATGACCCCGGCCCTGCTCCTGCTGCCGCGGTCCGAGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101576 TTCACACGGATGACCCCGGCCCTGCTCCTGCTGCCGCGGTCCGAGCCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCGCTGCCTGCGCACGGCCAGCTGGACACCGTGCCCTTCCCGCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101626 GCCGCTGCCTGCGCACGGCCAGCTGGACACCGTGCCCTTCCCGCCGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 G         GCCATCCGCGGAACTCGAGGAGTCGCCACCCAGCGCAGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101676 GGTG...CAGGCCATCCGCGGAACTCGAGGAGTCGCCACCCAGCGCAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCTTCCTGGAGACGCTCACGCGCCTGGTGCGGGCGCTGCGGGTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101807 CCCTTCCTGGAGACGCTCACGCGCCTGGTGCGGGCGCTGCGGGTCCCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGCCCGGGCCTCCGCGCCGCGCCTGGCCCTGGATCCGGACGCGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101857 GGCCCGGGCCTCCGCGCCGCGCCTGGCCCTGGATCCGGACGCGCTGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCTTCCCGCAGGGCCTAGTCAACCTGTCGGACCCCGCGGCGCTGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101907 GCTTCCCGCAGGGCCTAGTCAACCTGTCGGACCCCGCGGCGCTGGAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTACTCGACGGCGAGGAGCCGCTGCTGCTGCTGCTGAGGCCCACTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101957 CTACTCGACGGCGAGGAGCCGCTGCTGCTGCTGCTGAGGCCCACTGCGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CACCACCGGGGATCCTGCGCCCCTGCACGACCCCACGTCGGCGCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102007 CACCACCGGGGATCCTGCGCCCCTGCACGACCCCACGTCGGCGCCGTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCACGGCCCTGGCGCGCCGCGTGGCTGCTGAACTGCAAGCGGCGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102057 CCACGGCCCTGGCGCGCCGCGTGGCTGCTGAACTGCAAGCGGCGGCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGCTGCGAAGCCTCCCGGGTCTGCCTCCGGCCACAGCCCCGCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102107 GAGCTGCGAAGCCTCCCGGGTCTGCCTCCGGCCACAGCCCCGCTGCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCGCCTGCTCGCGCTCTGCCCAGGAGGCCCCGGCGGCCTCGGCGATCCCC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 102157 GCGCCTGCTCGCGCTCTGCCCAGGTGGCCCCGGCGGCCTCGGCGATCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGCGAGCGCTGCTGCTCCTGAAGGCGCTGCAGGGCCTGCGCGTGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102207 TGCGAGCGCTGCTGCTCCTGAAGGCGCTGCAGGGCCTGCGCGTGGAGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CGCGGGCGGGATCCGCGCGGGCCGGGTCGGGCACAGCGCAGCGCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102257 CGCGGGCGGGATCCGCGCGGGCCGGGTCGGGCACAGCGCAGCGCGGGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CACCGCCGCCGACGGGCCGTGCGCGCTGCGCGAGCTCAGCGTAGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102307 CACCGCCGCCGACGGGCCGTGCGCGCTGCGCGAGCTCAGCGTAGACCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCGCCGAGCGCTCCGTACTCATCCCCGAGACCTACCAGGCCAACAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102357 GCGCCGAGCGCTCCGTACTCATCCCCGAGACCTACCAGGCCAACAATTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CAGGGCGTGTGCGGCTGGCCTCAGTCCGACCGCAACCCGCGCTACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102407 CAGGGCGTGTGCGGCTGGCCTCAGTCCGACCGCAACCCGCGCTACGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCACGTGGTGCTGCTGCTGAAGATGCAGGCCCGTGGGGCCGCCCTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 102457 CCACGTGGTGCTGCTGCTGAAGATGCAGGTCCGTGGGGCCGCCCTGGCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GCCCACCCTGCTGCGTGCCCACCGCCTACGCGGGCAAGCTGCTCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102507 GCCCACCCTGCTGCGTGCCCACCGCCTACGCGGGCAAGCTGCTCATCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGTCGGAGGAGCGCATCAGCGCGCACCACGTGCCCAACATGGTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102557 CTGTCGGAGGAGCGCATCAGCGCGCACCACGTGCCCAACATGGTGGCCAC

   1700     .    :    .
   1665 CGAGTGTGGCTGCCGG
        ||||||||||||||||
 102607 CGAGTGTGGCTGCCGG