seq1 = pF1KB5946.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KB5946/gi568815597f_199927848.tfa (gi568815597f:199927848_200274207), 346360 bp

>pF1KB5946 1485
>gi568815597f:199927848_200274207 (Chr1)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-183  (115927-116045)   100% ->
184-325  (117596-117737)   100% ->
326-972  (120325-120971)   99% ->
973-1092  (183355-183474)   100% ->
1093-1240  (192961-193108)   100% ->
1241-1485  (246116-246360)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCTAATTCAGATACTGGGGATTTACAAGAGTCTTTAAAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTCTAATTCAGATACTGGGGATTTACAAGAGTCTTTAAAGCACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTTACACCTATTG         TGTCTCAATTTAAAATGGTGAATTACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTTACACCTATTGGTA...CAGTGTCTCAATTTAAAATGGTGAATTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTATGATGAAGATCTGGAAGAGCTTTGTCCCGTGTGTGGAGATAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115954 CCTATGATGAAGATCTGGAAGAGCTTTGTCCCGTGTGTGGAGATAAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGGGTACCATTATGGGCTCCTCACCTGTGAAAGCTGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116004 TCTGGGTACCATTATGGGCTCCTCACCTGTGAAAGCTGCAAGGTT...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GGATTTTTTAAGCGAACAGTCCAAAATAATAAAAGGTACACATGTATAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117595 GGGATTTTTTAAGCGAACAGTCCAAAATAATAAAAGGTACACATGTATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAACCAGAACTGCCAAATTGACAAAACACAGAGAAAGCGTTGTCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117645 AAAACCAGAACTGCCAAATTGACAAAACACAGAGAAAGCGTTGTCCTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTCGTTTTCAAAAATGTCTAAGTGTTGGAATGAAGCTAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117695 TGTCGTTTTCAAAAATGTCTAAGTGTTGGAATGAAGCTAGAAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   CTGTAAGGGCCGACCGAATGCGTGGAGGAAGGAATAAGTTTGGGCCAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120323 AGCTGTAAGGGCCGACCGAATGCGTGGAGGAAGGAATAAGTTTGGGCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTACAAGAGAGACAGGGCCCTGAAGCAACAGAAAAAAGCCCTCATCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120373 TGTACAAGAGAGACAGGGCCCTGAAGCAACAGAAAAAAGCCCTCATCCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAATGGACTTAAGCTAGAAGCCATGTCTCAGGTGATCCAAGCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120423 GCCAATGGACTTAAGCTAGAAGCCATGTCTCAGGTGATCCAAGCTATGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTGACCTGACCATTTCCTCTGCAATTCAAAACATCCACTCTGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120473 CTCTGACCTGACCATTTCCTCTGCAATTCAAAACATCCACTCTGCCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGGCCTACCTCTGAACCATGCTGCCTTGCCTCCTACAGACTATGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120523 AAGGCCTACCTCTGAACCATGCTGCCTTGCCTCCTACAGACTATGACAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTCCCTTTGTAACATCCCCCATTAGCATGACAATGCCCCCTCACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120573 AGTCCCTTTGTAACATCCCCCATTAGCATGACAATGCCCCCTCACGGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGCAAGGTTACCAAACATATGGCCACTTTCCTAGCCGGGCCATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120623 CCTGCAAGGTTACCAAACATATGGCCACTTTCCTAGCCGGGCCATCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGAGTACCCAGACCCCTATACCAGCTCACCCGAGTCCATAATGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120673 CTGAGTACCCAGACCCCTATACCAGCTCACCCGAGTCCATAATGGGCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCATATATGGATAGTTACCAGACGAGCTCTCCAGCAAGCATCCCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120723 TCATATATGGATAGTTACCAGACGAGCTCTCCAGCAAGCATCCCACATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATACTGGAACTTTTGAAGTGTGAGCCAGATGAGCCTCAAGTCCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120773 GATACTGGAACTTTTGAAGTGTGAGCCAGATGAGCCTCAAGTCCAGGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAATCATGGCCTATTTGCAGCAAGAGCAAGCTAACCGAAGCAAGCACGAA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 120823 AAATCATGGCCTATTTGCAGCAAGAGCAGGCTAACCGAAGCAAGCACGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGCTGAGCACCTTTGGGCTTATGTGCAAAATGGCAGATCAAACTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120873 AAGCTGAGCACCTTTGGGCTTATGTGCAAAATGGCAGATCAAACTCTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTCCATTGTCGAGTGGGCCAGGAGTAGTATCTTCTTCAGAGAACTTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120923 CTCCATTGTCGAGTGGGCCAGGAGTAGTATCTTCTTCAGAGAACTTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973         GTTGATGACCAAATGAAGCTGCTTCAGAACTGCTGGAGTGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120973 TA...CAGGTTGATGACCAAATGAAGCTGCTTCAGAACTGCTGGAGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTCTTAATCCTCGACCACATTTACCGACAAGTGGTACATGGAAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183397 CTCTTAATCCTCGACCACATTTACCGACAAGTGGTACATGGAAAGGAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ATCCATCTTCCTGGTTACTGGGCAACAA         GTGGACTATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 183447 ATCCATCTTCCTGGTTACTGGGCAACAAGTG...CAGGTGGACTATTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TAATAGCATCACAAGCCGGAGCCACCCTCAACAACCTCATGAGTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192974 TAATAGCATCACAAGCCGGAGCCACCCTCAACAACCTCATGAGTCATGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CAGGAGTTAGTGGCAAAACTTCGTTCTCTCCAGTTTGATCAACGAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193024 CAGGAGTTAGTGGCAAAACTTCGTTCTCTCCAGTTTGATCAACGAGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CGTATGTCTGAAATTCTTGGTGCTCTTTAGTTTAG         ATGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 193074 CGTATGTCTGAAATTCTTGGTGCTCTTTAGTTTAGGTA...CAGATGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAAACCTTGAAAACTTCCAGCTGGTAGAAGGTGTCCAGGAACAAGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246122 AAAACCTTGAAAACTTCCAGCTGGTAGAAGGTGTCCAGGAACAAGTCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCCGCCCTGCTGGACTACACAATGTGTAACTACCCGCAGCAGACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246172 GCCGCCCTGCTGGACTACACAATGTGTAACTACCCGCAGCAGACAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ATTTGGACAGCTACTTCTTCGACTACCCGAAATCCGGGCCATCAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246222 ATTTGGACAGCTACTTCTTCGACTACCCGAAATCCGGGCCATCAGTATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGGCTGAAGAATACCTCTACTACAAGCACCTGAATGGGGATGTGCCCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 246272 AGGCTGAAGAATACCTCTACTACAAGCACCTGAACGGGGATGTGCCCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1447 AATAACCTTCTCATTGAAATGTTGCATGCCAAAAGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246322 AATAACCTTCTCATTGAAATGTTGCATGCCAAAAGAGCA