seq1 = pF1KB5784.tfa, 2310 bp
seq2 = pF1KB5784/gi568815593r_39275022.tfa (gi568815593r:39275022_39494320), 219299 bp

>pF1KB5784 2310
>gi568815593r:39275022_39494320 (Chr5)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-231  (100928-101067)   100% ->
232-330  (101858-101956)   100% ->
331-462  (103746-103877)   100% ->
463-543  (104389-104469)   100% ->
544-570  (105198-105224)   100% ->
571-624  (105469-105522)   100% ->
625-687  (105954-106016)   100% ->
688-1341  (111050-111703)   100% ->
1342-1504  (112705-112867)   100% ->
1505-2137  (117039-117671)   100% ->
2138-2247  (118215-118324)   100% ->
2248-2310  (119237-119299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTAACGAAGTAGAAACAAGTGCAACCAATGGTCAGCCCGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTAACGAAGTAGAAACAAGTGCAACCAATGGTCAGCCCGACCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCACCAAAAGCACCCTCAAAGAAGGAAAAAAAGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GGCCGCACCAAAAGCACCCTCAAAGAAGGAAAAAAAGAAAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCTGAAAAGACAGATGAATATCTCTTAGCAAGGTTCAAAGGCGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100928 GCCCTGAAAAGACAGATGAATATCTCTTAGCAAGGTTCAAAGGCGATGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAAAATATAAGGCCAAGCTGATTGGCATTGATGATGTGCCAGATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100978 GTAAAATATAAGGCCAAGCTGATTGGCATTGATGATGTGCCAGATGCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGGATAAAATGAGCCAAGACTCTATGATGAAACTAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101028 AGGGGATAAAATGAGCCAAGACTCTATGATGAAACTAAAGGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAATGGCGGCAGCTGGTCGGTCTCAGGGACAACACAAACAAAGGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101859 GAATGGCGGCAGCTGGTCGGTCTCAGGGACAACACAAACAAAGGATCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCAACATTTCCCTTTCTGGGATAAAAATAATTGATGAGAAAACTGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101909 GTCAACATTTCCCTTTCTGGGATAAAAATAATTGATGAGAAAACTGGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTAATAGAGCATGAACATCCAGTAAATAAGATTTCTTTCATTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101959 A...AAGGTAATAGAGCATGAACATCCAGTAAATAAGATTTCTTTCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCGTGATGTGACAGACAACCGGGCATTTGGTTACGTGTGTGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103789 CCCGTGATGTGACAGACAACCGGGCATTTGGTTACGTGTGTGGAGGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCCAGCATCAGTTTTTTGCCATAAAAACCGGGCAACAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103839 GGCCAGCATCAGTTTTTTGCCATAAAAACCGGGCAACAGGTG...CAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAACCATTAGTTGTTGATCTTAAAGACCTTTTTCAAGTTATCTATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104391 TGAACCATTAGTTGTTGATCTTAAAGACCTTTTTCAAGTTATCTATAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAAAGAAAAAGGAAGAAGAAAAGAAAAAG         ATAGAGGAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104441 TAAAGAAAAAGGAAGAAGAAAAGAAAAAGGCA...TAGATAGAGGAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCAAAGCAGTTGAG         AATGGGAGTGAGGCCCTAATGATTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105210 AGCAAAGCAGTTGAGGTA...CAGAATGGGAGTGAGGCCCTAATGATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGATGACCAAACTAACAAACTGAAATCG         GGTGTTGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105495 AGATGACCAAACTAACAAACTGAAATCGGTA...AAGGGTGTTGACCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGATTTGTTTGGGGACATGTCTACACCTCCTGACCTAAATAGTCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105967 TGGATTTGTTTGGGGACATGTCTACACCTCCTGACCTAAATAGTCCAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688          GAAAGCAAAGATATCCTGTTAGTGGATCTAAACTCTGAAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106017 GTA...TAGGAAAGCAAAGATATCCTGTTAGTGGATCTAAACTCTGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CGACACCAATCAGAATTCTTTAAGAGAAAATCCATTCTTAACAAACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111091 CGACACCAATCAGAATTCTTTAAGAGAAAATCCATTCTTAACAAACGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCACCTCCTGTTCTCTTCCTCGACCAACGCCTCAGGCATCCTTCTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111141 TCACCTCCTGTTCTCTTCCTCGACCAACGCCTCAGGCATCCTTCTTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAAATGCCTTTTCTGCCAATCTCAACTTCTTTCCCACCCCTAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111191 GAAAATGCCTTTTCTGCCAATCTCAACTTCTTTCCCACCCCTAATCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCCTTTCCGTGACGATCCTTTCACACAGCCAGACCAATCGACACCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111241 TCCTTTCCGTGACGATCCTTTCACACAGCCAGACCAATCGACACCTTCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CGTTTGATTCTCTCAAATCTCCAGATCAGAAGAAAGAGAATTCGAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111291 CGTTTGATTCTCTCAAATCTCCAGATCAGAAGAAAGAGAATTCGAGTAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCGTCTACTCCGCTGAGTAATGGGCCCCTGAATGGTGATGTTGACTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111341 TCGTCTACTCCGCTGAGTAATGGGCCCCTGAATGGTGATGTTGACTACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGTCAGCAATTTGACCAGATCTCTAACCGGACTGGCAAACAGGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111391 TGGTCAGCAATTTGACCAGATCTCTAACCGGACTGGCAAACAGGAAGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGCAGGCCCATGGCCCTTTTCAAGTTCGCAAACCCAGCCAGCAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111441 AGGCAGGCCCATGGCCCTTTTCAAGTTCGCAAACCCAGCCAGCAGTGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTCAAAATGGGGTATCTGAAAGAGAACAGAACGGCTTCTCTGTCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111491 ACTCAAAATGGGGTATCTGAAAGAGAACAGAACGGCTTCTCTGTCAAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCCCCGAACCCTTTTGTGGGAAGCCCTCCCAAAGGACTGTCCATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111541 CTCCCCGAACCCTTTTGTGGGAAGCCCTCCCAAAGGACTGTCCATACAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGGCGTAAAGCAGGACTTGGAAAGCTCTGTCCAGTCCTCACCACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111591 ATGGCGTAAAGCAGGACTTGGAAAGCTCTGTCCAGTCCTCACCACATGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCCATAGCCATTATCCCACCTCCACAAAGTACCAAACCAGGAAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111641 TCCATAGCCATTATCCCACCTCCACAAAGTACCAAACCAGGAAGAGGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAGGACTGCTAAG         TCTTCAGCCAATGACTTGCTTGCATCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111691 AAGGACTGCTAAGGTG...CAGTCTTCAGCCAATGACTTGCTTGCATCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACATCTTTGCTCCTCCCGTCTCAGAACCTTCAGGCCAGGCGTCACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112733 ACATCTTTGCTCCTCCCGTCTCAGAACCTTCAGGCCAGGCGTCACCCACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGACAACCTACAGCCCTGCAGCCCAACCCTCTGGATCTCTTCAAAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112783 GGACAACCTACAGCCCTGCAGCCCAACCCTCTGGATCTCTTCAAAACAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGCTCCTGCCCCAGTGGGGCCCCTGGTGGGTCTAG         GTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112833 TGCTCCTGCCCCAGTGGGGCCCCTGGTGGGTCTAGGTA...CAGGTGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TAACTGTCACACTCCCTCAGGCAGGACCATGGAACACAGCATCTTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117045 TAACTGTCACACTCCCTCAGGCAGGACCATGGAACACAGCATCTTTGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTCAATCAGTCCCCTTCAATGGCTCCGGGAGCCATGATGGGTGGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117095 TTCAATCAGTCCCCTTCAATGGCTCCGGGAGCCATGATGGGTGGTCAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TTCAGGTTTTAGTCAGCCCGTCATTTTTGGTACAAGTCCAGCTGTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117145 TTCAGGTTTTAGTCAGCCCGTCATTTTTGGTACAAGTCCAGCTGTTTCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTTGGAACCAGCCTTCACCCTTTGCAGCCTCAACTCCCCCTCCAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117195 GTTGGAACCAGCCTTCACCCTTTGCAGCCTCAACTCCCCCTCCAGTGCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTTGTCTGGGGCCCTTCTGCATCTGTGGCACCCAATGCTTGGTCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117245 GTTGTCTGGGGCCCTTCTGCATCTGTGGCACCCAATGCTTGGTCAACAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AAGCCCTTTGGGGAATCCTTTTCAGAGCAATATTTTTCCAGCTCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117295 AAGCCCTTTGGGGAATCCTTTTCAGAGCAATATTTTTCCAGCTCCTGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGTCCACTCAGCCCCCATCCATGCACTCCTCTCTCCTGGTCACTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117345 TGTCCACTCAGCCCCCATCCATGCACTCCTCTCTCCTGGTCACTCCTCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CAGCCACCTCCCAGAGCTGGCCCTCCCAAGGACATCTCCAGTGATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117395 CAGCCACCTCCCAGAGCTGGCCCTCCCAAGGACATCTCCAGTGATGCCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CACTGCCTTAGACCCACTTGGGGATAAAGAGATCAAGGATGTGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117445 CACTGCCTTAGACCCACTTGGGGATAAAGAGATCAAGGATGTGAAAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TGTTTAAGGATTTCCAACTGCGGCAGCCACCTGCTGTGCCCGCGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117495 TGTTTAAGGATTTCCAACTGCGGCAGCCACCTGCTGTGCCCGCGCGGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GGAGAGCAGACTTCTTCTGGGACTTTGAGTGCCTTTGCCAGTTATTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117545 GGAGAGCAGACTTCTTCTGGGACTTTGAGTGCCTTTGCCAGTTATTTCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CAGCAAGGTTGGCATTCCTCAGGAGAATGCAGACCATGATGACTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117595 CAGCAAGGTTGGCATTCCTCAGGAGAATGCAGACCATGATGACTTTGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 CTAATCAACTATTGAACAAGATCAATG         AACCACCAAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117645 CTAATCAACTATTGAACAAGATCAATGGTA...TAGAACCACCAAAGCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GCTCCCAGACAAGTTTCCCTGCCAGTTACCAAATCTACTGACAATGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118229 GCTCCCAGACAAGTTTCCCTGCCAGTTACCAAATCTACTGACAATGCATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TGAGAACCCTTTCTTTAAAGATTCTTTTGGTTCATCACAAGCCTCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118279 TGAGAACCCTTTCTTTAAAGATTCTTTTGGTTCATCACAAGCCTCTGTA.

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248      GTGGCTTCTTCTCAACCTGTATCTTCTGAGATGTATAGGGATCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118329 ..TAGGTGGCTTCTTCTCAACCTGTATCTTCTGAGATGTATAGGGATCCA

   2400     .    :    .
   2293 TTTGGAAATCCTTTTGCC
        ||||||||||||||||||
 119282 TTTGGAAATCCTTTTGCC