seq1 = pF1KB5960.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KB5960/gi568815579f_55578628.tfa (gi568815579f:55578628_55795275), 216648 bp

>pF1KB5960 1653
>gi568815579f:55578628_55795275 (Chr19)

1-228  (100001-100228)   100% ->
229-478  (106769-107018)   100% ->
479-603  (110243-110367)   100% ->
604-687  (111240-111323)   100% ->
688-991  (113127-113430)   100% ->
992-1102  (114059-114169)   99% ->
1103-1189  (114324-114410)   100% ->
1190-1447  (116099-116356)   100% ->
1448-1653  (116521-116726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGACCTCGTCCTTGAGGCGCCAGATGAAGAACATCGTCCACAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGACCTCGTCCTTGAGGCGCCAGATGAAGAACATCGTCCACAACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGAGGCGGAGATCAAGGTTCGAGAGGCCACGAGCAATGACCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGAGGCGGAGATCAAGGTTCGAGAGGCCACGAGCAATGACCCCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCATCCAGCTCCCTCATGTCAGAGATTGCCGACCTCACCTACAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCATCCAGCTCCCTCATGTCAGAGATTGCCGACCTCACCTACAACGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCGCCTTCTCGGAGATCATGAGCATGATCTGGAAGCGGCTCAATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCGCCTTCTCGGAGATCATGAGCATGATCTGGAAGCGGCTCAATGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCAAGAACTGGCGTCACGTTTACAAG         GCCATGACGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 TGGCAAGAACTGGCGTCACGTTTACAAGGTC...CAGGCCATGACGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGTACCTCATCAAGACCGGCTCGGAGCGCGTGTCGCAGCAGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106782 TGGAGTACCTCATCAAGACCGGCTCGGAGCGCGTGTCGCAGCAGTGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGAACATGTACGCCGTGCAGACGCTGAAGGACTTCCAGTACGTGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106832 GAGAACATGTACGCCGTGCAGACGCTGAAGGACTTCCAGTACGTGGACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGACGGCAAGGACCAGGGCGTGAACGTGCGTGAGAAAGCTAAGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106882 CGACGGCAAGGACCAGGGCGTGAACGTGCGTGAGAAAGCTAAGCAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCCCTGCTGCGCGACGAGGACCGGCTGCGGGAAGAGCGGGCGCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106932 TGGCCCTGCTGCGCGACGAGGACCGGCTGCGGGAAGAGCGGGCGCACGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCAAGACCAAGGAAAAGCTGGCACAGACCGCCACGG         CCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106982 CTCAAGACCAAGGAAAAGCTGGCACAGACCGCCACGGGTG...CAGCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATCAGCAGCTGTGGGCTCAGGCCCCCCTCCCGAGGCGGAGCAGGCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110247 ATCAGCAGCTGTGGGCTCAGGCCCCCCTCCCGAGGCGGAGCAGGCGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGCAGAGCAGCGGGGAGGAGGAGCTGCAGCTCCAGCTGGCCCTGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110297 CGCAGAGCAGCGGGGAGGAGGAGCTGCAGCTCCAGCTGGCCCTGGCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCAAGGAGGAGGCCGACCAG         GAGGAGCGGATCCGTCGCGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110347 AGCAAGGAGGAGGCCGACCAGGTA...CAGGAGGAGCGGATCCGTCGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATGACCTGCGGCTGCAGATGGCAATCGAGGAGAGCAAGAGGGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111260 GGATGACCTGCGGCTGCAGATGGCAATCGAGGAGAGCAAGAGGGAGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGGCAAGGAGGAG         TCGTCCCTCATGGACCTTGCTGACGTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111310 GGGGCAAGGAGGAGGTG...CAGTCGTCCCTCATGGACCTTGCTGACGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCACGGCCCCAGCTCCTGCCCCGACCACAGACCCCTGGGGGGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113154 TTCACGGCCCCAGCTCCTGCCCCGACCACAGACCCCTGGGGGGGCCCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACCCATGGCTGCTGCCGTCCCCACGGCTGCCCCCACCTCGGACCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113204 ACCCATGGCTGCTGCCGTCCCCACGGCTGCCCCCACCTCGGACCCCTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGGCCCCCCTGTCCCTCCAGCTGCTGATCCCTGGGGAGGTCCAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113254 GCGGCCCCCCTGTCCCTCCAGCTGCTGATCCCTGGGGAGGTCCAGCCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACGCCGGCCTCTGGGGACCCCTGGAGGCCTGCTGCCCCTGCAGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113304 ACGCCGGCCTCTGGGGACCCCTGGAGGCCTGCTGCCCCTGCAGGACCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGTTGACCCTTGGGGTGGGACCCCAGCCCCTGCAGCTGGGGAGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113354 AGTTGACCCTTGGGGTGGGACCCCAGCCCCTGCAGCTGGGGAGGGGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CGCCTGATCCATGGGGAAGTTCCGATG         GTGGGGTCCCGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| 
 113404 CGCCTGATCCATGGGGAAGTTCCGATGGTG...CAGGTGGGGTCCCGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGTGGGCCCTCAGCCTCCGATCCCTGGACACCGGCCCCGGCCTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114073 AGTGGGCCCTCAGCCTCCGATCCCTGGACACCGGCCCCGGCCTTCTCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCCCTGGGGAGGGTCACCTGCCAAGCCCAGCACCAATGGCACAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114123 TCCCTGGGGAGGGTCACCTGCCAAGCCCAGCACCAATGGCACAACAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103       CAGCCGGGGGATTCGACACGGAGCCCGACGAGTTCTCTGACTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114173 ...CAGCAGCCGGGGGATTCGACACGGAGCCCGACGAGTTCTCTGACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACCGACTCCGCACGGCACTGCCGACCTCCGGGAGCAGCGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114368 GACCGACTCCGCACGGCACTGCCGACCTCCGGGAGCAGCGCAGGTG...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190   GAGAGCTGGAGCTGCTGGCAGGAGAGGTGCCGGCCCGAAGCCCTGGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116097 AGGAGAGCTGGAGCTGCTGGCAGGAGAGGTGCCGGCCCGAAGCCCTGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CGTTTGACATGAGTGGGGTCAGGGGATCTCTGGCTGAGGCTGTGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116147 CGTTTGACATGAGTGGGGTCAGGGGATCTCTGGCTGAGGCTGTGGGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCCCCACCTGCAGCCACACCAACTCCCACGCCCCCCACCCGGAAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116197 CCCCCACCTGCAGCCACACCAACTCCCACGCCCCCCACCCGGAAGACGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGAGTCATTCCTGGGGCCCAATGCAGCCCTCGTCGACCTGGACTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116247 GGAGTCATTCCTGGGGCCCAATGCAGCCCTCGTCGACCTGGACTCGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGAGCCGGCCGGGCCCCACGCCGCCTGGAGCCAAGGCCTCCAACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116297 TGAGCCGGCCGGGCCCCACGCCGCCTGGAGCCAAGGCCTCCAACCCCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGCCAGGCG         GAGGCCCAGCCACTGGCCCTTCCGTCACCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116347 CTGCCAGGCGGTG...CAGGAGGCCCAGCCACTGGCCCTTCCGTCACCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCCCTTCCAGCCCGCGCCTCCCGCGACGCTCACCCTGAACCAGCTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116552 CCCCTTCCAGCCCGCGCCTCCCGCGACGCTCACCCTGAACCAGCTCCGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TCAGTCCTGTGCCTCCCGTCCCTGGAGCGCCACCCACGTACATCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116602 TCAGTCCTGTGCCTCCCGTCCCTGGAGCGCCACCCACGTACATCTCTCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTTGGCGGGGGCCCTGGCCTGCCCCCCATGATGCCCCCGGGCCCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116652 CTTGGCGGGGGCCCTGGCCTGCCCCCCATGATGCCCCCGGGCCCCCCGGC

   1700     .    :    .    :    .
   1629 CCCCAACACTAATCCCTTCCTCCTA
        |||||||||||||||||||||||||
 116702 CCCCAACACTAATCCCTTCCTCCTA