seq1 = pF1KB5827.tfa, 2067 bp
seq2 = pF1KB5827/gi568815596f_26933016.tfa (gi568815596f:26933016_27140834), 207819 bp

>pF1KB5827 2067
>gi568815596f:26933016_27140834 (Chr2)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-351  (101052-101251)   100% ->
352-502  (102120-102270)   100% ->
503-637  (102579-102713)   100% ->
638-720  (102955-103037)   100% ->
721-826  (103472-103577)   100% ->
827-908  (103690-103771)   100% ->
909-1010  (104062-104163)   100% ->
1011-1152  (104546-104687)   100% ->
1153-1244  (105131-105222)   100% ->
1245-1293  (105469-105517)   100% ->
1294-1407  (105687-105800)   100% ->
1408-1525  (106032-106149)   100% ->
1526-1622  (106726-106822)   100% ->
1623-1791  (107015-107183)   100% ->
1792-1943  (107330-107481)   100% ->
1944-2067  (107696-107819)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCAAGACGGCGGGCGTGGGGCGGTGGGAGGTAGTGAAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACCAAGACGGCGGGCGTGGGGCGGTGGGAGGTAGTGAAGAAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGCGGCCTGGGGTCGGCGCCGGCGCCGGCGGCCGAGGAGGCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGCGGCCTGGGGTCGGCGCCGGCGCCGGCGGCCGAGGAGGCGGCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCAGGGCGCTCGGGGAAGCAAACGGAGTGTGGAAATACGACCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGCAGGGCGCTCGGGGAAGCAAACGGAGTGTGGAAATACGACCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 C         CTGCAATCCAGACCACAAGCACCCTTTATGAGCGGGGCTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTG...CAGCTGCAATCCAGACCACAAGCACCCTTTATGAGCGGGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGAATATCATGAAGCGGCAGAATAAGGAGCAGGTCCCACCCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101092 TGAGAATATCATGAAGCGGCAGAATAAGGAGCAGGTCCCACCCCCTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAACCTAAGAAACCAGGGAACAAGAAGCAGCCAAAGAAGGTGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101142 TGGAACCTAAGAAACCAGGGAACAAGAAGCAGCCAAAGAAGGTGGCAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTCCCAACCAAAACCAGAAGCAGGGCCGCTTCCGCAGCCTGGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101192 CCTCCCAACCAAAACCAGAAGCAGGGCCGCTTCCGCAGCCTGGAGGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTGAAAGCT         CTGGATGTGGCAGACCTGCAGAAGGAACTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101242 ACTGAAAGCTGTG...CAGCTGGATGTGGCAGACCTGCAGAAGGAACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAGAGCCAGAGTGTGTTCTCTGGAAACCCATCCATATGGTTGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 ACAAGAGCCAGAGTGTGTTCTCTGGAAACCCATCCATATGGTTGAAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGCCAGCTATCTCAACTACAAGCTACAAGCTCCTCTAAGTGAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 CTGGCCAGCTATCTCAACTACAAGCTACAAGCTCCTCTAAGTGAACCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGAGCCAGCATACTCATG         ATTATCCCTACAGCCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102251 GCTGAGCCAGCATACTCATGGTA...TAGATTATCCCTACAGCCTGGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCGGGAGCTACGTGGGATCATCCGAGGGCTGCTGGCGAAGGCAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102600 GCCGGGAGCTACGTGGGATCATCCGAGGGCTGCTGGCGAAGGCAGCAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTCTGGAGCTCTTTTTTGACCACTGTCTGTTCACCATGTTGCAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102650 TCTCTGGAGCTCTTTTTTGACCACTGTCTGTTCACCATGTTGCAAGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATAAGACACCAG         GGGAGTCACTACATGGTTACCGCATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102700 GGATAAGACACCAGGTG...CAGGGGAGTCACTACATGGTTACCGCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTATCCAGGCCATCCTGCAAGACAAGCCCAAGATTGCCACGGCAAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 GTATCCAGGCCATCCTGCAAGACAAGCCCAAGATTGCCACGGCAAACCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCAAG         TTCCTGGAACTGCTGAGGTCCCACCAGAGCCGACC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 GGCAAGGTG...CAGTTCCTGGAACTGCTGAGGTCCCACCAGAGCCGACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCAAAGTGTCTCACCATCATGTGGGCCCTGGGTCAAGCAGGTTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 AGCAAAGTGTCTCACCATCATGTGGGCCCTGGGTCAAGCAGGTTTTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCTCACCGAGGGACTGAAAG         TGTGGCTGGGGATCATGCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103557 ACCTCACCGAGGGACTGAAAGGTA...CAGTGTGGCTGGGGATCATGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGTGCTGGGCATCAAGTCTCTGTCTCCCTTTGCCATCACATACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103710 CCTGTGCTGGGCATCAAGTCTCTGTCTCCCTTTGCCATCACATACCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCGGCTGCTCCT         GATGCATCCCAACCTTACCAAGGGCTTCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103760 TCGGCTGCTCCTGTG...CAGGATGCATCCCAACCTTACCAAGGGCTTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCATGATTGGCCCCAAGGACTTCTTCCCACTTCTGGACTTTGCCTATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104091 GCATGATTGGCCCCAAGGACTTCTTCCCACTTCTGGACTTTGCCTATATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCGAACAACTCCCTGACACCCAG         CCTGCAGGAGCAGCTGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104141 CCGAACAACTCCCTGACACCCAGGTA...CAGCCTGCAGGAGCAGCTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCAGCTCTACCCCCGACTGAAAGTGCTGGCATTTGGAGCAAAGCCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104564 TCAGCTCTACCCCCGACTGAAAGTGCTGGCATTTGGAGCAAAGCCGGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCACCCTGCATACCTACTTCCCTTCTTTCCTGTCCAGAGCCACCCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104614 CCACCCTGCATACCTACTTCCCTTCTTTCCTGTCCAGAGCCACCCCTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGTCCCCCTGAGATGAAGAAAGAG         CTCCTGAGCAGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104664 TGTCCCCCTGAGATGAAGAAAGAGGTG...CAGCTCCTGAGCAGCCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGAGTGCCTGACGGTGGACCCCCTCAGTGCCAGCGTCTGGAGGCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105148 TGAGTGCCTGACGGTGGACCCCCTCAGTGCCAGCGTCTGGAGGCAGCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACCCTAAGCACCTGTCACAGTCCAG         CCTTCTGCTGGAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105198 ACCCTAAGCACCTGTCACAGTCCAGGCA...CAGCCTTCTGCTGGAGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTGCTCAGCTCCTGGGAGCAGATTCCCAAGAAG         GTACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105485 TTGCTCAGCTCCTGGGAGCAGATTCCCAAGAAGGTG...TAGGTACAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTCTTTGCAAGAAACCATTCAGTCCCTCAAGCTTACCAACCAGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105695 GTCTTTGCAAGAAACCATTCAGTCCCTCAAGCTTACCAACCAGGAGCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAGGAAGGGTAGCAGTAACAACCAGGATGTCGTCACCTGTGACATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105745 TGAGGAAGGGTAGCAGTAACAACCAGGATGTCGTCACCTGTGACATGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCAAG         GGCCTGTTGCAGCAGGTTCAGGGTCCTCGGCTGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105795 TGCAAGGTG...CAGGGCCTGTTGCAGCAGGTTCAGGGTCCTCGGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTGGACGCGGCTCCTCCTGTTGCTGCTGGTCTTCGCTGTAGGCTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106067 CTGGACGCGGCTCCTCCTGTTGCTGCTGGTCTTCGCTGTAGGCTTCCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCCATGACCTCCGGTCACACAGCTCCTTCCAGG         CCTCCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106117 GCCATGACCTCCGGTCACACAGCTCCTTCCAGGGTA...TAGCCTCCCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACTGGCCGGTTGCTTCGATCATCTGGCTTCTTACCTGCTAGCCAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106734 ACTGGCCGGTTGCTTCGATCATCTGGCTTCTTACCTGCTAGCCAACAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTGTGCCAAGCTCTACTCCTACAGTCTGCAAGGCTACAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106784 GTGTGCCAAGCTCTACTCCTACAGTCTGCAAGGCTACAGGTG...CAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GGCTGGGGGAGACACTGCCGCTCTGGGGCTCCCACCTGCTCACCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107017 GGCTGGGGGAGACACTGCCGCTCTGGGGCTCCCACCTGCTCACCGTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGGCCCAGCTTGCAGCTGGCCTGGGCTCACACCAATGCCACAGTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107067 CGGCCCAGCTTGCAGCTGGCCTGGGCTCACACCAATGCCACAGTCAGCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCTTTCTGCCCACTGTGCCTCTCACCTTGCGTGGTTTGGTGACAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107117 CCTTTCTGCCCACTGTGCCTCTCACCTTGCGTGGTTTGGTGACAGTCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCAGTCTCTCTCAGAGG         CTACAGATCCAGCTCCCCGATTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107167 CCAGTCTCTCTCAGAGGGTA...CAGCTACAGATCCAGCTCCCCGATTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GTGAATCAGCTACTCCGCTATCTGAGAGAGCTGCCCCTGCTTTTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107354 GTGAATCAGCTACTCCGCTATCTGAGAGAGCTGCCCCTGCTTTTCCACCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GAATGTGCTGCTGCCACTGTGGCACCTCTTGCTTGAGGCCCTGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107404 GAATGTGCTGCTGCCACTGTGGCACCTCTTGCTTGAGGCCCTGGCCTGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CCCAGGAGCACTGCCATGAGGCATGCAG         AGGTGAGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107454 CCCAGGAGCACTGCCATGAGGCATGCAGGTG...CAGAGGTGAGGTGACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 TGGGACTGCATGAAGACACAGCTCAGTGAGGCTGTCCACTGGACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107709 TGGGACTGCATGAAGACACAGCTCAGTGAGGCTGTCCACTGGACCTGGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TTGCCTACAGGACATTACAGTGGCTTTCTTGGACTGGGCACTTGCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107759 TTGCCTACAGGACATTACAGTGGCTTTCTTGGACTGGGCACTTGCCCTGA

   2200     .    :
   2057 TATCCCAGCAG
        |||||||||||
 107809 TATCCCAGCAG