seq1 = pF1KB5912.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KB5912/gi568815581r_64649919.tfa (gi568815581r:64649919_64858379), 208461 bp

>pF1KB5912 1587
>gi568815581r:64649919_64858379 (Chr17)

(complement)

1-75  (99777-99851)   92% ->
76-214  (100001-100139)   97% ==
930-1164  (103725-103959)   98% ->
1165-1200  (104212-104247)   94% ==
1220-1347  (104248-104375)   99% ->
1348-1497  (106424-106573)   97% ->
1498-1587  (108372-108461)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACCAACGAGAATGCTAATACACCAGCTGCCCGTCTTCACAGAT 
        ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||-
  99777 ATGTCCACCAATGAGAATGCTAATACACAAGCTGCCCATCTTCACAGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TCAAGAACAAGGGAAAAGACAGTACA         GAAATGAGGCGTCGC
        |-|||||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||| |||||||| |
  99827 T AAGAACAAGGGAAAGGACAGTACAGTG...AAGGAAACGAGGCGTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 AGAATAGAGGTCAATGTGGAGCTGAGGAAAGCTAAGAAGGATGACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AGAATAGAGGTCAATGTGGAGCTGAGGAAAGCTAAGAAGGATGACCAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GCTGAAGAGGAGAAATGTAAGCTCATTTCCAGATGATGCTACTTCTCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100066 GCTGAAGAGGAGAAATGTAAGCTCATTTCCTGATGATGCTACTTCTCCGC

    200     .    :    .    :
    191 TGCAGGAAAACCGCAACAACCAGG
        ||||||||||| ||||||||||||
 100116 TGCAGGAAAACTGCAACAACCAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 GACTCCTGCCCTAAGAGCCATAGGGAATATTGTCACTGGTACAGATGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 103725 GACTCCTGCCCTAAGAGCCATAGGGAATATCGTCACTGGTACAGATGAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980 AGACTCAGGTTGTGATTGATGCAGGAGCACTCGCCGTCTTTCCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103775 AGACTCAGGTTGTGATTGATGCAGGAGCACTCGCCGTCTTTCCCAGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030 CTCACCAACCCCAAAACTAACATTCAGAAGGAAGCTACGTGGACAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103825 CTCACCAACCCCAAAACTAACATTCAGAAGGAAGCTACGTGGACAATGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080 AAACATCACAGCCGGCCGCCAGGACCAGATACAGCAAGTTGTGAATCATG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103875 AAACATCACAGCCAGCCGCCAGGACCAGATACAGCAAGTTGTGAATCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130 GATTAGTCCCATTCCTTGTCAGTGTTCTCTCTAAG         GCAGAT
        |||||||||||||||||||||| | ||||||||||>>>...>>>||||||
 103925 GATTAGTCCCATTCCTTGTCAGCGATCTCTCTAAGGTA...TTGGCAGAT

    250     .    :    .    :    .    :
   1171 TTTAAGACACAAAAGGAAGCTGTGTGGGCC
        ||| ||||||||||||||||||| ||||||
 104218 TTTGAGACACAAAAGGAAGCTGTATGGGCC

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGGAACAGTTGAACAGATTGTGTACCTTGTTCACTGTGGCATAATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104248 GTGGAACAGTTGAACAGATTGTGTACCTTGTTCACTGTGGCATAATAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCGTTGATGAACCTCTTAACTGCAAAAGATACCAAGATTATTCTGGTTAT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 104298 CCGTTGATGAACCTCTTACCTGCAAAAGATACCAAGATTATTCTGGTTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTGGATGCCATTTCAAATATCTTTCAG         GCTGCTGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104348 CCTGGATGCCATTTCAAATATCTTTCAGGTA...TAGGCTGCTGAGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAGGTGAAACTGAGAAACTTAGTATAATGATTGAAGAATGTGGAGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 106437 TAGGTGAAACTGAGAAACTTAGTATAATGATTGAAGAATGTGGAGGCGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GACAAAATTGAAGCTCTACAAAACCATGAAAATGAGTCTGTGTATAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 106487 GACAAAATTGAAGCTCTACAAAACCATGAAAATGAGTCTGTATATAAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTCGTTAAGCTTAATTGAGAAGTATTTCTCTGTAGAG         GAAG
        ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106537 TTCATTAAGCTTAACTGAGAAGTATTTCTCTGTAGAGGTG...CAGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGGAAGATCAAAACGTTGTACCAGAAACTACCTCTGAAGGCTACACTTTC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 108376 AGGAAGATCAAAACGTTGTGCCAGAAACTACCTCTGAAGGCTACACTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .
   1552 CAAGTTCAGGATGGGGCTCCTGGGACCTTTAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108426 CAAGTTCAGGATGGGGCTCCTGGGACCTTTAACTTT