seq1 = pF1KB5863.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB5863/gi568815596f_127319943.tfa (gi568815596f:127319943_127528943), 209001 bp

>pF1KB5863 1383
>gi568815596f:127319943_127528943 (Chr2)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-237  (101341-101507)   100% ->
238-262  (102975-102999)   100% ->
263-400  (103092-103229)   100% ->
401-535  (103332-103466)   99% ->
536-678  (106143-106285)   100% ->
679-796  (107163-107280)   100% ->
797-1383  (108415-109001)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCAGCTCACAAGCCTCCTGCTGTTCGTGGCCACCTGGGGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCAGCTCACAAGCCTCCTGCTGTTCGTGGCCACCTGGGGAATTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCACACCAGCTCCTCTTG         ACTCAGTGTTCTCCAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CGGCACACCAGCTCCTCTTGGTA...CAGACTCAGTGTTCTCCAGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCGTGCCCACCAGGTGCTGCGGATCCGCAAACGTGCCAACTCCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101362 AGCGTGCCCACCAGGTGCTGCGGATCCGCAAACGTGCCAACTCCTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAGCTCCGTCACAGCAGCCTGGAGCGGGAGTGCATAGAGGAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 GAGGAGCTCCGTCACAGCAGCCTGGAGCGGGAGTGCATAGAGGAGATCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACTTCGAGGAGGCCAAGGAAATTTTCCAAAATGTGGATGACACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101462 TGACTTCGAGGAGGCCAAGGAAATTTTCCAAAATGTGGATGACACAGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CTGGCCTTCTGGTCCAAGCACGTCG         ACGGTGACCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101512 ..CAGCTGGCCTTCTGGTCCAAGCACGTCGGTG...CAGACGGTGACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGCTTGGTCTTGCCCTTGGAGCACCCGTGCGCCAGCCTGTGCTGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103103 TGCTTGGTCTTGCCCTTGGAGCACCCGTGCGCCAGCCTGTGCTGCGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGCACGTGCATCGACGGCATCGGCAGCTTCAGCTGCGACTGCCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103153 CGGCACGTGCATCGACGGCATCGGCAGCTTCAGCTGCGACTGCCGCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTGGGAGGGCCGCTTCTGCCAGCGCG         AGGTGAGCTTCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103203 GCTGGGAGGGCCGCTTCTGCCAGCGCGGTG...CAGAGGTGAGCTTCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATTGCTCTCTGGACAACGGCGGCTGCACGCATTACTGCCTAGAGGAGGT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103346 AATTGCTCGCTGGACAACGGCGGCTGCACGCATTACTGCCTAGAGGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGCTGGCGGCGCTGTAGCTGTGCGCCTGGCTACAAGCTGGGGGACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103396 GGGCTGGCGGCGCTGTAGCTGTGCGCCTGGCTACAAGCTGGGGGACGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTGCAGTGTCACCCCGCAG         TGAAGTTCCCTTGTGGGAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103446 TCCTGCAGTGTCACCCCGCAGGTG...CAGTGAAGTTCCCTTGTGGGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCTGGAAGCGGATGGAGAAGAAGCGCAGTCACCTGAAACGAGACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106163 CCCTGGAAGCGGATGGAGAAGAAGCGCAGTCACCTGAAACGAGACACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGACCAAGAAGACCAAGTAGATCCGCGGCTCATTGATGGGAAGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106213 AGACCAAGAAGACCAAGTAGATCCGCGGCTCATTGATGGGAAGATGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCGGGGAGACAGCCCCTGGCAG         GTGGTCCTGCTGGACTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106263 GGCGGGGAGACAGCCCCTGGCAGGTG...CAGGTGGTCCTGCTGGACTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGAAGAAGCTGGCCTGCGGGGCAGTGCTCATCCACCCCTCCTGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107181 AAGAAGAAGCTGGCCTGCGGGGCAGTGCTCATCCACCCCTCCTGGGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACAGCGGCCCACTGCATGGATGAGTCCAAGAAGCTCCTTGTCAGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107231 GACAGCGGCCCACTGCATGGATGAGTCCAAGAAGCTCCTTGTCAGGCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797          GAGAGTATGACCTGCGGCGCTGGGAGAAGTGGGAGCTGGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107281 GTA...CAGGAGAGTATGACCTGCGGCGCTGGGAGAAGTGGGAGCTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGACATCAAGGAGGTCTTCGTCCACCCCAACTACAGCAAGAGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108456 CTGGACATCAAGGAGGTCTTCGTCCACCCCAACTACAGCAAGAGCACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGACAATGACATCGCACTGCTGCACCTGGCCCAGCCCGCCACCCTCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108506 CGACAATGACATCGCACTGCTGCACCTGGCCCAGCCCGCCACCCTCTCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGACCATAGTGCCCATCTGCCTCCCGGACAGCGGCCTTGCAGAGCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108556 AGACCATAGTGCCCATCTGCCTCCCGGACAGCGGCCTTGCAGAGCGCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCAATCAGGCCGGCCAGGAGACCCTCGTGACGGGCTGGGGCTACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108606 CTCAATCAGGCCGGCCAGGAGACCCTCGTGACGGGCTGGGGCTACCACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGCCGAGAGAAGGAGGCCAAGAGAAACCGCACCTTCGTCCTCAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108656 CAGCCGAGAGAAGGAGGCCAAGAGAAACCGCACCTTCGTCCTCAACTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCAAGATTCCCGTGGTCCCGCACAATGAGTGCAGCGAGGTCATGAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108706 TCAAGATTCCCGTGGTCCCGCACAATGAGTGCAGCGAGGTCATGAGCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGGTGTCTGAGAACATGCTGTGTGCGGGCATCCTCGGGGACCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108756 ATGGTGTCTGAGAACATGCTGTGTGCGGGCATCCTCGGGGACCGGCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCCTGCGAGGGCGACAGTGGGGGGCCCATGGTCGCCTCCTTCCACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108806 TGCCTGCGAGGGCGACAGTGGGGGGCCCATGGTCGCCTCCTTCCACGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCTGGTTCCTGGTGGGCCTGGTGAGCTGGGGTGAGGGCTGTGGGCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108856 CCTGGTTCCTGGTGGGCCTGGTGAGCTGGGGTGAGGGCTGTGGGCTCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CACAACTACGGCGTTTACACCAAAGTCAGCCGCTACCTCGACTGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108906 CACAACTACGGCGTTTACACCAAAGTCAGCCGCTACCTCGACTGGATCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1338 TGGGCACATCAGAGACAAGGAAGCCCCCCAGAAGAGCTGGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108956 TGGGCACATCAGAGACAAGGAAGCCCCCCAGAAGAGCTGGGCACCT