seq1 = pF1KB5949.tfa, 1527 bp
seq2 = pF1KB5949/gi568815588f_14738403.tfa (gi568815588f:14738403_14971603), 233201 bp

>pF1KB5949 1527
>gi568815588f:14738403_14971603 (Chr10)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-138  (101503-101583)   100% ->
139-221  (101673-101755)   100% ->
222-270  (110207-110255)   100% ->
271-376  (110388-110493)   100% ->
377-467  (111319-111409)   100% ->
468-572  (112817-112921)   100% ->
573-734  (113968-114129)   100% ->
735-890  (115723-115878)   100% ->
891-993  (117439-117541)   100% ->
994-1206  (128681-128893)   100% ->
1207-1380  (129334-129507)   100% ->
1381-1451  (132195-132265)   100% ->
1452-1527  (133126-133201)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCATCGGAGTTCACCTGGGCTGCACCTCAGCCTGTGTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCATCGGAGTTCACCTGGGCTGCACCTCAGCCTGTGTGGCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATAAG         GATGGCCGGGCTGGTGTGGTTGCAAATGATGCCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTATAAGGTG...TAGGATGGCCGGGCTGGTGTGGTTGCAAATGATGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGACCGAGTTACTCCAGCTGTTGTTGCTTACTCAGAAAATGAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101537 GTGACCGAGTTACTCCAGCTGTTGTTGCTTACTCAGAAAATGAAGAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       ATTGTTGGATTGGCAGCAAAACAAAGTAGAATAAGAAATATTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101587 ...CAGATTGTTGGATTGGCAGCAAAACAAAGTAGAATAAGAAATATTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAATACAGTAATGAAAGTAAAGCAGATCCTGGGCAGAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101717 AAATACAGTAATGAAAGTAAAGCAGATCCTGGGCAGAAGGTA...CAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAGTGATCCACAAGCTCAGAAATACATCGCGGAAAGTAAATGTTTA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110209 CCAGTGATCCACAAGCTCAGAAATACATCGCGGAAAGTAAATGTTTAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       GTCATTGAAAAAAATGGGAAATTACGATATGAAATAGATACTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110259 ...TAGGTCATTGAAAAAAATGGGAAATTACGATATGAAATAGATACTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAAGAAACAAAATTTGTTAACCCAGAAGATGTTGCCAGACTGATATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110432 AGAAGAAACAAAATTTGTTAACCCAGAAGATGTTGCCAGACTGATATTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTAAAATGAAAG         AAACGGCACATTCTGTATTGGGCTCAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110482 GTAAAATGAAAGGTA...CAGAAACGGCACATTCTGTATTGGGCTCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCAAATGATGTAGTTATTACTGTCCCGTTTGATTTTGGAGAAAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111348 GCAAATGATGTAGTTATTACTGTCCCGTTTGATTTTGGAGAAAAGCAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAATGCTCTTGG         AGAAGCAGCTAGAGCTGCTGGATTTAATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111398 AAATGCTCTTGGGTA...CAGAGAAGCAGCTAGAGCTGCTGGATTTAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTTTGCGATTAATTCACGAACCGTCTGCAGCTCTTCTTGCTTATGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112846 TTTTGCGATTAATTCACGAACCGTCTGCAGCTCTTCTTGCTTATGGAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGACAAGACTCCCCTACTGGAAAAAG         CAATATTTTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112896 GGACAAGACTCCCCTACTGGAAAAAGGTA...AAGCAATATTTTGGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TAAGCTTGGAGGAACATCCTTATCTCTCAGCGTCATGGAAGTTAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113983 TAAGCTTGGAGGAACATCCTTATCTCTCAGCGTCATGGAAGTTAACAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GAATATATCGGGTTCTTTCAACAAACACTGATGATAACATCGGTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114033 GAATATATCGGGTTCTTTCAACAAACACTGATGATAACATCGGTGGTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CATTTCACAGAAACCTTAGCACAGTATCTAGCTTCTGAGTTCCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114083 CATTTCACAGAAACCTTAGCACAGTATCTAGCTTCTGAGTTCCAAAGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735       ATCCTTCAAACATGATGTGAGAGGAAATGCGCGAGCCATGATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114133 ...TAGATCCTTCAAACATGATGTGAGAGGAAATGCGCGAGCCATGATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AATTAACGAACAGTGCTGAAGTAGCGAAACATTCTTTGTCAACCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115767 AATTAACGAACAGTGCTGAAGTAGCGAAACATTCTTTGTCAACCTTGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGTGCCAACTGTTTTCTTGACTCATTATATGAAGGTCAAGATTTTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115817 AGTGCCAACTGTTTTCTTGACTCATTATATGAAGGTCAAGATTTTGATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAATGTGTCCAG         AGCAAGATTTGAACTTCTTTGTTCTCCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115867 CAATGTGTCCAGGTA...CAGAGCAAGATTTGAACTTCTTTGTTCTCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTTTTAATAAGTGTATAGAAGCAATCAGAGGACTCTTAGATCAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117468 TTTTTAATAAGTGTATAGAAGCAATCAGAGGACTCTTAGATCAAAATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTTACAGCAGATGATATCAACAAG         GTTGTCCTTTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117518 TTTACAGCAGATGATATCAACAAGGTA...TAGGTTGTCCTTTGTGGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTCTTCTCGAATCCCAAAGCTACAGCAACTGATTAAAGATCTTTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128698 GTCTTCTCGAATCCCAAAGCTACAGCAACTGATTAAAGATCTTTTCCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGTTGAGCTTCTCAATTCTATCCCTCCTGATGAAGTGATCCCTATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128748 CTGTTGAGCTTCTCAATTCTATCCCTCCTGATGAAGTGATCCCTATTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCAGCTATAGAAGCAGGAATTCTTATTGGGAAAGAAAACCTGTTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128798 GCAGCTATAGAAGCAGGAATTCTTATTGGGAAAGAAAACCTGTTGGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGACTCTCTTATGATAGAGTGTTCAGCCAGAGATATTTTAGTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 128848 AGACTCTCTTATGATAGAGTGTTCAGCCAGAGATATTTTAGTTAAGGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207      GGTGTGGACGAATCAGGAGCCAGTAGATTCACAGTGCTGTTTCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128898 ..TAGGGTGTGGACGAATCAGGAGCCAGTAGATTCACAGTGCTGTTTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TCAGGGACTCCTTTGCCAGCTCGAAGACAACACACATTGCAAGCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129379 TCAGGGACTCCTTTGCCAGCTCGAAGACAACACACATTGCAAGCCCCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AAGCATATCTTCAGTGTGCCTTGAACTCTATGAGTCTGATGGGAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129429 AAGCATATCTTCAGTGTGCCTTGAACTCTATGAGTCTGATGGGAAGAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTGCCAAAGAGGAAACCAAGTTTGCACAG         GTTGTACTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129479 CTGCCAAAGAGGAAACCAAGTTTGCACAGGTG...CAGGTTGTACTCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GATTTAGATAAAAAAGAAAATGGATTACGTGATATATTAGCTGTTCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132207 GATTTAGATAAAAAAGAAAATGGATTACGTGATATATTAGCTGTTCTTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TATGAAAAG         GGATGGATCTTTACATGTGACATGCACAGATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 132257 TATGAAAAGGTA...TAGGGATGGATCTTTACATGTGACATGCACAGATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAGAAACTGGAAAATGTGAAGCAATCTCTATTGAGATAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133158 AAGAAACTGGAAAATGTGAAGCAATCTCTATTGAGATAGCATCT