seq1 = pF1KB5908.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB5908/gi568815595f_69639598.tfa (gi568815595f:69639598_70065245), 425648 bp

>pF1KB5908 1560
>gi568815595f:69639598_70065245 (Chr3)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-354  (239537-239786)   100% ->
355-582  (298225-298452)   100% ->
583-666  (299501-299584)   100% ->
667-762  (301639-301734)   100% ->
763-880  (309454-309571)   100% ->
881-937  (312233-312289)   100% ->
938-1013  (316858-316933)   100% ->
1014-1161  (319676-319823)   100% ->
1162-1560  (325250-325648)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTCCGAATCGGGGATCGTGCCGGATTTCGAAGTCGGGGAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGTCCGAATCGGGGATCGTGCCGGATTTCGAAGTCGGGGAGGAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCATGAAGAGCCCAAAACCTATTACGAACTCAAAAGTCAACCGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCATGAAGAGCCCAAAACCTATTACGAACTCAAAAGTCAACCGCTGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAG         CAGTTCCGCCGAGCATCCTGGGGCCTCCAAGCCTCCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGGTG...CAGCAGTTCCGCCGAGCATCCTGGGGCCTCCAAGCCTCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAAGCTCCTCCAGTATGACATCACGCATCTTGCTACGCCAGCAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239574 ATAAGCTCCTCCAGTATGACATCACGCATCTTGCTACGCCAGCAACTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGTGAGCAGATGCAGGAGCAGGAGCGCAGGGAGCAGCAGCAGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239624 GCGTGAGCAGATGCAGGAGCAGGAGCGCAGGGAGCAGCAGCAGAAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCGGCCCAGTTCATGCAACAGAGAGTGCCCGTGAGTCAGACACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239674 AGGCGGCCCAGTTCATGCAACAGAGAGTGCCCGTGAGTCAGACACCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATAAACGTCAGTGTGCCCACCACCCTTCCCTCTGCCACGCAGGTGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239724 ATAAACGTCAGTGTGCCCACCACCCTTCCCTCTGCCACGCAGGTGCCGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAGTCCTTAAG         GTGCAGACCCACCTCGAAAACCCCACCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 239774 GGAAGTCCTTAAGGTA...CAGGTGCAGACCCACCTCGAAAACCCCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTACCACATACAGCAAGCCCAACGGCAGCAGGTAAAGCAGTACCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298253 AGTACCACATACAGCAAGCCCAACGGCAGCAGGTAAAGCAGTACCTTTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCACTTTAGCAAATAAACATGCCAACCAAGTCCTGAGCTTGCCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298303 ACCACTTTAGCAAATAAACATGCCAACCAAGTCCTGAGCTTGCCATGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAACCAGCCTGGCGATCATGTCATGCCACCGGTGCCGGGGAGCAGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298353 AAACCAGCCTGGCGATCATGTCATGCCACCGGTGCCGGGGAGCAGCGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAACAGCCCCATGGCTATGCTTACGCTTAACTCCAACTGTGAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298403 CCAACAGCCCCATGGCTATGCTTACGCTTAACTCCAACTGTGAAAAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583          GGATTTTATAAGTTTGAAGAGCAAAACAGGGCAGAGAGCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298453 GTA...CAGGGATTTTATAAGTTTGAAGAGCAAAACAGGGCAGAGAGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGCCCAGGCATGAACACACATTCACGAGCGTCCTGTATGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 299542 GTGCCCAGGCATGAACACACATTCACGAGCGTCCTGTATGCAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667   ATGGATGATGTAATCGATGACATCATTAGCCTAGAATCAAGTTATAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301637 AGATGGATGATGTAATCGATGACATCATTAGCCTAGAATCAAGTTATAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGAAATCTTGGGCTTGATGGATCCTGCTTTGCAAATGGCAAATACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 301687 GAGGAAATCTTGGGCTTGATGGATCCTGCTTTGCAAATGGCAAATACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763        TTGCCTGTCTCGGGAAACTTGATTGATCTTTATGGAAACCAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301737 A...TAGTTGCCTGTCTCGGGAAACTTGATTGATCTTTATGGAAACCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTCTGCCCCCACCAGGCCTCACCATCAGCAACTCCTGTCCAGCCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309497 GTCTGCCCCCACCAGGCCTCACCATCAGCAACTCCTGTCCAGCCAACCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCCAACATAAAAAGGGAGCTCACAG         AGTCTGAAGCAAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 309547 CCCAACATAAAAAGGGAGCTCACAGGTA...CAGAGTCTGAAGCAAGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACTGGCCAAAGAGAGGCAGAAAAAGGACAATCACAACCTGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 312249 ACTGGCCAAAGAGAGGCAGAAAAAGGACAATCACAACCTGAGTA...AAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAACGAAGAAGAAGATTTAACATAAATGACCGCATTAAAGAACTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316858 TTGAACGAAGAAGAAGATTTAACATAAATGACCGCATTAAAGAACTAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTTTGATTCCCAAGTCAAATGATCC         AGACATGCGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 316908 ACTTTGATTCCCAAGTCAAATGATCCGTG...CAGAGACATGCGCTGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGGGAACCATCTTAAAAGCATCCGTGGACTATATCCGAAAGTTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319691 CAAGGGAACCATCTTAAAAGCATCCGTGGACTATATCCGAAAGTTGCAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAGAACAGCAACGCGCAAAAGAACTTGAAAACCGACAGAAGAAACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319741 GAGAACAGCAACGCGCAAAAGAACTTGAAAACCGACAGAAGAAACTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACGCCAACCGGCATTTGTTGCTCAGAATACAG         GAACTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 319791 CACGCCAACCGGCATTTGTTGCTCAGAATACAGGTA...TAGGAACTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AATGCAGGCTCGAGCTCATGGACTTTCCCTTATTCCATCCACGGGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325258 AATGCAGGCTCGAGCTCATGGACTTTCCCTTATTCCATCCACGGGTCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCTCTCCAGATTTGGTGAATCGGATCATCAAGCAAGAACCCGTTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325308 GCTCTCCAGATTTGGTGAATCGGATCATCAAGCAAGAACCCGTTCTTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AACTGCAGCCAAGACCTCCTTCAGCATCATGCAGACCTAACCTGTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325358 AACTGCAGCCAAGACCTCCTTCAGCATCATGCAGACCTAACCTGTACAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AACTCTCGATCTCACGGATGGCACCATCACCTTCAACAACAACCTCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325408 AACTCTCGATCTCACGGATGGCACCATCACCTTCAACAACAACCTCGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGGACTGAGGCCAACCAAGCCTATAGTGTCCCCACAAAAATGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325458 CTGGGACTGAGGCCAACCAAGCCTATAGTGTCCCCACAAAAATGGGATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AAACTGGAAGACATCCTGATGGACGACACCCTTTCTCCCGTCGGTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325508 AAACTGGAAGACATCCTGATGGACGACACCCTTTCTCCCGTCGGTGTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGATCCACTCCTTTCCTCAGTGTCCCCCGGAGCTTCCAAAACAAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325558 TGATCCACTCCTTTCCTCAGTGTCCCCCGGAGCTTCCAAAACAAGCAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGAGGAGCAGTATGAGCATGGAAGAGACGGAGCACACTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325608 GGAGGAGCAGTATGAGCATGGAAGAGACGGAGCACACTTGT