seq1 = pF1KB5926.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KB5926/gi568815592f_35352546.tfa (gi568815592f:35352546_35566342), 213797 bp

>pF1KB5926 1608
>gi568815592f:35352546_35566342 (Chr6)

1-248  (100001-100248)   100% ->
249-855  (103202-103808)   99% ->
856-900  (105011-105055)   100% ->
901-969  (105371-105439)   100% ->
970-1113  (105752-105895)   100% ->
1114-1237  (106786-106909)   100% ->
1238-1316  (107137-107215)   100% ->
1317-1383  (108007-108073)   100% ->
1384-1509  (110244-110369)   100% ->
1510-1608  (113699-113797)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACACCGGACGCGGGGCTCCCTGGGGCTGAGGGCGTGGAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACACCGGACGCGGGGCTCCCTGGGGCTGAGGGCGTGGAGCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCTGGGCGCAGCTGGAGGCCCCCGCCCGCCTCCTGCTGCAGGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCTGGGCGCAGCTGGAGGCCCCCGCCCGCCTCCTGCTGCAGGCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGGGGCCTGAGGGGGCGCGGCGCGGCCTGGGGGTGCTCCGGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCGGGGCCTGAGGGGGCGCGGCGCGGCCTGGGGGTGCTCCGGGCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGCCGCGGCTGGGAGCCCTTCGACTGGGGTCGCTTGCTCGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGCCGCGGCTGGGAGCCCTTCGACTGGGGTCGCTTGCTCGAGGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGCCGGGAGGAGCCGGTCGTGCAGGGGCCTGACGGCCGTCTGGAGCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100201 GTGCCGGGAGGAGCCGGTCGTGCAGGGGCCTGACGGCCGTCTGGAGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249        GAAACCACTGTTGCTGCGATTGCCCCGGATATGCCAGAGGAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 A...CAGGAAACCACTGTTGCTGCGATTGCCCCGGATATGCCAGAGGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGATGTCCCTGCTGATGGCCGTTCGGCCATCGCTGCCGGAAAGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103245 CTGATGTCCCTGCTGATGGCCGTTCGGCCATCGCTGCCGGAAAGTGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCTCTGTGCTGCAGATTGCCCAGCAGGACCTAGCCCCTGACCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 103295 CCTCTCTGTGCTGCAGATTGCCCAGCAGGACCTAGCCCCTGACCCAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTGGCTCCGTGCCCTGGGGGAATTGCTGCGAAGGGATTTGGGGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103345 CCTGGCTCCGTGCCCTGGGGGAATTGCTGCGAAGGGATTTGGGGGTGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCTCCATGGAGGGAGCTTCTCCACTGTCTGAAAGATGCCAGAGACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103395 ACCTCCATGGAGGGAGCTTCTCCACTGTCTGAAAGATGCCAGAGACAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAAAGTCTATGTAGGGGGCTGGGCCTGGGGGGCAGGAGGTTGAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 CCAAAGTCTATGTAGGGGGCTGGGCCTGGGGGGCAGGAGGTTGAAATCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCAGGCTCCAGACCCTGAAGAAGAGGAGAACAGGGACTCCCAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103495 CCCAGGCTCCAGACCCTGAAGAAGAGGAGAACAGGGACTCCCAGCAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGGAAACGCAGAAAGGACTCAGAGGAAGAGGCTGCCAGTCCTGAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103545 GGGAAACGCAGAAAGGACTCAGAGGAAGAGGCTGCCAGTCCTGAGGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAGGGTCCCCAAAAGATTACGGTGTTGGGAAGAGGAAGAAGATCATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103595 GAGGGTCCCCAAAAGATTACGGTGTTGGGAAGAGGAAGAAGATCATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGAGAGACCCGAACATAAGTCACTGGAATCCCTGGCAGATGGAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103645 AGGAGAGACCCGAACATAAGTCACTGGAATCCCTGGCAGATGGAGGAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCATCTCCTATTAAGGACCAGCCTGTCATGGCAGTTAAGACTGGCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103695 GCATCTCCTATTAAGGACCAGCCTGTCATGGCAGTTAAGACTGGCGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGGTTCGAATCTGGATGATGCTAAAGGTCTGGCTGAGAGTTTGGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103745 CGGTTCGAATCTGGATGATGCTAAAGGTCTGGCTGAGAGTTTGGAGTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCAAAGCTATCCAG         GACCAGCTTCCCAGGCTGCAGCAGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103795 CCAAAGCTATCCAGGTA...CAGGACCAGCTTCCCAGGCTGCAGCAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGAAGACCTTGGAGGAG         GGGTTAGAGGGATTGGAGGATGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105038 CTGAAGACCTTGGAGGAGGTG...CAGGGGTTAGAGGGATTGGAGGATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCCCCCAGTTGAGCTACAGCTTCTTCACGAATGTAGTCCCAGCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105394 CCCCCCAGTTGAGCTACAGCTTCTTCACGAATGTAGTCCCAGCCAGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970      ATGGACTTGCTGTGTGCCCAGCTGCAGCTCCCTCAGCTCTCAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105444 ..CAGATGGACTTGCTGTGTGCCCAGCTGCAGCTCCCTCAGCTCTCAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTCGGTCTCCTGCGGCTCTGCACCTGGCTGCTGGCCCTTTCACCTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105797 CTCGGTCTCCTGCGGCTCTGCACCTGGCTGCTGGCCCTTTCACCTGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAGCCTCAGCAATGCTACTGTGCTGACCAGAAGCCTCTTTCTTGGACGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105847 CAGCCTCAGCAATGCTACTGTGCTGACCAGAAGCCTCTTTCTTGGACGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114         ATCCTCTCCTTGACTTCCTCAGCCTCCCGCCTGCTTACAACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105897 TA...TAGATCCTCTCCTTGACTTCCTCAGCCTCCCGCCTGCTTACAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCCCTGACCTCCTTCTGTGCCAAATATACATACCCTGTCTGCAGCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106828 GCCCTGACCTCCTTCTGTGCCAAATATACATACCCTGTCTGCAGCGCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCTTGACCCTGTGCTCCAGGCCCCAGGCACAG         GTCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106878 CCTTGACCCTGTGCTCCAGGCCCCAGGCACAGGTA...CAGGTCCTGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAACAGAGTTACTGTGTTGCCTTGTGAAGATGGAGTCCCTGGAGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107146 AAACAGAGTTACTGTGTTGCCTTGTGAAGATGGAGTCCCTGGAGCCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCACAGGTTCTAATGCTGGG         ACAGATCTTGGAGCTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107196 GCACAGGTTCTAATGCTGGGGTG...CAGACAGATCTTGGAGCTGCCCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAAGGAGGAAACTTTCTTGGTGTTGCAGTCACTCCTAGAGCGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108028 GAAGGAGGAAACTTTCTTGGTGTTGCAGTCACTCCTAGAGCGGCAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384      GTGGAGATGACCCCTGAGAAGTTCAGTGTCTTAATGGAGAAGCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108078 ..CAGGTGGAGATGACCCCTGAGAAGTTCAGTGTCTTAATGGAGAAGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGTAAAAAGGGGCTGGCAGCCACCACCTCCATGGCCTATGCCAAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110289 TGTAAAAAGGGGCTGGCAGCCACCACCTCCATGGCCTATGCCAAGCTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCTGACAGTGATGACCAAGTATCAGGCTAAC         ATCACTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110339 GCTGACAGTGATGACCAAGTATCAGGCTAACGTG...CAGATCACTGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCAGAGGCTGGGCCTGGCTATGGCCCTAGAACCTAACACCACCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113709 CCCAGAGGCTGGGCCTGGCTATGGCCCTAGAACCTAACACCACCTTCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1570 AGGAAGTCCCTGAAGGCCGCCTTGAAACATTTGGGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113759 AGGAAGTCCCTGAAGGCCGCCTTGAAACATTTGGGCCCC