seq1 = pF1KB5869.tfa, 1389 bp
seq2 = pF1KB5869/gi568815597r_165301266.tfa (gi568815597r:165301266_165544893), 243628 bp

>pF1KB5869 1389
>gi568815597r:165301266_165544893 (Chr1)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-297  (115928-116175)   100% ->
298-442  (124880-125024)   99% ->
443-622  (127674-127853)   99% ->
623-783  (133785-133945)   100% ->
784-913  (134063-134192)   100% ->
914-1046  (135204-135336)   100% ->
1047-1138  (136576-136667)   98% ->
1139-1244  (137977-138082)   100% ->
1245-1389  (143484-143628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGGAAATTATTCTCACTTCATGAAGTTTCCCGCAGGCTATGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTATGGAAATTATTCTCACTTCATGAAGTTTCCCGCAGGCTATGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GCTCCCCTGGCCACACTGGCTCTACATCCATGAGCCCATCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGCTCCCCTGGCCACACTGGCTCTACATCCATGAGCCCATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCCTTGTCCACAGGGAAGCCAATGGACAGCCACCCCAGCTACACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115970 CAGCCTTGTCCACAGGGAAGCCAATGGACAGCCACCCCAGCTACACAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCCAGTGAGTGCCCCACGGACTCTGAGTGCAGTGGGGACCCCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116020 ACCCCAGTGAGTGCCCCACGGACTCTGAGTGCAGTGGGGACCCCCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCTGGGCTCTCCATATCGAGTCATCACCTCTGCCATGGGCCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116070 TGCCCTGGGCTCTCCATATCGAGTCATCACCTCTGCCATGGGCCCACCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGGAGCACTTGCAGCGCCTCCAGGAATCAACTTGGTTGCCCCACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116120 CAGGAGCACTTGCAGCGCCTCCAGGAATCAACTTGGTTGCCCCACCCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTCAG         CTAAATGTGGTCAACAGTGTCAGCAGTTCAGAGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116170 TCTCAGGTA...CAGCTAAATGTGGTCAACAGTGTCAGCAGTTCAGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCAAGCCCTTACCAGGGCTTCCCGGGATTGGAAACATGAACTACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124915 CATCAAGCCCTTACCAGGGCTTCCCGGGATTGGAAACATGAACTACCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACCAGCCCCGGATCTCTGGTTAAACACATCTGTGCTATCTGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 124965 CCACCAGCCCCGGATCTCTGGTTAAACACATCTGTGCCATCTGTGGAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGATCCTCAG         GAAAGCACTACGGGGTATACAGTTGTGAAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125015 AGATCCTCAGGTA...CAGGAAAGCACTACGGGGTATACAGTTGTGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCAAAGGGTTCTTCAAGAGGACGATAAGGAAGGACCTCATCTACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127705 CTGCAAAGGGTTCTTCAAGAGGACGATAAGGAAGGACCTCATCTACACGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGGGATAATAAAGACTGCCTCATTGACAAGCGTCAGCGCAACCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127755 GTCGGGATAATAAAGACTGCCTCATTGACAAGCGTCAGCGCAACCGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTACTGTCGCTATCAGAAGTGCCTTGTCATGGGCATGAAGAGAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||>
 127805 CAGTACTGTCGCTATCAGAAGTGCCTTGTCATGGGCATGAAGAGGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623         CTGTGCAAGAAGAAAGACAGAGGAGCCGAGAGCGAGCTGAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127855 TG...CAGCTGTGCAAGAAGAAAGACAGAGGAGCCGAGAGCGAGCTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGAGGCAGAATGTGCTACCAGTGGTCATGAAGACATGCCTGTGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133827 GTGAGGCAGAATGTGCTACCAGTGGTCATGAAGACATGCCTGTGGAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTCTAGAAGCTGAACTTGCTGTTGAACCAAAGACAGAATCCTATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133877 ATTCTAGAAGCTGAACTTGCTGTTGAACCAAAGACAGAATCCTATGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATGAATATGGAGAACTCG         ACAAATGACCCTGTTACCAACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 133927 CATGAATATGGAGAACTCGGTA...CAGACAAATGACCCTGTTACCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TATGTCATGCTGCTGACAAGCAGCTTTTCACCCTCGTTGAATGGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134085 TATGTCATGCTGCTGACAAGCAGCTTTTCACCCTCGTTGAATGGGCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGTATTCCCCACTTCTCTGACCTCACCTTGGAGGACCAGGTCATTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134135 CGTATTCCCCACTTCTCTGACCTCACCTTGGAGGACCAGGTCATTTTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCGGGCAG         GGTGGAATGAATTGCTGATTGCCTCTTTCTCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134185 TCGGGCAGGTA...CAGGGTGGAATGAATTGCTGATTGCCTCTTTCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCGCTCAGTTTCCGTGCAGGATGGCATCCTTCTGGCCACGGGTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135237 ACCGCTCAGTTTCCGTGCAGGATGGCATCCTTCTGGCCACGGGTTTACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTCCACCGGAGCAGTGCCCACAGTGCTGGGGTCGGCTCCATCTTTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135287 GTCCACCGGAGCAGTGCCCACAGTGCTGGGGTCGGCTCCATCTTTGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047          AGTTCTAACTGAGCTGGTTTCCAAAATGAAAGACATGCAGA
        >>>...>>>||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135337 GTG...CAGAGTCCTAACTGAGCTGGTTTCCAAAATGAAAGACATGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGACAAGTCGGAACTGGGATGCCTGCGAGCCATTGTACTCTTTAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136617 TGGACAAGTCGGAACTGGGATGCCTGCGAGCCATTGTACTCTTTAACCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         ATGCCAAGGGCCTGTCCAACCCCTCTGAGGTGGAGACTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136667 GGTA...TAGATGCCAAGGGCCTGTCCAACCCCTCTGAGGTGGAGACTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCGAGAGAAGGTTTATGCCACCCTTGAGGCCTACACCAAGCAGAAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138017 GCGAGAGAAGGTTTATGCCACCCTTGAGGCCTACACCAAGCAGAAGTATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGGAACAGCCAGGCAG         GTTTGCCAAGCTGCTGCTGCGCCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 138067 CGGAACAGCCAGGCAGGTG...CAGGTTTGCCAAGCTGCTGCTGCGCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCAGCTCTGCGTTCCATTGGCTTGAAATGCCTGGAGCACCTCTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143509 CCAGCTCTGCGTTCCATTGGCTTGAAATGCCTGGAGCACCTCTTCTTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAAGCTCATCGGGGACACCCCCATTGACACCTTCCTCATGGAGATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143559 CAAGCTCATCGGGGACACCCCCATTGACACCTTCCTCATGGAGATGTTGG

   1450     .    :    .    :
   1370 AGACCCCGCTGCAGATCACC
        ||||||||||||||||||||
 143609 AGACCCCGCTGCAGATCACC