seq1 = pF1KB5754.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KB5754/gi568815597f_186770435.tfa (gi568815597f:186770435_187088505), 318071 bp

>pF1KB5754 2247
>gi568815597f:186770435_187088505 (Chr1)

1-33  (83921-83953)   100% ->
34-115  (100001-100082)   100% ->
116-264  (122577-122725)   99% ->
265-378  (123664-123777)   100% ->
379-416  (136531-136568)   100% ->
417-558  (140814-140955)   100% ->
559-695  (162329-162465)   100% ->
696-918  (168574-168796)   100% ->
919-1033  (169546-169660)   100% ->
1034-1171  (176203-176340)   100% ->
1172-1264  (176435-176527)   100% ->
1265-1336  (180223-180294)   100% ->
1337-1579  (185668-185910)   100% ->
1580-1764  (194975-195159)   100% ->
1765-1960  (207159-207354)   99% ->
1961-2118  (208881-209038)   99% ->
2119-2247  (217943-218071)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATTTATAGATCCTTACCAGCACATTATA         GTGGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  83921 ATGTCATTTATAGATCCTTACCAGCACATTATAGTA...CAGGTGGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGTATTCCCACAAGTTTACGGTAGTGGTGTTACGTGCCACCAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 CCAGTATTCCCACAAGTTTACGGTAGTGGTGTTACGTGCCACCAAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAAGGGGGCCTTTGGTGACATGC         TTGATACTCCAGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100059 CAAAGGGGGCCTTTGGTGACATGCGTA...TAGTTGATACTCCAGATCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TATGTGGAACTTTTTATCTCTACAACCCCTGACAGCAGGAAGAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122594 TATGTGGAACTTTTTATCTCTACAACCCCTGACAGCAGGAAGAGAACAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACATTTTAATAATGACATAAACCCTGTGTGGAATGAGACCTTTGAATTTA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122644 ACATTTCAATAATGACATAAACCCTGTGTGGAATGAGACCTTTGAATTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTTGGATCCTAATCAGGAAAATGTTTTGGAG         ATTACGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122694 TTTTGGATCCTAATCAGGAAAATGTTTTGGAGGTA...TAGATTACGTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGGATGCCAATTATGTCATGGATGAAACTCTAGGGACAGCAACATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123673 ATGGATGCCAATTATGTCATGGATGAAACTCTAGGGACAGCAACATTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTATCTTCTATGAAGGTGGGAGAAAAGAAAGAAGTTCCTTTTATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123723 TGTATCTTCTATGAAGGTGGGAGAAAAGAAAGAAGTTCCTTTTATTTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCAA         GTCACTGAAATGGTTCTAGAAATGTCTCTTGAAGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123773 ACCAAGTA...TAGGTCACTGAAATGGTTCTAGAAATGTCTCTTGAAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TG         CTCATGCCCAGACCTACGATTTAGTATGGCTCTGTGTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136567 TGGTA...CAGCTCATGCCCAGACCTACGATTTAGTATGGCTCTGTGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCAGGAGAAGACTTTCAGACAACAGAGAAAAGAACACATAAGGGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140853 TCAGGAGAAGACTTTCAGACAACAGAGAAAAGAACACATAAGGGAGAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAGAAACTCTTGGGTCCAAAGAATAGTGAAGGATTGCATTCTGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140903 TGAAGAAACTCTTGGGTCCAAAGAATAGTGAAGGATTGCATTCTGCACGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAT         GTGCCTGTGGTAGCCATATTGGGTTCAGGTGGGGGTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140953 GATGTG...CAGGTGCCTGTGGTAGCCATATTGGGTTCAGGTGGGGGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCGAGCCATGGTGGGATTCTCTGGTGTGATGAAGGCATTATACGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162367 CCGAGCCATGGTGGGATTCTCTGGTGTGATGAAGGCATTATACGAATCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAATTCTGGATTGTGCTACCTACGTTGCTGGTCTTTCTGGCTCCACCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 162417 GAATTCTGGATTGTGCTACCTACGTTGCTGGTCTTTCTGGCTCCACCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696         GTATATGTCAACCTTGTATTCTCACCCTGATTTTCCAGAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162467 TT...TAGGTATATGTCAACCTTGTATTCTCACCCTGATTTTCCAGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGGGCCAGAGGAGATTAATGAAGAACTAATGAAAAATGTTAGCCACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168616 AGGGCCAGAGGAGATTAATGAAGAACTAATGAAAAATGTTAGCCACAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTTTTACTTCTCACACCACAGAAAGTTAAAAGATATGTTGAGTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168666 CCCTTTTACTTCTCACACCACAGAAAGTTAAAAGATATGTTGAGTCTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGGAAGAAGAAAAGCTCTGGACAACCTGTCACCTTTACTGATATCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168716 TGGAAGAAGAAAAGCTCTGGACAACCTGTCACCTTTACTGATATCTTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATGTTAATAGGAGAAACACTAATTCATAAT         AGAATGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 168766 GATGTTAATAGGAGAAACACTAATTCATAATGTA...CAGAGAATGAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTACTCTGAGCAGTTTGAAGGAAAAAGTTAATACTGCACAATGCCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169556 CTACTCTGAGCAGTTTGAAGGAAAAAGTTAATACTGCACAATGCCCTTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTCTTTTCACCTGTCTTCATGTCAAACCTGACGTTTCAGAGCTGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169606 CCTCTTTTCACCTGTCTTCATGTCAAACCTGACGTTTCAGAGCTGATGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCAG         ATTGGGTTGAATTTAGTCCATACGAAATTGGCATGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169656 TGCAGGTA...CAGATTGGGTTGAATTTAGTCCATACGAAATTGGCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAAATATGGTACTTTTATGGCTCCCGACTTATTTGGAAGCAAATTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176239 CTAAATATGGTACTTTTATGGCTCCCGACTTATTTGGAAGCAAATTTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATGGGAACAGTCGTTAAGAAGTATGAAGAAAACCCCTTGCATTTCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176289 ATGGGAACAGTCGTTAAGAAGTATGAAGAAAACCCCTTGCATTTCTTAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GG         GTGTCTGGGGCAGTGCCTTTTCCATATTGTTCAACAGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176339 GGGTA...TAGGTGTCTGGGGCAGTGCCTTTTCCATATTGTTCAACAGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTTTGGGCGTTTCTGGTTCACAAAGCAGAGGCTCCACAATGGAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176474 TTTTGGGCGTTTCTGGTTCACAAAGCAGAGGCTCCACAATGGAGGAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTAG         AAAATATTACCACAAAGCATATTGTGAGTAATGATAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176524 TTAGGTA...CAGAAAATATTACCACAAAGCATATTGTGAGTAATGATAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTCGGACAGTGATGATGAATCACACGAACCCAAAG         GCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 180260 CTCGGACAGTGATGATGAATCACACGAACCCAAAGGTG...TAGGCACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AAAATGAAGATGCTGGAAGTGACTATCAAAGTGATAATCAAGCAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185674 AAAATGAAGATGCTGGAAGTGACTATCAAAGTGATAATCAAGCAAGTTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATTCATCGTATGATAATGGCCTTGGTGAGTGATTCAGCTTTATTCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185724 ATTCATCGTATGATAATGGCCTTGGTGAGTGATTCAGCTTTATTCAATAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CAGAGAAGGACGTGCTGGGAAGGTACACAACTTCATGCTGGGCTTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185774 CAGAGAAGGACGTGCTGGGAAGGTACACAACTTCATGCTGGGCTTGAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCAATACATCTTATCCACTGTCTCCTTTGAGTGACTTTGCCACACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185824 TCAATACATCTTATCCACTGTCTCCTTTGAGTGACTTTGCCACACAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCCTTTGATGATGATGAACTGGATGCAGCTGTAGCAG         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 185874 TCCTTTGATGATGATGAACTGGATGCAGCTGTAGCAGGTA...AAGATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGATGAATTTGAGCGAATATATGAGCCTCTGGATGTCAAAAGTAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194979 TGATGAATTTGAGCGAATATATGAGCCTCTGGATGTCAAAAGTAAAAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTCATGTAGTGGACAGTGGGCTCACATTTAACCTGCCGTATCCCTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195029 TTCATGTAGTGGACAGTGGGCTCACATTTAACCTGCCGTATCCCTTGATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGAGACCTCAGAGAGGGGTTGATCTCATAATCTCCTTTGACTTTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195079 CTGAGACCTCAGAGAGGGGTTGATCTCATAATCTCCTTTGACTTTTCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AAGGCCAAGTGACTCTAGTCCTCCGTTCAAG         GAACTTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 195129 AAGGCCAAGTGACTCTAGTCCTCCGTTCAAGGTA...TAGGAACTTCTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTGCAGAAAAGTGGGCTAAAATGAACAAGCTCCCCTTTCCAAAGATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207169 TTGCAGAAAAGTGGGCTAAAATGAACAAGCTCCCCTTTCCAAAGATTGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CCTTATGTGTTTGATCGGGAAGGGCTGAAGGAGTGCTATGTCTTTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207219 CCTTATGTGTTTGATCGGGAAGGGCTGAAGGAGTGCTATGTCTTTAAACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAAGAATCCTGATATGGAGAAAGATTGCCCAACCATCATCCACTTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207269 CAAGAATCCTGATATGGAGAAAGATTGCCCAACCATCATCCACTTTGTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGGCCAACATCAACTTCAGAAAGTACAAGGCTCCAG         GTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||
 207319 TGGCCAACATCAACTTCAGAAAGTACAGGGCTCCAGGTA...TAGGTGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CCAAGGGAAACTGAGGAAGAGAAAGAAATTGCTGACTTTGATATTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 208886 CCAAGGGAAACTGAGGAAGAGAAAGAAATCGCTGACTTTGATATTTTTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGACCCAGAATCACCATTTTCAACCTTCAATTTTCAATATCCAAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208936 TGACCCAGAATCACCATTTTCAACCTTCAATTTTCAATATCCAAATCAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CATTCAAAAGACTACATGATCTTATGCACTTCAATACTCTGAACAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208986 CATTCAAAAGACTACATGATCTTATGCACTTCAATACTCTGAACAACATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GAT         GTGATAAAAGAAGCCATGGTTGAAAGCATTGAATATAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209036 GATGTA...CAGGTGATAAAAGAAGCCATGGTTGAAAGCATTGAATATAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AAGACAGAATCCATCTCGTTGCTCTGTTTCCCTTAGTAATGTTGAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217981 AAGACAGAATCCATCTCGTTGCTCTGTTTCCCTTAGTAATGTTGAGGCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GAAGATTTTTCAACAAGGAGTTTCTAAGTAAACCCAAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218031 GAAGATTTTTCAACAAGGAGTTTCTAAGTAAACCCAAAGCA