seq1 = pF1KB5861.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB5861/gi568815579f_48800797.tfa (gi568815579f:48800797_49022421), 221625 bp

>pF1KB5861 1383
>gi568815579f:48800797_49022421 (Chr19)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-243  (103551-103658)   100% ->
244-376  (104957-105089)   100% ->
377-480  (110353-110456)   100% ->
481-666  (112215-112400)   100% ->
667-757  (112678-112768)   100% ->
758-816  (117930-117988)   100% ->
817-909  (118234-118326)   100% ->
910-1002  (118398-118490)   100% ->
1003-1173  (120358-120528)   100% ->
1174-1279  (121031-121136)   100% ->
1280-1383  (121522-121625)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCCCTCTGGGCCCCGAGGAACCCTCCTTCTGTTGCCGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCCCTCTGGGCCCCGAGGAACCCTCCTTCTGTTGCCGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTCCTGCTTCGCGCCGTGCTGGCTGTCCCCCTGGAGCGAGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTCCTGCTTCGCGCCGTGCTGGCTGTCCCCCTGGAGCGAGGGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAACAAGGAGGAGACCCCTGCGACTGAGAGTCCC         GACACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 CCAACAAGGAGGAGACCCCTGCGACTGAGAGTCCCGTG...CAGGACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCTGTACTACCACCGGTACCTCCAGGAGGTCATCGATGTACTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 GGCCTGTACTACCACCGGTACCTCCAGGAGGTCATCGATGTACTGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGGGCATTTCCGAGAGAAGCTGCAGGCTGCCAATGCGGAGGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 GGATGGGCATTTCCGAGAGAAGCTGCAGGCTGCCAATGCGGAGGACATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AG         AGCGGGAAGCTGAGCCGAGAGCTGGACTTTGTCAGCCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103657 AGGTG...CAGAGCGGGAAGCTGAGCCGAGAGCTGGACTTTGTCAGCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACGTCCGCACCAAGCTGGATGAGCTCAAGCGACAGGAGGTGTCACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104996 CACGTCCGCACCAAGCTGGATGAGCTCAAGCGACAGGAGGTGTCACGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGGATGCTGCTCAAGGCCAAGATGGACGCCGAGCAGGATCCCA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105046 GCGGATGCTGCTCAAGGCCAAGATGGACGCCGAGCAGGATCCCAGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    ATGTACAGGTGGATCATCTGAATCTCCTGAAACAGTTTGAACACCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110350 CAGATGTACAGGTGGATCATCTGAATCTCCTGAAACAGTTTGAACACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCCTCAGAACCAGCATACATTCGAGGCCCGCGACCTGGAGCTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110400 GACCCTCAGAACCAGCATACATTCGAGGCCCGCGACCTGGAGCTGCTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGACG         GCCACCCGGGACCTTGCCCAGTACGACGCAGCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110450 CCAGACGGTA...CAGGCCACCCGGGACCTTGCCCAGTACGACGCAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCATGAAGAGTTCAAGCGCTACGAGATGCTTAAGGAACACGAGAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112249 ATCATGAAGAGTTCAAGCGCTACGAGATGCTTAAGGAACACGAGAGACGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTTATCTGGAGTCACTGGGAGAGGAGCAGAGAAAGGAGGCGGAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112299 CGTTATCTGGAGTCACTGGGAGAGGAGCAGAGAAAGGAGGCGGAGAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGGAAGAGCAACAGCGCCGGCACCGCGAGCACCCTAAAGTCAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112349 GCTGGAAGAGCAACAGCGCCGGCACCGCGAGCACCCTAAAGTCAACGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CT         GGCAGCCAAGCCCAGTTGAAGGAGGTGTGGGAGGAGCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112399 CTGTG...CAGGGCAGCCAAGCCCAGTTGAAGGAGGTGTGGGAGGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATGGACTGGACCCCAACAGGTTTAACCCCAAGACCTTCTTCATACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112717 GATGGACTGGACCCCAACAGGTTTAACCCCAAGACCTTCTTCATACTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TG         ATATCAACAGTGATGGTGTCCTGGATGAGCAGGAGCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112767 TGGTA...CAGATATCAACAGTGATGGTGTCCTGGATGAGCAGGAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCACTCTTCACCAAGGAG         CTGGAGAAAGTGTACGACCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 117969 AGGCACTCTTCACCAAGGAGGTG...CAGCTGGAGAAAGTGTACGACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAATGAGGAGGACGACATGCGGGAGATGGAGGAGGAGCGACTGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118255 AAGAATGAGGAGGACGACATGCGGGAGATGGAGGAGGAGCGACTGCGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCGGGAGCATGTGATGAAGAAT         GTGGACACCAACCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118305 GCGGGAGCATGTGATGAAGAATGTG...CAGGTGGACACCAACCAGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCTCGTGACCCTGGAGGAGTTCCTCGCATCCACTCAGAGGAAGGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118417 GCCTCGTGACCCTGGAGGAGTTCCTCGCATCCACTCAGAGGAAGGAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGGACACCGGGGAGGGCTGGGAG         ACAGTGGAGATGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118467 GGGGACACCGGGGAGGGCTGGGAGGTG...CAGACAGTGGAGATGCACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGCCTACACCGAGGAAGAGCTGAGGCGCTTTGAAGAGGAGCTGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120375 TGCCTACACCGAGGAAGAGCTGAGGCGCTTTGAAGAGGAGCTGGCTGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGGAGGCAGAGCTGAATGCCAAGGCCCAGCGCCTCAGCCAGGAGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120425 GGGAGGCAGAGCTGAATGCCAAGGCCCAGCGCCTCAGCCAGGAGACAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTCTAGGGCGGTCCCAGGGCCGCCTGGAGGCCCAGAAGAGAGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120475 GCTCTAGGGCGGTCCCAGGGCCGCCTGGAGGCCCAGAAGAGAGAGCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCAG         GCTGTGCTGCACATGGAGCAGCGGAAGCAGCAGCAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120525 GCAGGTG...CAGGCTGTGCTGCACATGGAGCAGCGGAAGCAGCAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCAGCAGCAAGGCCACAAGGCCCCGGCTGCCCACCCTGAGGGGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121068 AGCAGCAGCAAGGCCACAAGGCCCCGGCTGCCCACCCTGAGGGGCAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGTTCCACCCAGACACAG         ACGATGTACCTGTCCCAGCTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121118 AAGTTCCACCCAGACACAGGTG...CAGACGATGTACCTGTCCCAGCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGCCGGTGACCAGAAGGAGGTGGACACTTCAGAAAAGAAACTTCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121544 AGCCGGTGACCAGAAGGAGGTGGACACTTCAGAAAAGAAACTTCTCGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :
   1352 GGCTCCCTGAGGTTGAGGTGCCCCAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 121594 GGCTCCCTGAGGTTGAGGTGCCCCAGCATCTG