seq1 = pF1KB5762.tfa, 2253 bp
seq2 = pF1KB5762/gi568815591f_150756471.tfa (gi568815591f:150756471_150961206), 204736 bp

>pF1KB5762 2253
>gi568815591f:150756471_150961206 (Chr7)

1-1570  (100001-101570)   99% ->
1571-1856  (102293-102578)   98% ->
1857-1989  (104031-104163)   98% ->
1990-2253  (104473-104736)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCCCTGGGCTGGGCCGTGGCTGCCATCCTGATGCTGCAGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGCCCTGGGCTGGGCCGTGGCTGCCATCCTGATGCTGCAGACGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGCGGAGCCCTCCCCGGGGACTCTGCCCAGGAAGGCAGGGGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGCGGAGCCCTCCCCGGGGACTCTGCCCAGGAAGGCAGGGGTGTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGACCTAAGCAACCAAGAGCTGAAGGCAGTGCACAGCTTCCTCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGACCTAAGCAACCAAGAGCTGAAGGCAGTGCACAGCTTCCTCTGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAGGAGCTGAGGCTGCAGCCCTCCAGTACCACCACCATGGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAGGAGCTGAGGCTGCAGCCCTCCAGTACCACCACCATGGCCAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCGTGTTTCTCATCGAGATGCTGCTGCCCAAGAAGTACCATGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCGTGTTTCTCATCGAGATGCTGCTGCCCAAGAAGTACCATGTGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGTTTCTGGATAAAGGTGAAAGGCATCCTGTGCGGGAAGCCCGTGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGTTTCTGGATAAAGGTGAAAGGCATCCTGTGCGGGAAGCCCGTGCCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTTCTTTGGTGACCAGGAGCATCCCAATGTCACCGAGTTTGCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTTCTTTGGTGACCAGGAGCATCCCAATGTCACCGAGTTTGCTGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCCTGCCAGGGCCCTGCTACATGCGAGCACTGTCCCCCAGGCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCCTGCCAGGGCCCTGCTACATGCGAGCACTGTCCCCCAGGCCTGGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCAGTCCTCCTGGGCATCGAGGCCCATCTCCACAGCAGAGTATGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCAGTCCTCCTGGGCATCGAGGCCCATCTCCACAGCAGAGTATGCCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTACCACACCCTGCAGGAAGCCACCAAGCCCCTGCATCAGTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTACCACACCCTGCAGGAAGCCACCAAGCCCCTGCATCAGTTCTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAATACCACAGGCTTCTCATTCCAAGACTGCCATGACAGATGCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAATACCACAGGCTTCTCATTCCAAGACTGCCATGACAGATGCCTGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCACCGATGTGGCCCCCCGGGGTGTGGCTTCTGGCCAGCGCCGCAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCACCGATGTGGCCCCCCGGGGTGTGGCTTCTGGCCAGCGCCGCAGTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTATCATACAGCGCTATGTAGAAGGCTACTTTCTGCACCCCACTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTATCATACAGCGCTATGTAGAAGGCTACTTTCTGCACCCCACTGGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAGCTCCTCGTGGATCATGGGAGCACAGATGCTGGGCACTGGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGAGCTCCTCGTGGATCATGGGAGCACAGATGCTGGGCACTGGGCCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCAGGTGTGGTACAACGGGAAGTTCTATGGGAGCCCAGAGGAACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCAGGTGTGGTACAACGGGAAGTTCTATGGGAGCCCAGAGGAACTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGAAGTATGCAGATGGAGAGGTGGACGTGGTGGTCCTGGAGGACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGAAGTATGCAGATGGAGAGGTGGACGTGGTGGTCCTGGAGGACCCGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCTGGGGGCAAGGGGCATGACAGCACAGAGGAGCCGCCCCTCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCCTGGGGGCAAGGGGCATGACAGCACAGAGGAGCCGCCCCTCTTCTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCACAAGCCCCGCGGGGACTTCCCCAGCCCCATCCATGTGAGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCACAAGCCCCGCGGGGACTTCCCCAGCCCCATCCATGTGAGCGGCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGCTTGGTCCAGCCCCACGGCCCTCGCTTCAGGCTGGAGGGCAACGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGCTTGGTCCAGCCCCACGGCCCTCGCTTCAGGCTGGAGGGCAACGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTCTACGGCGGCTGGAGCTTTGCCTTCCGGCTGCGCTCCTCCTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCTCTACGGCGGCTGGAGCTTTGCCTTCCGGCTGCGCTCCTCCTCCGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCAGGTCCTGAACGTGCACTTCGGCGGAGAGCGCATTGCCTATGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCAGGTCCTGAACGTGCACTTCGGCGGAGAGCGCATTGCCTATGAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCGTGCAAGAGGCAGTGGCGCTGTATGGAGGACACACACCTGCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCGTGCAAGAGGCAGTGGCGCTGTATGGAGGACACACACCTGCAGGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCAGACCAAGTACCTCGATGTCGGCTGGGGCCTGGGCAGCGTCACTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCAGACCAAGTACCTCGATGTCGGCTGGGGCCTGGGCAGCGTCACTCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGTTAGCCCCCGGCATCGACTGCCCGGAGACCGCCACCTTCCTGGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGTTAGCCCCCGGCATCGACTGCCCGGAGACCGCCACCTTCCTGGACACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTCCACTACTATGATGCCGATGACCCGGTCCATTATCCCCGAGCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTCCACTACTATGATGCCGATGACCCGGTCCATTATCCCCGAGCCCTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCTCTTTGAAATGCCCACAGGGGTGCCCCTTCGGCGGCACTTTAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCTCTTTGAAATGCCCACAGGGGTGCCCCTTCGGCGGCACTTTAATTCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACTTTAAAGGTGGCTTCAACTTCTATGCAGGGCTGAAGGGCCAGGTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 101301 ACTTTAAAGGTGGCTTCAACTTCTATGCGGGGCTGAAGGGCCAGGTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GTGCTGCGGACAACTTCAACTGTCTACAATTATGATTACATTTGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTGCTGCGGACAACTTCAACTGTCTACAATTATGATTACATTTGGGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TATCTTCTACCCCAACGGGGTGATGGAGGCCAAGATGCATGCCACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TATCTTCTACCCCAACGGGGTGATGGAGGCCAAGATGCATGCCACTGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACGTCCACGCCACCTTCTACACCCCCGAGGGGCTGCGCCACGGCACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACGTCCACGCCACCTTCTACACCCCCGAGGGGCTGCGCCACGGCACTCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CTGCACACCCACCTGATTGGCAACATACACACTCACTTGGTGCACTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 CTGCACACCCACCTGATTGGCAACATACACACTCACTTGGTGCACTACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CGTAGACCTGGATGTGGCAG         GCACCAAGAACAGCTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101551 CGTAGACCTGGATGTGGCAGGTA...CAGGCACCAAGAACAGCTTCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CACTGCAGATGAAGCTAGAAAACATCACCAACCCCTGGAGCCCGAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 102314 CACTGCAGATGAAGCTAGAAAACATCACCAACCCCTGGAGCCCAAGACAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CGCGTGGTCCAGCCAACTCTGGAGCAGACGCAGTACTCCTGGGAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102364 CGCGTGGTCCAGCCAACTCTGGAGCAGACGCAGTACTCCTGGGAGCGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GGCGGCCTTCCGCTTCAAAAGGAAGCTGCCCAAGTACCTGCTCTTTACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 102414 GGCGGCCTTCCGCTTCAAAAGGAAGCTGCCTAAGTACCTGCTCTTTACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GCCCCCAGGAGAACCCCTGGGGCCACAAGCGCA GCTACCGCCTGCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||-|-||||||||||||||
 102464 GCCCCCAGGAGAACCCCTGGGGCCACAAGCGCACG TACCGCCTGCAGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1791 CCACTCCATGGCCGACCAGGTGCTGCCCCCAGGCTGGCAGGAGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 CCACTCCATGGCCGACCAGGTGCTGCCCCCAGGCTGGCAGGAGGAGCAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1841 CCATCACCTGGGCAAG         GTACCCCCTGGCAGTGACCAAGTAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102563 CCATCACCTGGGCAAGGTG...CAGGTACCCCCTGGCAGTGACCAAGTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1882 CGGGAGTCAGAGCTGTGCAGCAGCAGCATCTACCACCAGAACGACCCCTG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104056 CGGGAGTCGGAGCTGTGCAGCAGCAGCATCTACCACCAGAACGACCCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1932 GGACCCGCCCGTGGTCTTTGAGCAGTTTCTTCACAACAACGAGAACATTG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104106 GCACCCGCCCGTGGTCTTTGAGCAGTTTCTTCACAACAACGAGAACATTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1982 AAAATGAG         GACCTGGTGGCCTGGGTGACGGTGGGCTTCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 AAAATGAGGTA...CAGGACCTGGTGGCCTGGGTGACGGTGGGCTTCCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2023 CACATCCCCCACTCAGAGGACATTCCCAACACAGCCACACCTGGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104506 CACATCCCCCACTCAGAGGACATTCCCAACACAGCCACACCTGGGAACTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2073 CGTGGGCTTCCTGCTCCGGCCATTCAACTTCTTCCCAGAGGACCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104556 CGTGGGCTTCCTGCTCCGGCCATTCAACTTCTTCCCAGAGGACCCCTCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2123 TGGCATCCAGAGACACTGTGATCGTGTGGCCTCGGGACAACGGCCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104606 TGGCATCCAGAGACACTGTGATCGTGTGGCCTCGGGACAACGGCCCCAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2173 TACGTCCAGCGCTGGATCCCTGAGGACAGGGACTGCTCGATGCCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104656 TACGTCCAGCGCTGGATCCCTGAGGACAGGGACTGCTCGATGCCTCCCCC

   2250     .    :    .    :    .    :
   2223 TTTTAGCTACAATGGGACCTATAGACCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 104706 TTTTAGCTACAATGGGACCTATAGACCTGTG