seq1 = pF1KB5766.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KB5766/gi568815596r_86044271.tfa (gi568815596r:86044271_86295382), 251112 bp

>pF1KB5766 2241
>gi568815596r:86044271_86295382 (Chr2)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-119  (114011-114084)   100% ->
120-309  (115761-115950)   100% ->
310-421  (121622-121733)   100% ->
422-526  (124071-124175)   100% ->
527-622  (124539-124634)   100% ->
623-759  (128739-128875)   100% ->
760-863  (133304-133407)   100% ->
864-999  (135712-135847)   100% ->
1000-1129  (136662-136791)   100% ->
1130-1368  (143849-144086)   97% ->
1369-1500  (147550-147681)   100% ->
1501-1630  (149186-149315)   100% ->
1631-2241  (150502-151112)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGGGCCTGTCAGTTATCGGGTGTGACCGCCGCCGCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGCTGCGGGCCTGTCAGTTATCGGGTGTGACCGCCGCCGCCCAGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     AGTTGTCTCTGTGGGAAGTTTGTCCTCCGTCCATTGCGACCATGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGAGTTGTCTCTGTGGGAAGTTTGTCCTCCGTCCATTGCGACCATGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGATACTCTACTTCAGGCAGCTCTGG         GTTGACTACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114057 GCAGATACTCTACTTCAGGCAGCTCTGGGTA...TAGGTTGACTACTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAATTGCTGGAGCTGGCCTTTTGTTTGTTGGTGGAGGTATTGGTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115774 AAAATTGCTGGAGCTGGCCTTTTGTTTGTTGGTGGAGGTATTGGTGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATCCTATATGCCAAATGGGATTCCCATTTCCGGGAAAGTGTAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115824 TATCCTATATGCCAAATGGGATTCCCATTTCCGGGAAAGTGTAGAGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATACCTTACTCAGACAAACTCTTCGAGATGGTTCTTGGTCCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115874 CCATACCTTACTCAGACAAACTCTTCGAGATGGTTCTTGGTCCTGCAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATAATGTTCCATTGCCAAAGAAATCG         ATTCAGTCGGGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115924 TATAATGTTCCATTGCCAAAGAAATCGGTA...AAGATTCAGTCGGGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTAAAAATCTCTAGTGTATCAGAAGTAATGAAAGAATCTAAACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121636 ACTAAAAATCTCTAGTGTATCAGAAGTAATGAAAGAATCTAAACAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTCACAACTCCAAAAACAAAAGGGAGATACTCCAGCTTCAGCAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121686 CCTCACAACTCCAAAAACAAAAGGGAGATACTCCAGCTTCAGCAACAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422        CAGGTGATACCCTGTCGGTCCCAGCCCCTGCAGTTCAGCCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121736 A...CAGCAGGTGATACCCTGTCGGTCCCAGCCCCTGCAGTTCAGCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAATCTTTAAAAACTGATCACCCTGAAATTGGTGAAGGAAAACCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124114 GGAATCTTTAAAAACTGATCACCCTGAAATTGGTGAAGGAAAACCCACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCACTTTCAG         AAGAAGCATCCTCATCTTCTATAAGGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124164 CTGCACTTTCAGGTA...AAGAAGAAGCATCCTCATCTTCTATAAGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGACCACCTGAAGAAGTTGCAGCTCGCCTTGCACAACAGGAAAAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124568 CGACCACCTGAAGAAGTTGCAGCTCGCCTTGCACAACAGGAAAAACAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAAGTTAAAATTGAGT         CTCTAGCCAAGAGCTTAGAAGATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 124618 ACAAGTTAAAATTGAGTGTA...AAGCTCTAGCCAAGAGCTTAGAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTCTGAGGCAAACTGCAAGTGTCACTCTGCAGGCTATTGCAGCTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128763 CTCTGAGGCAAACTGCAAGTGTCACTCTGCAGGCTATTGCAGCTCAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTGCGGTCCAGGCTGTCAATGCACACTCCAACATATTGAAAGCCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128813 GCTGCGGTCCAGGCTGTCAATGCACACTCCAACATATTGAAAGCCGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGACAATTCTGAG         ATTGCAGGCGAGAAGAAATCTGCTCAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128863 GGACAATTCTGAGGTG...TAGATTGCAGGCGAGAAGAAATCTGCTCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGCGCACAGTGGAGGGTGCATTGAAGGAACGCAGAAAGGCAGTAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133332 GGCGCACAGTGGAGGGTGCATTGAAGGAACGCAGAAAGGCAGTAGATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTGCCGATGCCCTTCTCAAAGCCAA         AGAAGAGTTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133382 GCTGCCGATGCCCTTCTCAAAGCCAAGTA...CAGAGAAGAGTTAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATGAAAAGTGTGATTGAAAATGCAAAGAAAAAAGAGGTTGCTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135727 GATGAAAAGTGTGATTGAAAATGCAAAGAAAAAAGAGGTTGCTGGGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCCTCATATAACTGCTGCAGAGGGTAAACTTCACAACATGATAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135777 AGCCTCATATAACTGCTGCAGAGGGTAAACTTCACAACATGATAGTTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGATAATGTGGTCAAAAAG         GTCCAAGCAGCTCAGTCTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135827 CTGGATAATGTGGTCAAAAAGGTA...CAGGTCCAAGCAGCTCAGTCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCTAAGGTTGTATCTCAGTATCATGAGCTGGTGGTCCAAGCTCGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136682 GGCTAAGGTTGTATCTCAGTATCATGAGCTGGTGGTCCAAGCTCGGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACTTTAAACGAGAGCTGGACAGTATTACTCCAGAAGTCCTTCCTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136732 ACTTTAAACGAGAGCTGGACAGTATTACTCCAGAAGTCCTTCCTGGGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAGGAATGA         G TGTTTCAGACTTAGCTGACAAGCTCTCTA
        ||||||||||>>>...>>>|-| ||| -|-||||||||||||||||||||
 136782 AAAGGAATGAGTG...CATGCTCTTTT G CTTAGCTGACAAGCTCTCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 CTGATGATCTGAACTCCCTCATTGCTCATGCACATCGTCGTATTGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143878 CTGATGATCTGAACTCCCTCATTGCTCATGCACATCGTCGTATTGATCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 CTGAACAGAGAGCTGGCAGAACAGAAGGCCACCGAAAAGCAGCACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143928 CTGAACAGAGAGCTGGCAGAACAGAAGGCCACCGAAAAGCAGCACATCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 GTTAGCCTTGGAGAAACAAAAGCTGGAAGAAAAGCGGGCATTTGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143978 GTTAGCCTTGGAGAAACAAAAGCTGGAAGAAAAGCGGGCATTTGACTCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 CAGTAGCAAAAGCATTAGAACATCACAGAAGTGAAATACAGGCTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144028 CAGTAGCAAAAGCATTAGAACATCACAGAAGTGAAATACAGGCTGAACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360 GACAGAAAG         ATAGAAGAAGTCAGAGATGCCATGGAAAATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 144078 GACAGAAAGGTA...CAGATAGAAGAAGTCAGAGATGCCATGGAAAATGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AATGAGAACCCAGCTTCGCCGACAGGCAGCTGCCCACACTGATCACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147582 AATGAGAACCCAGCTTCGCCGACAGGCAGCTGCCCACACTGATCACTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GAGATGTCCTTAGGGTACAAGAACAGGAATTGAAGTCTGAATTTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147632 GAGATGTCCTTAGGGTACAAGAACAGGAATTGAAGTCTGAATTTGAGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501          AACCTGTCTGAGAAACTCTCTGAACAAGAATTACAATTTCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147682 GTG...CAGAACCTGTCTGAGAAACTCTCTGAACAAGAATTACAATTTCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TCGTCTCAGTCAAGAGCAAGTTGACAACTTTACTCTGGATATAAATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149227 TCGTCTCAGTCAAGAGCAAGTTGACAACTTTACTCTGGATATAAATACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CCTATGCCAGACTCAGAGGAATCGAACAGGCTGTTCAGA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 149277 CCTATGCCAGACTCAGAGGAATCGAACAGGCTGTTCAGAGTA...TAGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CATGCAGTTGCTGAAGAGGAAGCCAGAAAAGCCCACCAACTCTGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150504 CATGCAGTTGCTGAAGAGGAAGCCAGAAAAGCCCACCAACTCTGGCTTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AGTGGAGGCATTAAAGTACAGCATGAAGACCTCATCTGCAGAAACACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150554 AGTGGAGGCATTAAAGTACAGCATGAAGACCTCATCTGCAGAAACACCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CTATCCCGCTGGGTAGTGCGGTTGAGGCCATCAAAGCCAACTGTTCTGAT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 150604 CTATCCCGCTGGGTAGTGCAGTTGAGGCCATCAAAGCCAACTGTTCTGAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 AATGAATTCACCCAAGCTTTAACCGCAGCTATCCCTCCAGAGTCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150654 AATGAATTCACCCAAGCTTTAACCGCAGCTATCCCTCCAGAGTCCCTGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 CCGTGGGGTGTACAGTGAAGAGACCCTTAGAGCCCGTTTCTATGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150704 CCGTGGGGTGTACAGTGAAGAGACCCTTAGAGCCCGTTTCTATGCTGTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 AAAAACTGGCCCGAAGGGTAGCAATGATTGATGAAACCAGAAATAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150754 AAAAACTGGCCCGAAGGGTAGCAATGATTGATGAAACCAGAAATAGCTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 TACCAGTACTTCCTCTCCTACCTACAGTCCCTGCTCCTATTCCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150804 TACCAGTACTTCCTCTCCTACCTACAGTCCCTGCTCCTATTCCCACCTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 GCAACTGAAGCCGCCCCCAGAGCTCTGCCCTGAGGATATAAACACATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150854 GCAACTGAAGCCGCCCCCAGAGCTCTGCCCTGAGGATATAAACACATTTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 AATTACTGTCATATGCTTCCTATTGCATTGAGCATGGTGATCTGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150904 AATTACTGTCATATGCTTCCTATTGCATTGAGCATGGTGATCTGGAGCTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 GCAGCAAAGTTTGTCAATCAGCTGAAGGGGGAATCCAGACGAGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150954 GCAGCAAAGTTTGTCAATCAGCTGAAGGGGGAATCCAGACGAGTGGCACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 GGACTGGCTGAAGGAAGCCCGAATGACCCTAGAAACGAAACAGATAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151004 GGACTGGCTGAAGGAAGCCCGAATGACCCTAGAAACGAAACAGATAGTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 AAATCCTGACAGCATATGCCAGCGCCGTAGGAATAGGAACCACTCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151054 AAATCCTGACAGCATATGCCAGCGCCGTAGGAATAGGAACCACTCAGGTG

   2350     .
   2233 CAGCCAGAG
        |||||||||
 151104 CAGCCAGAG