seq1 = pF1KB5930.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB5930/gi568815582f_27330072.tfa (gi568815582f:27330072_27549280), 219209 bp

>pF1KB5930 1614
>gi568815582f:27330072_27549280 (Chr16)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-152  (104276-104378)   100% ->
153-352  (107417-107616)   100% ->
353-507  (112891-113045)   100% ->
508-685  (114471-114648)   100% ->
686-785  (115106-115205)   100% ->
786-867  (115936-116017)   100% ->
868-1614  (118463-119209)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGTGGCTGGGCCGCCCCCTTGCTCCTGCTGCTGCTCCAGGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGCCGCGTGGCTGGGCCGCCCCCTTGCTCCTGCTGCTGCTCCAGGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GCTGGGGCTGCCCCGACCTCGTCTGCTACACCGATTACCTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGCTGGGGCTGCCCCGACCTCGTCTGCTACACCGATTACCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGACGGTCATCTGCATCCTGGAAATGTGGAACCTCCACCCCAGCACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104318 AGACGGTCATCTGCATCCTGGAAATGTGGAACCTCCACCCCAGCACGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCTTACCTG         GCAAGACCAGTATGAAGAGCTGAAGGACGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104368 ACCCTTACCTGGTA...AAGGCAAGACCAGTATGAAGAGCTGAAGGACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCACCTCCTGCAGCCTCCACAGGTCGGCCCACAATGCCACGCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107447 GGCCACCTCCTGCAGCCTCCACAGGTCGGCCCACAATGCCACGCATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTACACCTGCCACATGGATGTATTCCACTTCATGGCCGACGACATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107497 CCTACACCTGCCACATGGATGTATTCCACTTCATGGCCGACGACATTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGTCAACATCACAGACCAGTCTGGCAACTACTCCCAGGAGTGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107547 AGTGTCAACATCACAGACCAGTCTGGCAACTACTCCCAGGAGTGTGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTCTCCTGGCTGAGAGCA         TCAAGCCGGCTCCCCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107597 CTTTCTCCTGGCTGAGAGCAGTG...AAGTCAAGCCGGCTCCCCCTTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGTGACTGTGACCTTCTCAGGACAGTATAATATCTCCTGGCGCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112912 ACGTGACTGTGACCTTCTCAGGACAGTATAATATCTCCTGGCGCTCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACGAAGACCCTGCCTTCTACATGCTGAAGGGCAAGCTTCAGTATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112962 TACGAAGACCCTGCCTTCTACATGCTGAAGGGCAAGCTTCAGTATGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGTACAGGAACCGGGGAGACCCCTGGGCTGTG         AGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113012 GCAGTACAGGAACCGGGGAGACCCCTGGGCTGTGGTG...CAGAGTCCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAGAAAGCTGATCTCAGTGGACTCAAGAAGTGTCTCCCTCCTCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114478 GGAGAAAGCTGATCTCAGTGGACTCAAGAAGTGTCTCCCTCCTCCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTTCCGCAAAGACTCGAGCTATGAGCTGCAGGTGCGGGCAGGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114528 GAGTTCCGCAAAGACTCGAGCTATGAGCTGCAGGTGCGGGCAGGGCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCTGGCTCCTCCTACCAGGGGACCTGGAGTGAATGGAGTGACCCGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114578 GCCTGGCTCCTCCTACCAGGGGACCTGGAGTGAATGGAGTGACCCGGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTTTCAGACCCAGTCAGAGG         AGTTAAAGGAAGGCTGGAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114628 TCTTTCAGACCCAGTCAGAGGGTA...CAGAGTTAAAGGAAGGCTGGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCACCTGCTGCTTCTCCTCCTGCTTGTCATAGTCTTCATTCCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115126 CCTCACCTGCTGCTTCTCCTCCTGCTTGTCATAGTCTTCATTCCTGCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGGAGCCTGAAGACCCATCCATTGTGGAG         GCTATGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115176 CTGGAGCCTGAAGACCCATCCATTGTGGAGGTG...CAGGCTATGGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATATGGGCCGTCCCCAGCCCTGAGCGGTTCTTCATGCCCCTGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115947 AGATATGGGCCGTCCCCAGCCCTGAGCGGTTCTTCATGCCCCTGTACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCTGCAGCGGAGACTTCAAG         AAATGGGTGGGTGCACCCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115997 GGCTGCAGCGGAGACTTCAAGGTG...CAGAAATGGGTGGGTGCACCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACTGGCTCCAGCCTGGAGCTGGGACCCTGGAGCCCAGAGGTGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118483 CACTGGCTCCAGCCTGGAGCTGGGACCCTGGAGCCCAGAGGTGCCCTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCTGGAGGTGTACAGCTGCCACCCACCACGGAGCCCGGCCAAGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118533 CCCTGGAGGTGTACAGCTGCCACCCACCACGGAGCCCGGCCAAGAGGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGCTCACGGAGCTACAAGAACCAGCAGAGCTGGTGGAGTCTGACGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118583 CAGCTCACGGAGCTACAAGAACCAGCAGAGCTGGTGGAGTCTGACGGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCCAAGCCCAGCTTCTGGCCGACAGCCCAGAACTCGGGGGGCTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118633 GCCCAAGCCCAGCTTCTGGCCGACAGCCCAGAACTCGGGGGGCTCAGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAGTGAGGAGAGGGATCGGCCATACGGCCTGGTGTCCATTGACACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118683 ACAGTGAGGAGAGGGATCGGCCATACGGCCTGGTGTCCATTGACACAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTGTGCTAGATGCAGAGGGGCCATGCACCTGGCCCTGCAGCTGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118733 ACTGTGCTAGATGCAGAGGGGCCATGCACCTGGCCCTGCAGCTGTGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGACGGCTACCCAGCCCTGGACCTGGATGCTGGCCTGGAGCCCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118783 TGACGGCTACCCAGCCCTGGACCTGGATGCTGGCCTGGAGCCCAGCCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCCTAGAGGACCCACTCTTGGATGCAGGGACCACAGTCCTGTCCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118833 GCCTAGAGGACCCACTCTTGGATGCAGGGACCACAGTCCTGTCCTGTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TGTGTCTCAGCTGGCAGCCCTGGGCTAGGAGGGCCCCTGGGAAGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118883 TGTGTCTCAGCTGGCAGCCCTGGGCTAGGAGGGCCCCTGGGAAGCCTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGACAGACTAAAGCCACCCCTTGCAGATGGGGAGGACTGGGCTGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118933 GGACAGACTAAAGCCACCCCTTGCAGATGGGGAGGACTGGGCTGGGGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGCCCTGGGGTGGCCGGTCACCTGGAGGGGTCTCAGAGAGTGAGGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118983 TGCCCTGGGGTGGCCGGTCACCTGGAGGGGTCTCAGAGAGTGAGGCGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCACCCCTGGCCGGCCTGGATATGGACACGTTTGACAGTGGCTTTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119033 TCACCCCTGGCCGGCCTGGATATGGACACGTTTGACAGTGGCTTTGTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CTCTGACTGCAGCAGCCCTGTGGAGTGTGACTTCACCAGCCCCGGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119083 CTCTGACTGCAGCAGCCCTGTGGAGTGTGACTTCACCAGCCCCGGGGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AAGGACCCCCCCGGAGCTACCTCCGCCAGTGGGTGGTCATTCCTCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119133 AAGGACCCCCCCGGAGCTACCTCCGCCAGTGGGTGGTCATTCCTCCGCCA

   1650     .    :    .    :    .
   1588 CTTTCGAGCCCTGGACCCCAGGCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||
 119183 CTTTCGAGCCCTGGACCCCAGGCCAGC