seq1 = pF1KB5925.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB5925/gi568815591f_128842082.tfa (gi568815591f:128842082_129048815), 206734 bp

>pF1KB5925 1512
>gi568815591f:128842082_129048815 (Chr7)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-385  (103764-103953)   100% ->
386-447  (104420-104481)   100% ->
448-481  (104942-104975)   100% ->
482-539  (105149-105206)   100% ->
540-757  (105237-105454)   99% ->
758-1150  (105648-106040)   100% ->
1151-1269  (106129-106247)   100% ->
1270-1512  (106492-106734)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCAGTCCATCCCAGTGGCTCCCACCCCACCCCGCCGCGTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCAGTCCATCCCAGTGGCTCCCACCCCACCCCGCCGCGTGCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCCCTGGCTGGTGGCCCAGGTGAACAGCTGCCAGTACCCAGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCCCTGGCTGGTGGCCCAGGTGAACAGCTGCCAGTACCCAGGGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGGGTCAACGGGGAAAAGAAATTATTCTGCATCCCCTGGAGGCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATGGGTCAACGGGGAAAAGAAATTATTCTGCATCCCCTGGAGGCATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAAGGCATGGTCCCAGCCAGGACGGAGATAACACCATCTTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 ACAAGGCATGGTCCCAGCCAGGACGGAGATAACACCATCTTCAAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GCCTGGGCCAAGGAGACAGGGAAATACACCGAAGGCGTGGATGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGGCCTGGGCCAAGGAGACAGGGAAATACACCGAAGGCGTGGATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGATCCGGCCAAGTGGAAGGCCAACCTGCGCTGTGCCCTTAACAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103810 CCGATCCGGCCAAGTGGAAGGCCAACCTGCGCTGTGCCCTTAACAAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGGACTTCCGCCTCATCTACGACGGGCCCCGGGACATGCCACCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103860 CGGGACTTCCGCCTCATCTACGACGGGCCCCGGGACATGCCACCTCAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACAAGATCTACGAGGTCTGCTCCAATGGCCCTGCTCCCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103910 CTACAAGATCTACGAGGTCTGCTCCAATGGCCCTGCTCCCACAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386    ACTCCCAGCCCCCTGAGGATTACTCTTTTGGTGCAGGAGAGGAGGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 CAGACTCCCAGCCCCCTGAGGATTACTCTTTTGGTGCAGGAGAGGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGAAGAGGAAGAG         CTGCAGAGGATGTTGCCAAGCCTGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104467 GAAGAAGAGGAAGAGGTG...CAGCTGCAGAGGATGTTGCCAAGCCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCACAG         ATGCAGTGCAGTCTGGCCCCCACATGACACCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104968 CCTCACAGGTG...TAGATGCAGTGCAGTCTGGCCCCCACATGACACCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTCTTTACTCAAAGAGGATGTCAA         GTGGCCGCCCACTCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>| ||||||| ||||||
 105182 ATTCTTTACTCAAAGAGGATGTCAAGTG...TCTGCGGCCGCCTACTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGCCGCCCACTCTGCAGCCGCCCGTGGTGCTGGGTCCCCCTGCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105253 CAGCCGCCCACTCTGCAGCCGCCCGTGGTGCTGGGTCCCCCTGCTCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCCAGCCCCCTGGCTCCTCCCCCTGGCAACCCTGCTGGCTTCAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 CCCCAGCCCCCTGGCTCCTCCCCCTGGCAACCCTGCTGGCTTCAGGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCTCTCTGAGGTCCTGGAGCCTGGGCCCCTGCCTGCCAGCCTGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105353 TTCTCTCTGAGGTCCTGGAGCCTGGGCCCCTGCCTGCCAGCCTGCCCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGGCGAACAGCTCCTGCCAGACCTGCTGATCAGCCCCCACATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105403 GCAGGCGAACAGCTCCTGCCAGACCTGCTGATCAGCCCCCACATGCTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TC         TGACCGACCTGGAGATCAAGTTTCAGTACCGGGGGCGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105453 TCGTA...CAGTGACCGACCTGGAGATCAAGTTTCAGTACCGGGGGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCCCGGGCCCTCACCATCAGCAACCCCCATGGCTGCCGGCTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105687 CACCCCGGGCCCTCACCATCAGCAACCCCCATGGCTGCCGGCTCTTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCCAGCTGGAGGCCACCCAGGAGCAGGTGGAACTCTTCGGCCCCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105737 AGCCAGCTGGAGGCCACCCAGGAGCAGGTGGAACTCTTCGGCCCCATAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGAGCAAGTGCGCTTCCCCAGCCCTGAGGACATCCCCAGTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105787 CCTGGAGCAAGTGCGCTTCCCCAGCCCTGAGGACATCCCCAGTGACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCGCTTCTACACGAACCAGCTGCTGGATGTCCTGGACCGCGGGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105837 AGCGCTTCTACACGAACCAGCTGCTGGATGTCCTGGACCGCGGGCTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCCAGCTACAGGGCCAGGACCTTTATGCCATCCGCCTGTGTCAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105887 CTCCAGCTACAGGGCCAGGACCTTTATGCCATCCGCCTGTGTCAGTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGTGTTCTGGAGCGGGCCTTGTGCCTCAGCCCATGACTCATGCCCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105937 GGTGTTCTGGAGCGGGCCTTGTGCCTCAGCCCATGACTCATGCCCCAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCATCCAGCGGGAGGTCAAGACCAAGCTTTTCAGCCTGGAGCATTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105987 CCATCCAGCGGGAGGTCAAGACCAAGCTTTTCAGCCTGGAGCATTTTCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AATG         AGCTCATCCTGTTCCAAAAGGGCCAGACCAACACCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106037 AATGGTG...CAGAGCTCATCCTGTTCCAAAAGGGCCAGACCAACACCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACCACCCTTCGAGATCTTCTTCTGCTTTGGGGAAGAATGGCCTGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 ACCACCCTTCGAGATCTTCTTCTGCTTTGGGGAAGAATGGCCTGACCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AACCCCGAGAGAAGAAGCTCATTACTGTACAG         GTGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106216 AACCCCGAGAGAAGAAGCTCATTACTGTACAGGTA...CAGGTGGTGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTAGCAGCTCGACTGCTGCTGGAGATGTTCTCAGGGGAGCTATCTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106501 GTAGCAGCTCGACTGCTGCTGGAGATGTTCTCAGGGGAGCTATCTTGGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGCTGATAGTATCCGGCTACAGATCTCAAACCCAGACCTCAAAGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106551 AGCTGATAGTATCCGGCTACAGATCTCAAACCCAGACCTCAAAGACCGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGTGGAGCAATTCAAGGAGCTCCATCACATCTGGCAGTCCCAGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106601 TGGTGGAGCAATTCAAGGAGCTCCATCACATCTGGCAGTCCCAGCAGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TTGCAGCCTGTGGCCCAGGCCCCTCCTGGAGCAGGCCTTGGTGTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106651 TTGCAGCCTGTGGCCCAGGCCCCTCCTGGAGCAGGCCTTGGTGTTGGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :
   1479 GGGGCCCTGGCCTATGCACCCAGCTGGCATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106701 GGGGCCCTGGCCTATGCACCCAGCTGGCATGCAA