seq1 = pF1KB5855.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KB5855/gi568815596r_218563960.tfa (gi568815596r:218563960_218771970), 208011 bp

>pF1KB5855 1377
>gi568815596r:218563960_218771970 (Chr2)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-116  (103292-103366)   100% ->
117-219  (103630-103732)   100% ->
220-287  (103825-103892)   100% ->
288-357  (103990-104059)   100% ->
358-429  (105741-105812)   100% ->
430-573  (105912-106055)   100% ->
574-666  (106724-106816)   100% ->
667-801  (107098-107232)   100% ->
802-1377  (107436-108011)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGTCTGCGTCTGCAGCTGCAGGGGAGGAGGACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCGGCGTCTGCGTCTGCAGCTGCAGGGGAGGAGGACTGGTA...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTCCTTCCCTCTGAAGTTGAAGTATTGGAGTCCATCTATCTAGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103292 GGTCCTTCCCTCTGAAGTTGAAGTATTGGAGTCCATCTATCTAGATGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACAGGTGATTAAAGGAAATGGCAG         AACTTCACCATGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103342 TACAGGTGATTAAAGGAAATGGCAGGTA...CAGAACTTCACCATGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATCTACATCACTTTGCATCCTGCCACTGCAGAGGACCAGGATTCACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103646 ATCTACATCACTTTGCATCCTGCCACTGCAGAGGACCAGGATTCACAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCTGCTTCACTCTGGTGCTTCAGGTCCCAGCAGAG         TATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103696 TGTCTGCTTCACTCTGGTGCTTCAGGTCCCAGCAGAGGTG...TAGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCCATGAGGTGCCACAGATCTCTATCCGAAATCCCCGAGGACTTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103829 CCCATGAGGTGCCACAGATCTCTATCCGAAATCCCCGAGGACTTTCAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAACAGATCCACAC         GATCTTACAGGTGCTGGGCCACGTGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103879 GAACAGATCCACACGTA...CAGGATCTTACAGGTGCTGGGCCACGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAGGCTGGGCTGGGCACTGCCATGCTGTATGAACTCATTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104017 CAAGGCTGGGCTGGGCACTGCCATGCTGTATGAACTCATTGAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358   AAAGGGAAGGAAATTCTCACAGATAACAACATCCCTCATGGCCAGTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105739 AGAAAGGGAAGGAAATTCTCACAGATAACAACATCCCTCATGGCCAGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTCATCTGCCTCTATGGTTTCCAG         GAGAAGGAGGCCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105789 GTCATCTGCCTCTATGGTTTCCAGGTG...TAGGAGAAGGAGGCCTTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAAAACACCCTGTTACCACTACTTCCACTGCCACTGCCTTGCTCGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105929 CAAAACACCCTGTTACCACTACTTCCACTGCCACTGCCTTGCTCGGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCCAGCACATGGAGCAAGAGCTGAAGGCACAAGGACAGGAGCAGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105979 TCCAGCACATGGAGCAAGAGCTGAAGGCACAAGGACAGGAGCAGGAACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAACGGCAGCATGCTACAACCAAACAG         AAGGCAGTCGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106029 GAACGGCAGCATGCTACAACCAAACAGGTA...TAGAAGGCAGTCGGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCAGTGTCCAGTGTGCAGAGAGCCCCTCGTGTATGATCTTGCCTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106738 GCAGTGTCCAGTGTGCAGAGAGCCCCTCGTGTATGATCTTGCCTCACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGCAGCCCCTGAACCCCAACAGCCCATG         GAGCTGTACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106788 AAGCAGCCCCTGAACCCCAACAGCCCATGGTA...CAGGAGCTGTACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCCAGTGCAGAGAGCTTGCGCCAGCAAGAAGAACGCAAGCGGCTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107110 CCCAGTGCAGAGAGCTTGCGCCAGCAAGAAGAACGCAAGCGGCTCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GAGGCAGCAGGAGCGGGGGGGAATCATTGACCTTGAGGCTGAGCGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107160 GAGGCAGCAGGAGCGGGGGGGAATCATTGACCTTGAGGCTGAGCGAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GATACTTCATCAGCCTTCAGCAG         CCTCCTGCCCCTGCGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107210 GATACTTCATCAGCCTTCAGCAGGTG...TAGCCTCCTGCCCCTGCGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCTGAGTCAGCTGTAGATGTCTCCAAAGGATCCCAACCACCCAGCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 CCTGAGTCAGCTGTAGATGTCTCCAAAGGATCCCAACCACCCAGCACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGCAGCAGAACTATCCACCTCACCAGCCGTCCAATCCACTTTGCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107504 TGCAGCAGAACTATCCACCTCACCAGCCGTCCAATCCACTTTGCCACCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTCTGCCTGTGGCGACCCAGCACATATGTGAGAAGATTCCAGGGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107554 CTCTGCCTGTGGCGACCCAGCACATATGTGAGAAGATTCCAGGGACCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCAAATCAGCAAAGGTTGGGCGAAACCCAGAAAGCTATGCTAGATCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107604 TCAAATCAGCAAAGGTTGGGCGAAACCCAGAAAGCTATGCTAGATCCCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAAGCCCAGTCGAGGTCCCTGGCGACAGCCCGAACGGAGGCACCCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107654 CAAGCCCAGTCGAGGTCCCTGGCGACAGCCCGAACGGAGGCACCCAAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAGGGGAGTGCCACGCCCCTAAAGGTACCCGTGACACCCAGGAACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107704 GAGGGGAGTGCCACGCCCCTAAAGGTACCCGTGACACCCAGGAACTGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCTCCTGAGGGGCCCCTCAAGGAGCCCATGGACCTAAAGCCAGAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 CCTCCTGAGGGGCCCCTCAAGGAGCCCATGGACCTAAAGCCAGAACCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGCCAAGGAGTTGAAGGTCCTCCACAAGAGAAGGGGCCTGGCAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 TAGCCAAGGAGTTGAAGGTCCTCCACAAGAGAAGGGGCCTGGCAGCTGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGGGCCCCCACCCCGCAGGACTCGGGACTGTGTTCGCTGGGAGCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 AGGGGCCCCCACCCCGCAGGACTCGGGACTGTGTTCGCTGGGAGCGCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAGGCCGGACACCCGGTTCTTCCTACCCTCGCCTGCCTCGGGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107904 AAAGGCCGGACACCCGGTTCTTCCTACCCTCGCCTGCCTCGGGGCCAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGCATACCGGCCTGGTACTCGGAGGGAGTCCCTGGGCCTGGAATCTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107954 AGCATACCGGCCTGGTACTCGGAGGGAGTCCCTGGGCCTGGAATCTAAGG

   1450     .
   1370 ATGGTTCC
        ||||||||
 108004 ATGGTTCC