seq1 = pF1KB5837.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KB5837/gi568815595r_48369110.tfa (gi568815595r:48369110_48604094), 234985 bp

>pF1KB5837 720
>gi568815595r:48369110_48604094 (Chr3)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-233  (102802-102958)   100% ->
234-314  (124838-124918)   100% ->
315-430  (134252-134367)   100% ->
431-643  (134522-134734)   100% ->
644-720  (134909-134985)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCGCCGGTCCCCGCGCCGCGGATCCTGTTGCCGTTGCTGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCGCCGGTCCCCGCGCCGCGGATCCTGTTGCCGTTGCTGTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTAACGCCGCCTCCGGGTG         CACGTGGTGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTAACGCCGCCTCCGGGTGGTG...CAGCACGTGGTGAGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTATGGCTTCCCGTGGACTCAGCCTCTTCCCCGAGTCCTGTCCAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102817 GTATGGCTTCCCGTGGACTCAGCCTCTTCCCCGAGTCCTGTCCAGATTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCTGTGGTACCTGTGATGACCAATACTGCTGCTCTGACGTGCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 TGCTGTGGTACCTGTGATGACCAATACTGCTGCTCTGACGTGCTGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTGTGTGGAGCGAGGAAAGGTGTGCTGTGCCTGAGGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102917 ATTTGTGTGGAGCGAGGAAAGGTGTGCTGTGCCTGAGGCCAGGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  CGTGCCTGCCAGTGTAGAGCCGGTGGAGCAGCTGGGCTCGGCGCTGAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124837 GCGTGCCTGCCAGTGTAGAGCCGGTGGAGCAGCTGGGCTCGGCGCTGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCGCCCTGGCTACAACGACCCCATGTCAGG         GTTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 124887 TTTCGCCCTGGCTACAACGACCCCATGTCAGGGTA...CAGGTTCGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACCTTGGCCGTTGGCCTGACCATCTTTGTGCTGTCTGTCGTCACTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134261 GACCTTGGCCGTTGGCCTGACCATCTTTGTGCTGTCTGTCGTCACTATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTGCCTTTACAAGACGTGCCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134311 TCATCTGCTTCACCTGCTCCTGCTGCTGCCTTTACAAGACGTGCCGCCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCACGTC         CGGTTGTCACCACCACCACATCCACCACTGTGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134361 CCACGTCGTA...CAGCGGTTGTCACCACCACCACATCCACCACTGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCATGCCCCTTATCCTCAGCCTCCAAGTGTGCCGCCCAGCTACCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134556 GCATGCCCCTTATCCTCAGCCTCCAAGTGTGCCGCCCAGCTACCCTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAAGCTACCAGGGCTACCACACCATGCCGCCTCAGCCAGGGATGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134606 CAAGCTACCAGGGCTACCACACCATGCCGCCTCAGCCAGGGATGCCAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCACCCTACCCAATGCAGTACCCACCACCTTACCCAGCCCAGCCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134656 GCACCCTACCCAATGCAGTACCCACCACCTTACCCAGCCCAGCCCATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCACCGGCCTACCACGAGACCCTGGCTG         GAGGAGCAGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 134706 CCCACCGGCCTACCACGAGACCCTGGCTGGTG...CAGGAGGAGCAGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCCCTACCCCGCCAGCCAGCCTCCTTACAACCCGGCCTACATGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134921 CGCCCTACCCCGCCAGCCAGCCTCCTTACAACCCGGCCTACATGGATGCC

    750     .    :    .
    706 CCGAAGGCGGCCCTC
        |||||||||||||||
 134971 CCGAAGGCGGCCCTC