seq1 = pF1KB5803.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KB5803/gi568815591f_112106717.tfa (gi568815591f:112106717_112442726), 336010 bp

>pF1KB5803 1350
>gi568815591f:112106717_112442726 (Chr7)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-293  (180157-180358)   100% ->
294-382  (189153-189241)   100% ->
383-465  (189513-189595)   100% ->
466-557  (211466-211557)   100% ->
558-668  (221001-221111)   100% ->
669-801  (223368-223500)   100% ->
802-869  (229388-229455)   100% ->
870-966  (231014-231110)   100% ->
967-1009  (233127-233169)   100% ->
1010-1184  (234156-234330)   100% ->
1185-1350  (235845-236010)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTTCCAAGACCCAGGGGGCTGTCGCCCGAATGCAGGAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCTTCCAAGACCCAGGGGGCTGTCGCCCGAATGCAGGAAGACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGGGAGCTGCAGCACAGTCGGGGGTGTAGGTTATGGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 TGATGGGAGCTGCAGCACAGTCGGGGGTGTAGGTTATGGGGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGTAAGGATTGTATCCTGGAGCCGCTTTCCCTGCCAGAAAGTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180157 ACAGTAAGGATTGTATCCTGGAGCCGCTTTCCCTGCCAGAAAGTCCAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCACCACCACTTTAGAAGGTTCTCCATCTGTGCCTTGTATTTTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180207 GGCACCACCACTTTAGAAGGTTCTCCATCTGTGCCTTGTATTTTCTGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAACATTTTCCTGTGGCTGAACAAGACAAACTTCTGAAGCACATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180257 AGAACATTTTCCTGTGGCTGAACAAGACAAACTTCTGAAGCACATGATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAGCATAAGATTGTCATAGCTGATGTCAAGTTGGTTGCTGATTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180307 TTGAGCATAAGATTGTCATAGCTGATGTCAAGTTGGTTGCTGATTTCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AG         GTACATTTTATATTGGAGGAAAAGGTTCACTGAACAGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180357 AGGTA...AAGGTACATTTTATATTGGAGGAAAAGGTTCACTGAACAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCACAGATTTTTGTAGTGTAATAAGAATTAATTCCACTGCTCCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189192 CATCACAGATTTTTGTAGTGTAATAAGAATTAATTCCACTGCTCCATTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          AAGAACAAGAGAATTATTTTTTGTTATGTGACGTTTTACCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189242 GTA...CAGAAGAACAAGAGAATTATTTTTTGTTATGTGACGTTTTACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGATAGAATTCTTAGAGAAGAGCTTCAGAAACAGAGACTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 189554 GAAGATAGAATTCTTAGAGAAGAGCTTCAGAAACAGAGACTGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  AGAGAAATTCTGGAACAACAGCAGCAAGAACGAAATGATACCAATTTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211465 GAGAGAAATTCTGGAACAACAGCAGCAAGAACGAAATGATACCAATTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGCGTTTGTATGTTTTGCAATGAAGAATTCCTTGGAAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 211515 ATGGCGTTTGTATGTTTTGCAATGAAGAATTCCTTGGAAACAGGTT...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558   ATCTGTTATTTTGAACCACATGGCCAGAGAACATGCTTTCAACATTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220999 AGATCTGTTATTTTGAACCACATGGCCAGAGAACATGCTTTCAACATTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTGCCAGACAACATTGTAAACTGCAATGAATTTTTGTGTACATTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221049 ATTGCCAGACAACATTGTAAACTGCAATGAATTTTTGTGTACATTACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAAGCTTGACAA         TTTGCAGTGCTTGTACTGTGAGAAGACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 221099 AAAAGCTTGACAAGTA...TAGTTTGCAGTGCTTGTACTGTGAGAAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCAGGGACAAAAATACACTTAAAGATCACATGAGGAAAAAACAGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223396 TTCAGGGACAAAAATACACTTAAAGATCACATGAGGAAAAAACAGCATCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAGATTAATCCTAAGAACAGAGAATATGACAGATTTTATGTCATCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223446 TAAGATTAATCCTAAGAACAGAGAATATGACAGATTTTATGTCATCAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATTTG         GAACTTGGAAAATCGTGGGAAGAAGTTCAGTTGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223496 ATTTGGTA...AAGGAACTTGGAAAATCGTGGGAAGAAGTTCAGTTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGATCGGGAGTTGCTGGACCATCAGGAAGA         TGACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 229424 GATGATCGGGAGTTGCTGGACCATCAGGAAGAGTA...CAGTGACTGGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGATTGGGAAGAACACCCTGCCTCTGCAGTCTGCTTATTTTGTGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231023 TGATTGGGAAGAACACCCTGCCTCTGCAGTCTGCTTATTTTGTGAAAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCAGAAACAATTGAGAAGTTGTATGTCCACATGGAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 231073 AAGCAGAAACAATTGAGAAGTTGTATGTCCACATGGAGGTA...TAGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCACACGAATTTGATCTTCTCAAAATAAAGTCAGAACTTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 233130 GCACACGAATTTGATCTTCTCAAAATAAAGTCAGAACTTGGTA...CAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATTAAATTTCTATCAGCAAGTGAAACTGGTCAATTTTATTCGGAGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234157 ATTAAATTTCTATCAGCAAGTGAAACTGGTCAATTTTATTCGGAGGCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTCACCAATGCAGATGTTATGGCTGCCATGTGAAGTTCAAATCCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234207 TTCACCAATGCAGATGTTATGGCTGCCATGTGAAGTTCAAATCCAAAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACTTAAGAACTCACATGGAAGAAACTAAACACACTTCGCTGCTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234257 GACTTAAGAACTCACATGGAAGAAACTAAACACACTTCGCTGCTCCCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAGAAAGACGTGGGATCAACTGGA         GTATTATTTTCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 234307 TAGAAAGACGTGGGATCAACTGGAGTA...CAGGTATTATTTTCCAACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATGAAAATGACACTCTCCTGTGTACACTATCTGACAGTGAAAGTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235862 ATGAAAATGACACTCTCCTGTGTACACTATCTGACAGTGAAAGTGACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACAGCTCAGGAACAAAATGAAAATGTTCCCATCATCAGTGAAGATACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235912 ACAGCTCAGGAACAAAATGAAAATGTTCCCATCATCAGTGAAGATACATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1302 TAAACTGTATGCTTTGAAACAAAGCAGTATTTTGAACCAGTTGCTACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235962 TAAACTGTATGCTTTGAAACAAAGCAGTATTTTGAACCAGTTGCTACTA