seq1 = pF1KB5887.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KB5887/gi568815575f_123785663.tfa (gi568815575f:123785663_124007178), 221516 bp

>pF1KB5887 1491
>gi568815575f:123785663_124007178 (ChrX)

1-877  (100001-100877)   100% ->
878-977  (102957-103056)   100% ->
978-1056  (105576-105654)   100% ->
1057-1099  (107069-107111)   100% ->
1100-1300  (114831-115031)   100% ->
1301-1491  (121326-121516)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTTTAACAGTTTTGAAGGATCTAAAACTTGTGTACCTGCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTTTAACAGTTTTGAAGGATCTAAAACTTGTGTACCTGCAGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATAAGGAAGAAGAATTTGTAGAAGAGTTTAATAGATTAAAAACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATAAGGAAGAAGAATTTGTAGAAGAGTTTAATAGATTAAAAACTTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAATTTTCCAAGTGGTAGTCCTGTTTCAGCATCAACACTGGCACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTAATTTTCCAAGTGGTAGTCCTGTTTCAGCATCAACACTGGCACGAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGTTTCTTTATACTGGTGAAGGAGATACCGTGCGGTGCTTTAGTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGTTTCTTTATACTGGTGAAGGAGATACCGTGCGGTGCTTTAGTTGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCAGCTGTAGATAGATGGCAATATGGAGACTCAGCAGTTGGAAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCAGCTGTAGATAGATGGCAATATGGAGACTCAGCAGTTGGAAGACACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAAAGTATCCCCAAATTGCAGATTTATCAACGGCTTTTATCTTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAAAGTATCCCCAAATTGCAGATTTATCAACGGCTTTTATCTTGAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTGCCACGCAGTCTACAAATTCTGGTATCCAGAATGGTCAGTACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTGCCACGCAGTCTACAAATTCTGGTATCCAGAATGGTCAGTACAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAAAACTATCTGGGAAGCAGAGATCATTTTGCCTTAGACAGGCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAAAACTATCTGGGAAGCAGAGATCATTTTGCCTTAGACAGGCCATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACACATGCAGACTATCTTTTGAGAACTGGGCAGGTTGTAGATATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGACACATGCAGACTATCTTTTGAGAACTGGGCAGGTTGTAGATATATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACACCATATACCCGAGGAACCCTGCCATGTATAGTGAAGAAGCTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACACCATATACCCGAGGAACCCTGCCATGTATAGTGAAGAAGCTAGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAGTCCTTTCAGAACTGGCCAGACTATGCTCACCTAACCCCAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAGTCCTTTCAGAACTGGCCAGACTATGCTCACCTAACCCCAAGAGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAGCAAGTGCTGGACTCTACTACACAGGTATTGGTGACCAAGTGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAGCAAGTGCTGGACTCTACTACACAGGTATTGGTGACCAAGTGCAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTTGTTGTGGTGGAAAACTGAAAAATTGGGAACCTTGTGATCGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTTGTTGTGGTGGAAAACTGAAAAATTGGGAACCTTGTGATCGTGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTCAGAACACAGGCGACACTTTCCTAATTGCTTCTTTGTTTTGGGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTCAGAACACAGGCGACACTTTCCTAATTGCTTCTTTGTTTTGGGCCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCTTAATATTCGAAGTGAATCTGATGCTGTGAGTTCTGATAGGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCTTAATATTCGAAGTGAATCTGATGCTGTGAGTTCTGATAGGAATTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCAAATTCAACAAATCTTCCAAGAAATCCATCCATGGCAGATTATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCAAATTCAACAAATCTTCCAAGAAATCCATCCATGGCAGATTATGAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACGGATCTTTACTTTTGGGACATGGATATACTCAGTTAACAAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACGGATCTTTACTTTTGGGACATGGATATACTCAGTTAACAAGGAGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGCAAGAGCTGGATTTTATGCTTTAG         GTGAAGGTGATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100851 TTGCAAGAGCTGGATTTTATGCTTTAGGTA...TAGGTGAAGGTGATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTAAAGTGCTTTCACTGTGGAGGAGGGCTAACTGATTGGAAGCCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102971 GTAAAGTGCTTTCACTGTGGAGGAGGGCTAACTGATTGGAAGCCCAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGACCCTTGGGAACAACATGCTAAATGGTATCCAGG         GTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103021 AGACCCTTGGGAACAACATGCTAAATGGTATCCAGGGTA...TAGGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AATATCTGTTAGAACAGAAGGGACAAGAATATATAAACAATATTCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105581 AATATCTGTTAGAACAGAAGGGACAAGAATATATAAACAATATTCATTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACTCATTCACTTGAGGAGTGTCTG         GTAAGAACTACTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105631 ACTCATTCACTTGAGGAGTGTCTGGTA...CAGGTAAGAACTACTGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AACACCATCACTAACTAGAAGAATTG         ATGATACCATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107086 AACACCATCACTAACTAGAAGAATTGGTA...CAGATGATACCATCTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAAATCCTATGGTACAAGAAGCTATACGAATGGGGTTCAGTTTCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114846 AAAATCCTATGGTACAAGAAGCTATACGAATGGGGTTCAGTTTCAAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATTAAGAAAATAATGGAGGAAAAAATTCAGATATCTGGGAGCAACTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114896 ATTAAGAAAATAATGGAGGAAAAAATTCAGATATCTGGGAGCAACTATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ATCACTTGAGGTTCTGGTTGCAGATCTAGTGAATGCTCAGAAAGACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114946 ATCACTTGAGGTTCTGGTTGCAGATCTAGTGAATGCTCAGAAAGACAGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGCAAGATGAGTCAAGTCAGACTTCATTACAGAAAG         AGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114996 TGCAAGATGAGTCAAGTCAGACTTCATTACAGAAAGGTA...CAGAGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AGTACTGAAGAGCAGCTAAGGCGCCTGCAAGAGGAGAAGCTTTGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121331 AGTACTGAAGAGCAGCTAAGGCGCCTGCAAGAGGAGAAGCTTTGCAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CTGTATGGATAGAAATATTGCTATCGTTTTTGTTCCTTGTGGACATCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121381 CTGTATGGATAGAAATATTGCTATCGTTTTTGTTCCTTGTGGACATCTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TCACTTGTAAACAATGTGCTGAAGCAGTTGACAAGTGTCCCATGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121431 TCACTTGTAAACAATGTGCTGAAGCAGTTGACAAGTGTCCCATGTGCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1456 ACAGTCATTACTTTCAAGCAAAAAATTTTTATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121481 ACAGTCATTACTTTCAAGCAAAAAATTTTTATGTCT