seq1 = pF1KB5958.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KB5958/gi568815596f_208307044.tfa (gi568815596f:208307044_208593656), 286613 bp

>pF1KB5958 1650
>gi568815596f:208307044_208593656 (Chr2)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-178  (121158-121260)   100% ->
179-289  (130494-130604)   100% ->
290-411  (130717-130838)   100% ->
412-509  (135321-135418)   100% ->
510-699  (136305-136494)   100% ->
700-853  (137691-137844)   100% ->
854-914  (143706-143766)   100% ->
915-981  (152852-152918)   100% ->
982-1076  (174027-174121)   100% ->
1077-1215  (181969-182107)   100% ->
1216-1257  (183596-183637)   100% ->
1258-1650  (186221-186613)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGCTGGGGGCGTCGCTCCACGTCTGGGGTTGGCTAATGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGCTGGGGGCGTCGCTCCACGTCTGGGGTTGGCTAATGCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTGCCTCCTGGCCAGAGCCCAG         CTGGATTCTGATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 CAGCTGCCTCCTGGCCAGAGCCCAGGTA...CAGCTGGATTCTGATGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATTACTATAGAGGAGCAGATTGTCCTTGTGCTGAAAGCGAAAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121174 CCATTACTATAGAGGAGCAGATTGTCCTTGTGCTGAAAGCGAAAGTACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGAACTCAACATCACAGCTCAACTCCAGGAGGGAG         AAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121224 TGTGAACTCAACATCACAGCTCAACTCCAGGAGGGAGGTA...TAGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAATTGTTTCCCTGAATGGGATGGACTCATTTGTTGGCCCAGAGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130498 TAATTGTTTCCCTGAATGGGATGGACTCATTTGTTGGCCCAGAGGAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGGAAAATATCGGCTGTTCCATGCCCTCCTTATATTTATGACTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130548 TGGGGAAAATATCGGCTGTTCCATGCCCTCCTTATATTTATGACTTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATAAAG         GAGTTGCTTTCCGACACTGTAACCCCAATGGAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130598 CATAAAGGTA...CAGGAGTTGCTTTCCGACACTGTAACCCCAATGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATGGGATTTTATGCACAGCTTAAATAAAACATGGGCCAATTATTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130751 ATGGGATTTTATGCACAGCTTAAATAAAACATGGGCCAATTATTCAGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTTCGCTTTCTGCAGCCAGATATCAGCATAGGAAAG         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 130801 GCCTTCGCTTTCTGCAGCCAGATATCAGCATAGGAAAGGTA...CAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAATTCTTTGAACGCCTCTATGTAATGTATACCGTTGGCTACTCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135324 GAATTCTTTGAACGCCTCTATGTAATGTATACCGTTGGCTACTCCATCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTTGGTTCCTTGGCTGTGGCTATTCTCATCATTGGTTACTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135374 TTTTGGTTCCTTGGCTGTGGCTATTCTCATCATTGGTTACTTCAGGTG..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    510     ACGATTGCATTGCACTAGGAACTATATCCACATGCACTTATTTGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135424 .TAGACGATTGCATTGCACTAGGAACTATATCCACATGCACTTATTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTTTCATGCTGAGAGCTACAAGCATCTTTGTCAAAGACAGAGTAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136351 TCTTTCATGCTGAGAGCTACAAGCATCTTTGTCAAAGACAGAGTAGTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTCACATAGGAGTAAAGGAGCTGGAGTCCCTAATAATGCAGGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136401 TGCTCACATAGGAGTAAAGGAGCTGGAGTCCCTAATAATGCAGGATGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACAAAATTCCATTGAGGCAACTTCTGTGGACAAATCACAATAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136451 CACAAAATTCCATTGAGGCAACTTCTGTGGACAAATCACAATATGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    ATCGGGTGCAAGATTGCTGTTGTGATGTTTATTTACTTCCTGGCTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137688 TAGATCGGGTGCAAGATTGCTGTTGTGATGTTTATTTACTTCCTGGCTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAATTATTATTGGATCCTGGTGGAAGGTCTCTACCTGCATAATCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137738 AAATTATTATTGGATCCTGGTGGAAGGTCTCTACCTGCATAATCTCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGTGGCTTTCTTTTCGGACACCAAATACCTGTGGGGCTTCATCTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137788 TTGTGGCTTTCTTTTCGGACACCAAATACCTGTGGGGCTTCATCTTGATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCTGGG         GGTTTCCAGCAGCATTTGTTGCAGCATGGGCTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137838 GGCTGGGGTA...CAGGGTTTCCAGCAGCATTTGTTGCAGCATGGGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCACGAGCAACTCTGGCTGATGCGAG         GTGCTGGGAACTTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 143740 GGCACGAGCAACTCTGGCTGATGCGAGGTG...CAGGTGCTGGGAACTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTGCTGGAGACATCAAGTGGATTTATCAAGCACCGATCTTAGCAGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152866 GTGCTGGAGACATCAAGTGGATTTATCAAGCACCGATCTTAGCAGCTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGG         CTGAATTTTATTCTGTTTCTGAATACGGTTAGAGTTCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152916 GGGGTA...CAGCTGAATTTTATTCTGTTTCTGAATACGGTTAGAGTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCTACCAAAATCTGGGAGACCAATGCAGTTGGGCATGACACAAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174065 AGCTACCAAAATCTGGGAGACCAATGCAGTTGGGCATGACACAAGGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AATACAG         GAAACTGGCCAAATCGACACTGGTCCTGGTCCTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174115 AATACAGGTA...TAGGAAACTGGCCAAATCGACACTGGTCCTGGTCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTCTTTGGAGTGCATTACATCGTGTTCGTATGCCTGCCTCACTCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182003 GTCTTTGGAGTGCATTACATCGTGTTCGTATGCCTGCCTCACTCCTTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGGCTCGGGTGGGAGATCCGCATGCACTGTGAGCTCTTCTTCAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182053 TGGGCTCGGGTGGGAGATCCGCATGCACTGTGAGCTCTTCTTCAACTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTCAG         GGTTTCTTTGTGTCTATCATCTACTGCTACTGCAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182103 TTCAGGTA...CAGGGTTTCTTTGTGTCTATCATCTACTGCTACTGCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGAGAG         GTTCAGGCAGAGGTGAAGAAGATGTGGAGTCGGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183632 GGAGAGGTA...TAGGTTCAGGCAGAGGTGAAGAAGATGTGGAGTCGGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAATCTCTCCGTGGACTGGAAAAGGACACCGCCATGTGGCAGCCGCAGAT
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186256 GAACCTCTCCGTGGACTGGAAAAGGACACCGCCATGTGGCAGCCGCAGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCGGCTCAGTGCTCACCACCGTGACGCACAGCACCAGCAGCCAGTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186306 GCGGCTCAGTGCTCACCACCGTGACGCACAGCACCAGCAGCCAGTCACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTGGCGGCCAGCACACGCATGGTGCTTATCTCTGGCAAAGCTGCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186356 GTGGCGGCCAGCACACGCATGGTGCTTATCTCTGGCAAAGCTGCCAAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CGCCAGCAGACAGCCTGACAGCCACATCACTTTACCTGGCTATGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186406 CGCCAGCAGACAGCCTGACAGCCACATCACTTTACCTGGCTATGTCTGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTAACTCAGAGCAGGACTGCCTGCCACACTCTTTCCACGAGGAGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186456 GTAACTCAGAGCAGGACTGCCTGCCACACTCTTTCCACGAGGAGACCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAGATAGTGGGAGGCAGGGAGATGATATTCTAATGGAGAAGCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186506 GAAGATAGTGGGAGGCAGGGAGATGATATTCTAATGGAGAAGCCTTCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCCTATGGAATCTAACCCAGACACTGAAGGATGCCAAGGAGAAACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186556 GCCTATGGAATCTAACCCAGACACTGAAGGATGCCAAGGAGAAACTGAGG

   1750     .
   1643 ATGTTCTC
        ||||||||
 186606 ATGTTCTC