seq1 = pF1KB5902.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KB5902/gi568815586f_6672853.tfa (gi568815586f:6672853_6878309), 205457 bp

>pF1KB5902 1575
>gi568815586f:6672853_6878309 (Chr12)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-206  (100340-100487)   100% ->
207-511  (100845-101149)   100% ->
512-781  (101743-102012)   100% ->
782-1057  (102421-102696)   100% ->
1058-1300  (104412-104654)   100% ->
1301-1431  (104939-105069)   100% ->
1432-1575  (105392-105535)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGAGGCTCAGTTCCTGGGCTTGCTGTTTCTGCAGCCGCTTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGAGGCTCAGTTCCTGGGCTTGCTGTTTCTGCAGCCGCTTTGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCCAG         TGAAGCCTCTCCAGCCAGGGGCTGAGGTCCCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTCCAGGTA...TAGTGAAGCCTCTCCAGCCAGGGGCTGAGGTCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTGTGGGCCCAGGAGGGGGCTCCTGCCCAGCTCCCCTGCAGCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100373 TGGTGTGGGCCCAGGAGGGGGCTCCTGCCCAGCTCCCCTGCAGCCCCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCCCCTCCAGGATCTCAGCCTTCTGCGAAGAGCAGGGGTCACTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100423 ATCCCCCTCCAGGATCTCAGCCTTCTGCGAAGAGCAGGGGTCACTTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCATCAGCCAGACAG         TGGCCCGCCCGCTGCCGCCCCCGGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100473 GCATCAGCCAGACAGGTA...CAGTGGCCCGCCCGCTGCCGCCCCCGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCCCCTGGCCCCCGGCCCTCACCCGGCGGCGCCCTCCTCCTGGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 ATCCCCTGGCCCCCGGCCCTCACCCGGCGGCGCCCTCCTCCTGGGGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGCCCCGCCGCTACACGGTGCTGAGCGTGGGTCCCGGAGGCCTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100921 AGGCCCCGCCGCTACACGGTGCTGAGCGTGGGTCCCGGAGGCCTGCGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGGAGGCTGCCCCTGCAGCCCCGCGTCCAGCTGGATGAGCGCGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100971 CGGGAGGCTGCCCCTGCAGCCCCGCGTCCAGCTGGATGAGCGCGGCCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCGCGGGGACTTCTCGCTATGGCTGCGCCCAGCCCGGCGCGCGGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 AGCGCGGGGACTTCTCGCTATGGCTGCGCCCAGCCCGGCGCGCGGACGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCGAGTACCGCGCCGCGGTGCACCTCAGGGACCGCGCCCTCTCCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101071 GGCGAGTACCGCGCCGCGGTGCACCTCAGGGACCGCGCCCTCTCCTGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTCCGTCTGCGCCTGGGCCAGGCCTCGA         TGACTGCCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101121 CCTCCGTCTGCGCCTGGGCCAGGCCTCGAGTA...CAGTGACTGCCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCCAGGATCTCTCAGAGCCTCCGACTGGGTCATTTTGAACTGCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101755 CCCCAGGATCTCTCAGAGCCTCCGACTGGGTCATTTTGAACTGCTCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCCGCCCTGACCGCCCAGCCTCTGTGCATTGGTTCCGGAACCGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101805 AGCCGCCCTGACCGCCCAGCCTCTGTGCATTGGTTCCGGAACCGGGGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGGCCGAGTCCCTGTCCGGGAGTCCCCCCATCACCACTTAGCGGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101855 GGGCCGAGTCCCTGTCCGGGAGTCCCCCCATCACCACTTAGCGGAAAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCTCTTCCTGCCCCAAGTCAGCCCCATGGACTCTGGGCCCTGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101905 TCCTCTTCCTGCCCCAAGTCAGCCCCATGGACTCTGGGCCCTGGGGCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCCTCACCTACAGAGATGGCTTCAACGTCTCCATCATGTATAACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101955 ATCCTCACCTACAGAGATGGCTTCAACGTCTCCATCATGTATAACCTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTTCTGG         GTCTGGAGCCCCCAACTCCCTTGACAGTGTACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102005 TGTTCTGGGTA...CAGGTCTGGAGCCCCCAACTCCCTTGACAGTGTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGGAGCAGGTTCCAGGGTGGGGCTGCCCTGCCGCCTGCCTGCTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 CTGGAGCAGGTTCCAGGGTGGGGCTGCCCTGCCGCCTGCCTGCTGGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGACCCGGTCTTTCCTCACTGCCAAGTGGACTCCTCCTGGGGGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102504 GGGACCCGGTCTTTCCTCACTGCCAAGTGGACTCCTCCTGGGGGAGGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGACCTCCTGGTGACTGGAGACAATGGCGACTTTACCCTTCGACTAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102554 TGACCTCCTGGTGACTGGAGACAATGGCGACTTTACCCTTCGACTAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATGTGAGCCAGGCCCAGGCTGGGACCTACACCTGCCATATCCATCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102604 ATGTGAGCCAGGCCCAGGCTGGGACCTACACCTGCCATATCCATCTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAACAGCAGCTCAATGCCACTGTCACATTGGCAATCATCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102654 GAACAGCAGCTCAATGCCACTGTCACATTGGCAATCATCACAGGTC...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1058   TGACTCCCAAATCCTTTGGGTCACCTGGATCCCTGGGGAAGCTGCTTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104410 AGTGACTCCCAAATCCTTTGGGTCACCTGGATCCCTGGGGAAGCTGCTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GTGAGGTGACTCCAGTATCTGGACAAGAACGCTTTGTGTGGAGCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 GTGAGGTGACTCCAGTATCTGGACAAGAACGCTTTGTGTGGAGCTCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GACACCCCATCCCAGAGGAGTTTCTCAGGACCTTGGCTGGAGGCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104510 GACACCCCATCCCAGAGGAGTTTCTCAGGACCTTGGCTGGAGGCACAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGCCCAGCTCCTTTCCCAGCCTTGGCAATGCCAGCTGTACCAGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104560 GGCCCAGCTCCTTTCCCAGCCTTGGCAATGCCAGCTGTACCAGGGGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GGCTTCTTGGAGCAGCAGTGTACTTCACAGAGCTGTCTAGCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104610 GGCTTCTTGGAGCAGCAGTGTACTTCACAGAGCTGTCTAGCCCAGGTC..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301     GTGCCCAACGCTCTGGGAGAGCCCCAGGTGCCCTCCCAGCAGGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104660 .TAGGTGCCCAACGCTCTGGGAGAGCCCCAGGTGCCCTCCCAGCAGGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCTCCTGCTGTTTCTCATCCTTGGTGTCCTTTCTCTGCTCCTTTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104985 CCTCCTGCTGTTTCTCATCCTTGGTGTCCTTTCTCTGCTCCTTTTGGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTGGAGCCTTTGGCTTTCACCTTTGGAGAAGACAG         TGGCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105035 CTGGAGCCTTTGGCTTTCACCTTTGGAGAAGACAGGTG...CAGTGGCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCAAGACGATTTTCTGCCTTAGAGCAAGGGATTCACCCTCCGCAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105398 CCAAGACGATTTTCTGCCTTAGAGCAAGGGATTCACCCTCCGCAGGCTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GAGCAAGATAGAGGAGCTGGAGCAAGAACCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105448 GAGCAAGATAGAGGAGCTGGAGCAAGAACCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1538 AACCGGAGCCCGAGCCCGAGCCCGAGCCGGAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105498 AACCGGAGCCCGAGCCCGAGCCCGAGCCGGAGCAGCTC